Островная Сахалинская область составлена из частей, достаточно сильно разорванных географически, к тому же в разное время входивших в состав страны или выходивших из её состава вследствие дипломатических и военных усилий Японской империи (части Курильского архипелага и самого острова Сахалин). Наиболее значимые из них, такие как север Сахалина, юг Сахалина и Курильский архипелаг имеют на достаточно продолжительных исторических отрезках собственную общественно-политическую историю. Например, история российского освоения Курил (XVIII век) теснее переплетена с более ранней историей Камчатки и Русской Америки, а острова Сахалина — с более поздней историей освоения Нижнего Приамурья (XIX век).

Древняя история Во времена глобальных холодных оледенений Сахалин, Хоккайдо и Курилы были соединены сухопутным мостом с континентом. При этом Сахалин служил мостом, по которому человек и животные попадали на Хоккайдо, Кунашир, Южные и Малые Курилы. В позднем плейстоцене или по крайней мере в последние 150 тыс. лет, острова Итуруп, Уруп и Симушир были изолированы от континента. В свою очередь, острова Парамушир и Шумшу были частью Камчатского полуострова, что заметно повлияло на их флору и фауну. Также археологи считают, что во времена верхнего палеолита северная часть Курил была заселена выходцами с Камчатки, а южная – жителями Сахалина и Хоккайдо.

Древнейшая стоянка человека, датированная эпохой раннего палеолита, была обнаружена в окрестностях села Советское на острове Сахалин и получила название Сенная-1. Возраст этого палеонтологического памятника от 229 до 139 тысяч лет. Существование стоянки подтверждает присутствие человека на острове в эту эпоху.

К позднему палеолиту и раннему неолиту на Сахалине относятся стоянки Огоньки-5, Сокол, Олимпия-5, Поречье-4, Славная-4, Славная-5, Пугачево-1 и другиеРудая Н. А., Василевский А. А., Грищенко В. А., Можаев А. В. Природные условия существования позднепалеолитических и ранненеолитических поселений Южного Сахалина // Археология, этнография и антропология Евразии. 2013. № 2 (54), стр. 73. Для стоянки Огоньки-5 с комплексом получены некалиброванные радиоуглеродные даты 19 320±145 и 18 920±150 лет назадКузьмин Я. В. Природная среда палеолита юга Дальнего Востока России // Бюллетень Комиссии по изучению четвертичного периода, 2004 или калиброванные даты около 23 300 лет назадКузьмин Я. В. Происхождение микропластинчатой техники в палеолите Северной и Восточной Азии: один центр или несколько? .

К мезолиту относятся стоянки Имчин, Такое IIВасильевский Р. С. Исследования стоянки Имчин на Северном Сахалине. Археологические открытия 1972 года. // М.: 1973, стр. 202.. Пластинчатые индустрии отмечены на стоянках Одопту и Имчин 12 на севере, Сокол и Такое 2 на юге Сахалина.

Самая ранняя дальневосточная керамика в России является плоскодоннойYaroslav V. Kuzmin. Comments on “Chronology and environmental context of the early prehistoric peopling of Kamchatka, the Russian North Far East”, by I. Yu. Ponkratova, J. Chlachula, I. Clausen, Quaternary Science Reviews 252 (2021), 106702 // Quaternary Science Reviews, 8 June 2021. Ке­ра­ми­ка име­ет тех­но­ло­гические (при­ме­си, тол­щи­на сте­нок) и ти­по­ло­гические (на­ли­чие или от­сут­ст­вие от­тис­ка ра­ко­ви­ны на плос­ком дне) раз­ли­чия.

На островах Курильской гряды, а также Хоккайдо, господствовала охотская культура, которая зародилась на Сахалине. Для этнографических и археологических экспедиций особый интерес представляет раковинная куча охотской культуры близ бухты Дельфин на Шикотане.

На стоянке Янкито-1 на острове Итуруп пробы угля из культурного слоя дали самые ранние для Курильских островов радиоуглеродные даты — 6980±50, 7030±130 лет и 7790—5840 лет до н. э.Яншина О. В., Андреева М. П., Пантюхина И. Е. О раннем неолите Курильских островов стоянка Янкито-1 , 2008.

