Критика религии, религиозной веры и представлений о сверхъестественном включает критику идей, их соответствия реальности, критику религиозных практик, их социальных и политических последствий.

История Многие христиане из европейской элиты и среднего класса были вовлечены в викторианский духовный кризис, обусловленный совпадением различных интеллектуальных вызовов. В период между 1840 и 1900 годами некоторые европейцы отошли от религиозной веры под влиянием дарвиновской биологии и новой геологии, которые оспаривали библейские представления о происхождении и возрасте вселенной; нового исторического и литературного направления в изучении Библии, называемого высшей критикой, оспаривавшего представление о богодухновенности Писания; нового сравнительного изучения религий, которое оспаривало уникальность и превосходство христианства. Некоторые верующие стремились сохранить свою веру, творчески переосмысливая традиционные учения в новых условиях. Так, ряд теологов и мыслителей перетолковали библейский рассказ о творении мира за семь дней, предложив понимать эти дни как серию эволюционных эпох. К началу XX века эти мыслители стали рассматривать эволюцию как средство божественного творения.

В XIX веке сформировался научный атеизм, основанный на естественных науках, дарвинизме и рационализме эпохе Просвещения. Зарождение марксистско-ленинского атеизма в его советском понимании связано с развитием немецкой философии Гегеля и Людвига Фейербаха. Фейербах утверждал, что религия властвует над человеческим разумом посредством обмана и нагнетания страха перед мистическими силами Небес, и считал, что религиозные смыслы должны быть интеллектуально и эмоционально разрушены, все прежние религиозные институты и религиозные сооружения должны быть уничтожены в настоящем и искоренены из памяти грядущих поколений, чтобы они никогда не смогли вернуть себе власть над сознанием людей. Он считал, что религиозный «обман» не достоин никакого компромисса или терпимости. Освобождение внутреннего человеческого достоинства от господства иллюзорных образов человеческого разума в форме религиозных верований, по мнению Фейербаха, может быть достигнуто только в том случае, если традиционная вера будет беспощадно уничтожена более достойной и гуманизирующей интеллектуальной системой.

Молодой Карл Маркс был очарован «гуманистическим интересом» Фейербаха и безоговорочно принял открытый бунт Фейербаха против могущественной традиции христианства как интеллектуальное откровение. В самом начале своей карьеры Маркс начал считать, что высшие цели человечества оправдывают любой радикализм, не только интеллектуальный, но также социальный и политический. Отвергая всю религиозную мысль, Маркс считал вклад религии на протяжении веков несущественным и не имеющим отношения к будущему человечества. Автономия человечества от царства сверхъестественных сил рассматривалась Марксом как аксиоматическая онтологическая истина, разрабатывавшаяся с древнейших времен, и он считал её имеющей ещё более почтенную традицию, чем христианство. Маркс считал, что религия была захвачена правящими классами и постепенно она превратилась в инструмент интеллектуального и эмоционального контроля над массами; как таковая религия — это опиум (наркотик), который даёт эмоциональный выход из реального мира.

Научный атеизм стал неотъемлемой частью марксистско-ленинского мировоззрения. Он был основан на взгляде на мир и человека в рамках диалектического и исторического материализма. Будучи философской наукой, научный атеизм исходит из основных положений диалектического и исторического материализма как в объяснении происхождения религии, так и в научной критике религии. Классики марксизма и большая группа советских философов не рассматривали атеизм как самостоятельное, отдельное от материализма учение, однако в послесталинский период «научный атеизм» был объявлен «единственно правильным учением», стал отдельной философской дисциплиной и самостоятельной наукой со собственными предметом исследования и проблемным полем.

В XX веке функция религии по созданию смысла снова подверглась критике в результате событий мировых войн, атомных бомбардировок и Холокоста. Некоторые евреи, включая выжившего в Освенциме Эли Визеля, выступили с критикой библейского Бога, который должен был защищать свой избранный народ. В своих мемуарах «Ночь», Визель писал о чувстве протеста, которое возникло в нём, когда он наблюдал, как детей отправляли в лагерный крематорий, где их тела «превращались в завитки дыма под тихим голубым небом». Эти моменты, писал он, «убили моего Бога и мою душу».

В позднюю викторианскую эпоху было принято писать о «войне между наукой и религией» и предполагать, что эти две сферы культуры всегда должны находиться в конфликте. Однако позднее историки науки отошли от подобных взглядов. Тезис о конфликте, по крайней мере в его простой формулировке, в настоящее время широко воспринимается как ошибочная интеллектуальная основа для построения реалистичной историографии западной науки. Историк науки Джон Брук писал, что в своих традиционных формах тезис конфликта был в значительной степени дискредитирован. Согласно Гэри Фернгрену, хотя точка зрения Брука о преобладании тезиса комплексности над тезисом конфликта получила широкое признание среди профессиональных историков науки, традиционная позиция остаётся сильной в других сферах, не в последнюю очередь в общественном сознании.

В начале XXI века получила известность критика религии представителями нового атеизма. Основные авторы этого направления получили наименование «четыре всадника атеизма» (Ричард Докинз, Кристофер Хитченс, Дэниел Деннет и Сэм Харрис). Их идеи на тему критики религиозных нарративов, изложенные в книгах, научных статьях и выступлениях, породили дебаты в различных областях исследования и активно цитируются в популярных СМИ. В книге «Конец веры» философ Сэм Харрис акцентировал внимание на том, что он считал негативными качествами религии, включая насилие. В книге «Разрушение заклятия» философ Дэниел Деннетт сосредоточился на вопросе «почему мы верим в странные вещи». Книга «Бог как иллюзия» биолога Ричарда Докинза обсуждает различные аспекты, связанные с религией. В работе «Бог не велик» журналист и полемист Кристофер Хитченс утверждал, что религиозные силы посягают на человеческое достоинство, и писал о коррупции в религиозных организациях.

