История Республики Алтай — история субъекта Российской Федерации.

Доисторический период На многослойной палеолитической стоянке «Усть-Каракол» в Онгудайском районе археологические и палеонтологические материалы из аллювиальных осадков, выполняющие основание разреза, датируются второй половиной среднего плейстоцена (282—133 тыс. л. н.), индустрия кара-бомовского варианта относится к первой половине верхнего плейстоцена (120—50 тыс. л. н.), а усть-каракольская индустрия — к верхнему палеолиту (50—40 тыс. л. н.)Деревянко А. П., Шуньков М. В. Развитие палеолитических традиций на Алтае и проблема становления человека современного вида. Преемственность и трансформации в древних и средневековых обществах по археологическими антропологическим данным // Традиции и инновации в истории и культуре , 2015.

Многослойная стоянка Кара-Бом верховьях реки Урсул в Еловской котловине существовала 77—33 тыс. л. н. Инвентарь из позднепалеолитических слоёв (по Деревянко и другим) принадлежит так называемым переходным индустриям: нуклеусы леваллуазского облика для получения крупных пластин, нуклеусы для снятия микропластинок, многочисленные ретушированные пластины с выемками, разнообразные скребки и резцы. Позднепалеолитические слои радиоуглеродными методами датирования отнесены ко времени около 40—30 тыс. лет назадДеревянко А. П., Петрин В. Т., Рыбин Е. П. Характер перехода от мустье к палеолиту на Алтае (по материалам стоянки Кара-Бом) Археология, этнография и антропология Евразии.- 2000.- № 2(2). С. 33—52. Малояломанская пещера на левом берегу реки Малый Яломан, в 12 километрах от села Малый Яломан была обитаема 38,5 тыс. лет назад (без калибровки 33,3 тыс. лет)33 тыс. (Вишняцкий 2006, с. 25); 33,35 тыс. (EncArch 2008, p. 2000). К верхнему палеолиту относятся стоянки «Тыткескень-8», Кара-Тенеш в Чемальском районе. Призматическая технология расщепления камня использовалась уже в начальном верхнем палеолите (слой 3 стоянки Кара-Тенеш, слой ВП2 стоянки Кара-Бом) в хронологическом промежутке от 43 000 до 35 000 л. н. Использование данного метода продолжалось и в раннем верхнем палеолите Горного АлтаяСлавинский В. С., Рыбин Е. П. Призматическая технология расщепления камня в начальном верхнем палеолите Алтая // Известия Алтайского государственного университета, 2015 , 2015.

Так называемые «артефакты» с нижнепалеолитической стоянки «Улалинка» в Горно-Алтайске, выдававшиеся Окладниковым и Деревянко за орудия труда, являются продуктами природных сил (геофактами), а не обработанными человеком орудиямиИванова И. К., Ранов В. А., Цейтлин С. М.. «Ещё раз о местонахождении Улалинка в Горном Алтае», 1987Michael R. Waters et all. «Diring Yuriakh: A Lower Paleolithic Site in Central Siberia» // Science 275, 1281—1284 (1997).

С. И. Руденко была исследована Усть-Канская пещера со стоянкой, относящейся ко времени начала верхнего палеолитаНауменко В. Г. Палеонтологические и археологические исследования в пещерах .

К эпохе мезолита в среднем течении Катуни относятся стоянки «Усть-Сема» (верхний и средний культурные слои), «Усть-Карбан», «Усть-Бийке», «Тыткескень-3» (четвёртый, пятый и шестой культурные слои). Шестой культурный слой «Тыткескеня-3» (ранний мезолит) датируется X тыс. до нашей эры.

К эпохе неолита относятся стоянки «Тыткескень-2», «Тыткескень-6», «Усть-Куюм», могильник «Усть-Иша». Отдельные неолитические находки известны с многослойных поселений Верхнего Приобья («Боровое-3», «Комарово-I», «Каприно»).

К энеолиту относятся памятники большемысской культуры, у представителя которой определили Y-хромосомную гаплогруппу R1b-L23Hollard C. Peuplement du sud de la Siberie et de l’Altai a l’age du Bronze: apport de la pfleogenetique , 2014. У образца NIZ001 (4445—4337 лет до н. э.) из Нижнетытескенской пещеры I определили Y-хромосомную гаплогруппу C2b1a1 и митохондриальную гаплогруппу АKe Wang et al. Middle Holocene Siberian genomes reveal highly connected gene pools throughout North Asia, 2023.