Эпи-Дзёмонский ассамбляж стоянки Янкито-2 на острове Итуруп датируется возрастом примерно 2480—2050 лет назадYaroslav V. Kuzmin, Oksana V. Yanshina, Andrei V. Grebennikov. Obsidian in prehistoric complexes of the southern Kurile islands (the Russian Far East): A review of sources, their exploitation, and population movements , 22 Apr 2021.

Сред­ний не­олит (6740—5626 л. н.) пред­став­лен на Юж­но­м Са­ха­лине куль­ту­рой Сони, описанной по типу ке­ра­ми­ки с по­се­ле­ния на реке Со­ни-гава (Кузнецовка)Василевский А. А. Сони — культура среднего неолита на острове Сахалин // Неолит и неолитизация бассейна Японского моря: человек и исторический ландшафт. Владивосток: Изд-во ДВГУ, 2008Ва­си­лев­ский А. А. Ка­мен­ный век ост­ро­ва Са­ха­лин. Юж­но-Са­ха­линск, 2008Василевский А. А., Грищенко В. А. Хронология, периодизация и основные признаки Культуры Сони (начало среднего неолита острова Сахалин), 2016.

На поселении Серноводское на острове Кунашир найдена украшенная оттиском толстого шнура керамика возрастом не менее 5 тысяч лет, характерная для раннего и среднего неолита острова Хоккайдо.

На курильском острове Экарма между мысами Лютый и Моховой было обнаружено два древних поселения, получивших условные название Экарма-1 и Экарма-2, предположительно относящиеся к охотской культуре раннего железного векаЧвыгайн Д. А. Полевые археологические работы на курильских островах в 2007 году .

С XVII до начала XX века

Современная история началась в XVII веке, когда первые русские землепроходцы вышли на берега Тихого океана. Курильские острова и юг Сахалина населяли айны, а северную часть острова Сахалин — нивхи.

Вплоть до XIX века на островах не было государственности, однако Сахалин формально в свой состав включала Маньчжурская династия Империи Цин. Этническим китайцам-ханьцам маньчжуры однако запрещали селиться к северу от Пекина.

Есть гипотеза  Б. П. Полевого, что впервые русские увидели сахалинское побережье во время путешествия И. Ю. Москвитина во второй половине лета 1640 года. Эта экспедиция открыла Охотское море и Сахалинский залив.

В 1643 году первую европейскую экспедицию, достигшую и исследовавшую Сахалин и Курилы, совершил М. Г. Фрис. Он ошибочно принял сахалинские берега за северные берега острова Хоккайдо, а северо-западное побережье Урупа за западный берег Америки. После чего еще долго на западноевропейских и русских картах эти земли изображались не точно.

В том же году русский путешественник по Амуру Василий Поярков узнал от туземцев о существовании в устье Амура крупного острова и собрал первые сведения о нем. Но после заключения Нерчинского договора с Китаем, определившим границу между двумя государствами, Сахалин на долгое время выпал из сферы интересов России, оказавшись под влиянием маньчжур.

В результате экспедиции направленной в Нижний Амур в 1709 году, китайцы узнали о существовании острова в устье Амура и смогли составить карту, на которой он был отображён.

В XVIII – начале XIX века между Китаем и народами Сахалина шла оживлённая торговля. В конечном итоге сахалинское население попало в зависимость от маньчжуров, которым оно должно было платить дань.

В ходе экспедиции В. В. Атласова на Камчатку в 1697 году от местных «иноземцев» были получены сведения об островах, лежащих к югу от полуострова.

В 1711 году камчатские казаки убили трех камчатских приказчиков и чтобы заслужить прощение царя совершили путешествие на Курильские острова. В августе 1711 года отряд камчатских казаков под руководством Данилы Яковлевича Анциферова и Ивана Петровича Козыревского высадился на Шумшу – самом северном острове Большой Курильской гряды.

Жившие на Шумшу айны попытались оказать казакам сопротивление, но были разбиты. По рассказу казаков, вслед за Шумшу они смогли побывать и на втором Курильском острове – Парамушире. Но, столкнувшись там с превосходящими силами туземцев, вернулись.