Вопрос о научном познании Существуют различные подходы к вопросу о возможности познания сверхъестественного методами науки. Согласно одному подходу (отражённому, в частности, в заявлении Национальной академии наук США, NAS), наука имеет дело только с теми вопросами, которые касаются естественных явлений, тогда как всё сверхъестественное относится к сфере религии. Сверхъестественные сущности не являются частью природы, они не могут быть изучены наукой. Естественные процессы в принципе воспроизводимы и, следовательно, могут быть независимо проверены исследователями. Если предполагается существование сил, которые находятся вне природы, у учёных нет возможности ни подтвердить, ни опровергнуть эти объяснения. Наука и религия имеют дело с разными мирами, поэтому наука не может иметь весомого, обоснованного мнения о религии и сфере сверхъестественного. Представители многих «прогрессивных» конфессий высказывались в подобном ключе. По мнению философа науки , «[если бы] мы могли применить естественные знания к пониманию сверхъестественных сил, то эти силы по определению не были бы сверхъестественными». Согласно Оксфордскому словарю английского языка, сверхъестественное это «принадлежащее сфере или системе, которая выходит за рамки природы, как божественные, волшебные или призрачные существа; приписываемое некоей силе, не допускающей научного толкования или выходящей за рамки законов природы, а также проявление этой силы; оккультное, паранормальное».

Согласно другому подходу, наука вполне способна к проверке сверхъестественного. Согласно верующим в сверхъестественное, эта сфера оказывает влияние на естественный мир (идея влияния сверхъестественного на наш мир и является сутью религии); следовательно это влияние может быть предметом научной проверки; биолог Джерри Койн пишет, что наука не раз осуществляла такую проверку, исследовала «свидетельства» о сверхъестественном, и могла бы обнаружить какие-то доказательства, но не обнаружила. Так, различные научные исследования, посвящённые влиянию молитвы, не дали положительных результатов. Попытки демонстрации паранормальных явлений также не удались — в представлениях, касающихся медицины, где речь идёт о нетрадиционных методах «лечения» (целительные прикосновения, вдыхание цветочных ароматов, применение магнитов и др.), так и в других областях, включая экстрасенсорное восприятие, телекинез, память о прошлой жизни. Наука и более простые исследования открыли естественные причины большого числа «чудес». Если же речь идёт о чём-то, совершенно не проявляющемся и не способном проявиться, то нет оснований предполагать его существование.

Логика и методология С научной точки зрения, гипотеза о существовании Бога (и связанных с ним понятий душа, дух, рай, ад и т. д.) не отвечает критерию Поппера, так как не имеется и не предполагается возможности проверки этого научным методом. Как следствие, любые рассуждения о его существовании не являются строго научными. Биолог и популяризатор науки Ричард Докинз в книге «Бог как иллюзия» писал, что теорией естественного отбора и подобными научными теориями, показывающими богатство и сложность Вселенной, мир объясняется лучше, чем «гипотезой бога», согласно которой мир спроектирован высшим разумом. Креационизм не даёт удовлетворительного ответа на вопрос о причинах возникновения и существования самого Творца или верховного существа, обычно просто постулируя его безначальность.

Верующие в сверхъестественное претендуют на знание чего-то в принципе не доступного для науки, что представляет собой необоснованное утверждение. Верующие в сверхъестественное часто демонстрируют предвзятость подтверждения, при котором отрицательные результаты, опровергающие существование сверхъестественного, отбрасываются под разными предлогами («Бог не позволяет себя испытывать» и др.), а предполагаемые верующими положительные результаты некритически принимаются.

Питер Эткинс писал, что вопреки мнению, согласно которому сфера науки ограничена «физическим миром», а религия имеет дело с «духовным», в рамках научного атеизма также считается, что сферой науки является физический мир, но другой разновидности мира не существует, а «духовное» — это иллюзия, порожденная физически существующим человеческим мозгом.

Для доказательства существования сверхъестественного часто используется неверное представление о критерии правильности вывода. От науки сторонники существования сверхъестественного требуют абсолютных доказательств и строгих формулировок наподобие математических теорем. Отсутствие таких абсолютных математически точных доказательств интерпретируется ими как подтверждение их взглядов: нельзя доказать, что Бога нет, значит он есть; либо делается вывод, что альтернативы должны рассматриваться равноценно. В математике действительно нечто может быть или доказанным, или недоказанным, промежуточных состояний не существует. Однако в реальности те или иные утверждения всегда присутствуют с той или иной промежуточной степенью достоверности. С очень высокой практической достоверностью доказать или опровергнуть что-либо возможно. Обоснованность вывода увеличивается с увеличением числа фактов и установления их систематической согласованности. Интерпретации, которые никак не стыкуются с остальной массой хорошо установленных знаний, не обладают предсказательной силой, то есть являются ошибочными. В этом положении соединяются требования научной методологии о необходимости согласования знаний и принцип бритвы Оккама. Бритва Оккама отсекает представления о реальности божественного. Наука никогда не использует в качестве инструмента сверхъестественное, бога или мистику.