Никоне́нко — фамилия украинского происхождения, образованная от имени Никон и суффикса -енко.
Никоненко, Александр Николаевич (род. 1953) — украинский дипломат; чрезвычайный и полномочный посол. Никоненко, Виталий Сергеевич (1942—2013) — советский и российский философ, профессор СПбГУ. Никоненко, Иван Спиридонович (1938—2025) — генеральный директор Уренгойского производственного объединения по добыче газа Министерства газовой промышленности, Герой Социалистического Труда .
Никоненко, Станислав Степанович (1935—2016) — советский и российский журналист, литературовед, прозаик, поэт, сценарист и переводчик. Никоненко, Тимофей Иванович (1908—1977) — Герой Советского Союза. Никоненко, Яков Тихонович (1911—1973) — Герой Советского Союза.