В 1712 году вновь назначенный камчатским приказчиком В. Колесов приказал И.П. Козыревскому отправиться «проведать от Камчатского Носу за переливами морские острова и Апонское государство».

После непродолжительной остановки на Шумшу отряд И.П. Козыревского высадился на Парамушире. Парамуширские айны сделали попытку отстоять свою независимость и дали казакам три жестоких боя. Однако военное счастье было на стороне завоевателей, и в конце концов жителям Парамушира пришлось заплатить ясак и признать власть России.

В начале 1719 года Петр I принял решение о направлении на Тихий океан правительственной экспедиции, в состав которой были включены геодезисты (или навигаторы) И.Б. Евреинов и Ф.Ф. Лужин. Экспедиция достигла на юге острова Симушира.

Главным итогом экспедиции стала составленная И.Б. Евреиновым карта Камчатки и Курильских островов. На ней нанесено четырнадцать крупных и несколько мелких островов, расположенных к югу от Камчатки.

Русские впервые посетили остров Сахалин в 1742 году.

«Бесчинства» сборщиков ясака на Курилах восстановили айнов против российского влияния, что вызвало нападения итурупских айнов на русских промышленников в 1771—1772 годах. В 1779 году императрица Екатерина II освободила айнов Курильских островов от уплаты ясака.

С конца XVII века власти Японской империи отправляли айнов из центральных районов Эдзо на работу на морские промыслы Кунашира и Итурупа (которые в то время также осваивались японцами), где те жили в условиях неестественной скученности, не имея возможности поддерживать традиционный образ жизни. По сути дела, здесь можно говорить о геноциде айнов. Всё это привело к новым вооружённым выступлениям коренного населения: восстанию айнов против японцев на Кунашире в 1789 году.

В 1805 году в ходе первого русского кругосветного плавания побережье Сахалина было исследовано Иваном Крузенштерном. В 1849 — 1853 годах побережье острова было исследовано экспедицией Невельского и в 1853 году на острове было основано первое русское поселение Муравьёвский пост.

С началом Крымской войны в 1853 году возникла угроза российским поселениям на Сахалине со стороны эскадр англо-французов, господствовавших в Тихом океане. 30 мая 1854 года по решению властей Российской империи был «снят» Муравьёвский пост на острове Сахалин.

Официально ни Россия, ни Япония не претендовали на острова. В 1855 году, в разгар Крымской войны, в японском городе Симода был подписан трактат о дружбе и границе, который положил начало дипломатическим отношениям между Россией и Японией. Согласно ему, Сахалин оставался совместным владением двух стран, а на островах Курильского архипелага граница была проведена по проливу Фриза, южнее Урупа.

Несмотря на заключённый договор, Япония предоставила свои порты для подскока эскадр англо-французских союзников к Камчатке, оставшимся российскими Курилам и военным постам в Приамурье и на Сахалине.

В 1855 году в рамках действий на тихоокеанском театре Крымской войны ставший приграничным с Японией остров Уруп был оккупирован англо-французской эскадрой. Во время англо-французской оккупации Уруп получил название «остров Альянса» (вариант перевода — «Союзный остров»)В честь франко-британского оборонительного и наступательного союза (альянса) против России, заключённого 10 апреля 1854 года в Лондоне в развитие Константинопольского союзного договора от 12 марта 1854 года между Великобританией, Францией и Османской империей (и Сардинским королевством, присоединившимся к нему 15 марта 1854 года)., а сами Курильские острова были наречены союзниками «Туманный архипелаг». Снабжение Уруп получал из Хакодате, который по Нагасакскому договору об англо-японской дружбе 1854 года стал открытым для британских судов. Временным губернатором острова в этот период был назначен местный алеут. По условиям Парижского мира захваченный англо-французами Уруп в 1856 году России был возвращён. Однако, между Россией и Японией оставался неурегулированным вопрос сахалинской части границы — остров был объявлен совместным владением стран.

В 1875 году между двумя странами был подписан Санкт-Петербургский договор, согласно которому Сахалин полностью отходил к России, а все Курилы — к Японии.

В конце XIX века Сахалин стал местом каторги. В 1890 году остров посетил Антон Павлович Чехов, по итогам поездки написавший книгу «Остров Сахалин».