MDGrape-3 — суперкомпьютер, предназначенный для решения задач молекулярной динамики, в частности моделирования сворачивания белков. На момент ввода в эксплуатацию обладал рекордной теоретической производительностью около 1 петафлопса (10^15 операций в секунду).
История MDGrape-3 был разработан в японском исследовательском институте RIKEN (Йокогама) при технической поддержке SGI Japan и японского подразделения Intel.
Проект был официально представлен , и на тот момент это был первый специализированный суперкомпьютер, достигший петафлопсного уровня производительности.
Устройство В основе MDGrape-3 лежат процессоры MDGrape-3, изготовленные фирмой Hitachi, каждый из которых обеспечивает производительность около 230 Гфлопс. Один вычислительный модуль содержит 24 таких процессора, а вся система состоит из 201 модуля.
Главное управляющее ядро системы построено на серверах Intel Xeon. Использовались два кластера: кластер из 64 параллельных серверов с двухъядерными процессорами (всего 256 ядер) Intel Xeon (архитектура Dempsey), кластер из 37 серверов (74 одноядерных процессора Xeon 3,2 ГГц).
Объединение всех узлов в единую массивно-параллельную систему осуществляла компания SGI Japan.
Особенности MDGrape-3 был ориентирован исключительно на задачи молекулярного моделирования, в частности — вычисление взаимодействий атомов при белковом сворачивании. В отличие от универсальных суперкомпьютеров, он не мог эффективно выполнять тест Linpack, который используется для составления рейтинга TOP500. Поэтому MDGrape-3 не включён в этот список, несмотря на рекордную производительность. На момент запуска он в 2,7 раза превосходил по скорости универсальный суперкомпьютер IBM BlueGene/L, находившийся в Ливерморской национальной лаборатории.
См. также Антон
Источники
Берд К. «Суперпараллельные вселенные» // журнал «Компьютерра» № 25–26 от 11 июля 2006.
Категория:Суперкомпьютеры Японии Категория:Суперкомпьютеры Hitachi Категория:Hitachi