К памятникам эпохи энеолита относятся объекты «Бертек-56», петроглифы у озера Музды-Булак, на Калгутинском руднике, в долине реки Кара-Чад, «Морене-1». Погребения раннего периода палеометалла, относящиеся к афанасьевской культуре, представлены на Укоке могилами с внешними сооружениями в виде вписанных оград («Бертек-33», «Межелик-1»Древние культуры Бертекской долины (Горный Алтай, плоскогорье Укок) // Новосибирск: 1994. 224 с. ISBN 5-02-030752-1). Поминально-погребальный комплекс «Бертек-56» с круглой в плане оградой с каменным склепом в центре датируется II тыс. до н. э. У двух мужчин из захоронения среднего бронзового века в «Бертеке-56» на плато Укок определена Y-хромосомная гаплогруппа Q и митохондриальные гаплогруппы К (субклад K1a24a) и CPilipenko A. S. et al. A Genetic Analysis of Human Remains from the Bronze Age (2nd Millennium BC) Cemetery Bertek-56 in the Altai Mountains (in Russian), 2016. Пилипенко А. С. и др. Молекулярно-генетический анализ останков людей из погребального комплекса эпохи бронзы Бертек-56 (2 тыс. до н. э., Республика Алтай, Россия) // Археология, этнография и антропология Евразии. Том 44 № 4 2016 .

В VIII—III веках до н. э. Алтай населяли пазырыкцы (см. Принцесса Укока), затем скифы, создатели алтайского звериного стиля (см. скифо-сибирский звериный стиль)Окладников А. П. Алтай и Тува в скифское время (1969)Тува — родина скифов . У скифа из долины Себыстея определена Y-хромосомная гаплогруппа R1aRicaut F. et al. 2004. Genetic Analysis of a Scytho-Siberian Skeleton and Its Implications for Ancient Central Asian Migrations. Human Biology. 76 (1). У двух представителей пазырыкской культуры из могильника знатных воинов «Ак-Алаха-1» в Горном Алтае определена Y-хромосомная гаплогруппа N-P43 (N1a2b). На раннескифском этапе (в VIII—VII века до н. э.) в Горном Алтае сосуществовали группы населения с разными традициями в погребальном обряде: майэмирская, оставившая погребения в ямахРуденко С. И. Культура населения Центрального Алтая в скифское время. М.;Л., 1960. С. 11. и куюмская, хоронившая умерших в каменных ящикахСтепанова Н. Ф. Куюмский тип памятников VIII—VI вв. до н. э. // Скифская эпоха Алтая: Тезисы докладов к конференции. Барнаул, 1986. С. 79—81.. В одном месте с пазырыкской существовала кара-кобинская культура. Они произошли от каракольской культуры, существовавшей в горном Алтае во втором тысячелетии до нашей эрыDalia A.Pokutta et al. [Mobility of nomads in Central Asia: Chronology and 87Sr/86Sr isotope evidence from the Pazyryk barrows of Northern Altai, Russia] // Journal of Archaeological Science: Reports. Volume 27, October 2019.

К памятникам гунно-сарматской культуры относят объекты «Кальджин-6» и «Аккол-1».

Гунно-сарматский период истории региона начался в конце III века до н. э.

Во II веке до н. э. на Алтай проникло новое население, сыгравшее главную роль в становлении новой булан-кобинской культуры. Она существовала в Горном Алтае со II века до н. э. по первую половину V века нашей эрыТишкин А. А. Алтай в эпоху поздней древности, раннего и развитого средневековья (культурно-хронологические концепции и этнокультурная история) Матренин С. С. . В Национальном музее Республики Алтай им. А. В. Анохина (Горно-Алтайск) хранится китайское зеркало, найденное при раскопках могильника Булан-Кобинской культуры возле села Чендек. Это редкая находка хуннуского времени, указывающая на активную торговлю алтайских кочевников с Китаем.

К северу от села Майма на высоких аллювиальных террасах правого берега Катуни расположен Майминский археологический комплекс. Памятники майминской культуры в первой половины 1-го тыс. н. э. были распространены в предгорной зоне восточной части Салаира и северных предгорий Алтая нашей эрыКунгурова Н. Ю., Абдулганеев М. Т. Майминская культура: по материалам поселений Салаира и Предалтайской равнины 1-й пол. I тыс. н. э. : монография // АлтГУ, Сиб. археол. служба. — Барнаул : Изд-во АлтГУ, 2019..

Владыками Центральной Азии с VI века н. э. стали предки алтайцев — тюрки.

Сохранившиеся элементы алтайского звериного стиля в традиционном искусстве современных коренных жителей подтверждают связь алтайских племен с остальными древними народами всего евразийского материка.

Алтай — прародина современных тюркских народов мира, где в 552 году до н. э. древние тюрки создали своё государство — каганат.. Здесь сформировался первозданный язык тюрков, получивший распространение среди всех народов каганата благодаря появлению письменности в связи с государственностью, известной сегодня как орхоно-енисейская руническая письменность. Все это послужило появлению в современном научном мире термина «алтайская семья» языков (куда входят 5 больших групп: тюркские языки, монгольские языки, тунгусо-маньчжурские языки, в максимальном варианте также корейский язык и японо-рюкюские языки, родство с двумя последними группами гипотетично) и дало возможность утвердиться в мировой науке научному направлению — алтаистике.

Алтай в силу геополитического расположения является центром Евразии. В разные исторические эпохи он объединял разные этносы и культуры.

После распада Монгольской империи в 1399 году территория Горного Алтая входила в Ойратское ханство или Дербен-Ойрат, то есть Союз или Государство 4-х (четырёх).

Присоединение Алтая к Российской империи

В начале XVII века на Алтае существовало множество отоков, входивших в конфедерацию. После строительства Кузнецкого острога в 1618 года началось приведение алтайцев в зависимость от России. Русские первопроходцы называли алтайцев белыми калмыками. На земли Горного Алтая так же претендовали и Джунгары, которые начали собирать дань с алтайских отоков в 30-70-е годы XVII века. В середине XVII века Россия и Джунгария смогли договориться об официальном признании спорного населения, то есть жителей Горного Алтая, данниками обеих стран. Русские отряды появились на Алтае в начале XVII века. В 1633 и 1642 годах отряды сына боярского П. Сабанского доходили до Телецкого озера, где наносили поражение местным жителямЧерлояков И. Г. Освоение Русским государством юга Западной Сибири в XVII — первой четверти XVIII века (на примере Правобережья Бии и Прителецкой черни) // Мир Евразии. — 2014. — № 3 (26). — С. 89.

В 1755 году Джунгария была захвачена Китаем. Территория Горного Алтая, по мнению цинов, должна была отойти им, по этой причине в 1750-х началось Вторжение войск Цинской империи в Горный Алтай. Однако, в 1756 году Алтай добровольно стал подданным Российского государства. Северные алтайцы (кумандинцы, тубалары, челканцы) значительно раньше вошли в состав России. Находясь под «высокой рукой белого царя», свыше ста алтайских волостей, улусов и аилов платили ясак в его казну. Став подданными русского государства, население Алтая оградило себя от посягательств иноземцев, а главное, избежало физического уничтожения со стороны цинских войск.

Обращение двенадцати алтайских зайсанов о добровольном вхождении в Российскую империю (перевод на русский язык с ойротского):

В 1824 году из Бийска сюда приехали первые русские поселенцы и основали село Улала, на месте которого находилось небольшое поселение телеутов. Дальнейшее его развитие было тесно связано с работой Алтайской духовной миссии. В 1831 году в Улале начал работу главный стан, здесь собирались миссионеры и священнослужители. Позднее в село переехали некоторые бийские купцы. За несколько десятилетий Улала превратилась в крупный торговый центр Бийского уезда Томской губернии.

В 1864—1865 годах два теленгитских отока с ограниченным суверенитетом (Первая Чуйская Волость и Вторая Чуйская Волость) добровольно вошли в состав России. На этом завершился процесс вхождения Горного Алтая в состав Российской империи.

Советское время