thumb|380px|Slovensko železniško omrežje danes

Zgodovina železnice v Sloveniji se začenja 2. junija 1846, ko je bila uradno odprta železniška proga Gradec—Celje. Na poskusni vožnji je sicer prvi vlak zapeljal na slovenska tla 1. novembra 1845, ko je v Pesnico pri Mariboru Carl Ghega pripeljal iz Gradca lokomotivo Weixelburg (Višnja Gora) s tenderjem in potniškim vagonom vse do gradbišča železniškega viadukta.

Južna železnica Dunaj—Trst (1841-1857) Glej glavni članek Južna železnica.

Po odprtju južne železnice so postopoma odpirali nove proge po slovenskem ozemlju, ki je kmalu postalo zelo razvejano.

Proga Pragersko—Čakovec (1860) Progo Pragersko—Čakovec so pričeli graditi 17. decembra 1857http://www.railfaneurope.net/ric/Medjimurje.htm kot del navezave Budimpešte na obstoječo železnico Dunaj—Trst. S prevzemom »Cesarja Ferdinanda Orientalne železnice« je progo vključila v svoje omrežje družba južne državne železnice in jo dogradila. Prvo preizkusno vožnjo so opravili 29. oktobra 1859, naslednji, uradni preizkus pa je bil 8. marca 1860 od Ptuja do Velike Kaniže (Nagykanizsa) in nazaj do Pragerskega, čemur je 24. marca sledila uradna otvoritev odseka Pragersko—Čakovec—Kotoriba—Velika Kaniža. Proga je že v naslednjem letu mimo Blatnega jezera dosegla Budimpešto, in 1. aprila 1861 zaznamuje začetek redne linije med Pragerskim in Budimpešto.

Proga Zidani most—Zagreb (1862) »Hrvaško železnico« od Zidanega mosta do Zagreba in nadalje do Siska v skupni dolžini 126,5 km so začeli graditi leta 1855 http://www.laenderbahn-forum.de/journal/die_k-k-priv-suedbahngesellschaft/die_k-k-priv-suedbahngesellschaft.html. Od prvotnih koncesionarjev je gradnjo prevzela družba Južne železnice in jo dogradila 1. oktobra 1862, sprva kot enotirno progo. Drugi tir je bil dograjen leta 1944, v letu 1967 je bila elektrificiran odsek Ljubljana—Zidani most, leta 1969 pa še odsek Zidani most—Dobova.

Koroška proga Maribor—Celovec (1863) Koroška proga ali dravska proga poteka od postaje Maribor-Studenci do Celovca, zgrajena med letoma 1857 in 1863.

V privatizaciji avstrijskih železnic leta 1858 je železnico Dunaj—Trst obenem z železnicami v Lombardiji, Benečiji in osrednji Italiji prevzela 23. septembra 1858 ustanovljena družba »k.k. priv. Südliche Staats-, Lombardisch-Venezianische und Central-Italienische Eisenbahngesellschaft«, ki se je nasilno širila, v prvi vrsti s prevzemom zasebnih železnic, ki so bile šele v stopnji gradnje ali zgolj načrtovane, in so zašle v gmotne težave ter bile zato lahek plen prevzemnika.

Tako je ta družba prevzela tudi že začeto progo Maribor—Celovec, ki so jo začeli graditi 18. julija 1857. Prvo etapo od Maribora do Vuzenice so predali v promet 13. novembra 1862. Do 31. maja 1863 so zgradili 126,5 km proge do Celovca, v naslednjem letu, do 30. maja 1864, pa še dodatnih 38,6 km do Beljaka. Družba je načrtovala povezavo skozi Pustriško dolino (Pustertal) na Tirolsko, kjer je že bila prevzela in leta 1858 dokončala Severnotirolsko železnico od Kufsteina do Innsbrucka, leta 1859 pa Južnotirolsko železnico od Bolzana do mejnega prehoda Ala v dolini Adiže. Povezavo med Innsbruckom in Bolzanom je preko Fortezze (Franzensfeste) dogradila leta 1867, zvezo med Fortezzo in Beljakom pa leta 1871.

Vmes se je bila družba prisiljena preurediti, saj je Avstrija leta 1859 po porazu v vojni morala odstopiti Lombardijo Piemontu. Družba sprva ustanovila dve ločeni upravi, ki sta upravljali dela železniškega omrežja v sovražnih si državah, le skupne zadeve pa je obravnavala »Združena južnoavstrijska, lombardijska in centralno-italijanska železniška družba« (Vereinigte Südosterreichische, Lombardische und Central-Italienische Eisenbahngesellschaft), leta 1862 pa je bila družba preoblikovana v dve povsem ločeni družbi. Del omrežja od Dunaja do meje z Lombardijo je prevzela »Cesarsko-kraljeva priviligerana družba južne železnice« (K.k. priv. Südbahn-Gesellschaft), ki je obstajala do leta 1924.

Gorenjska proga Ljubljana—Trbiž (1870) Kljub temu, da gorenjska proga ni bila uvrščena ne v prvi (1854), ne v drugi (1863) vladni program izgradnje prog, je dozorevalo prepričanje, da bo Gorenjska, dotlej najbolj industrializiran predel Slovenije, brez železniške povezave nazadovala. Predvsem po zaslugi zavzemanja poslanca dr. Lovra Tomana so poslanci deželnega podprli predlog izgradnje gorenjske železnice. Z ministrskim odlokom 27. junija 1867 je odbor dobil začasno odobritev, 9. julija 1868 pa je bil v zboru sprejet zakon o pogojih in ugodnostih za železniško podjetje Ljubljana—Trbiž s priključkom na omrežje Rudolfove železnice. Ker je imela družba Južne železnice po privilegiju pravico prednosti za graditev te proge, je bilo s pripravami na gradnjo moč začeti šele, ko družba Južne železnice ni v predpisanem roku izkazala zanimanja za gradnjo. Na licitacijo za izvajalca so prispele tri prijave: Ljubljanski konzorcij, Stavbno podjetje G. Pongratz ter družba Rudolfove železnice. V trdem boju je z najugodnejšo ceno zmagala slednja, s čimer je propadel prvi slovenski poskus, da bi z doseženo koncesijo mogli sami financirati in zgraditi železniško progo.

Graditi so začeli spomladi 1869. Progo so dogradili v dveh letih in jo 14.decembra 1870 odprli za javni promet. Gorenjska proga je dolga 102 km. Trasa proge je kompromis, ki od gorenjskega kolodvora poteka po desnem bregu Save do Medvod, napravi ovinek proti Škofji Loki, nato se s Sorškega polja spusti 22 m v dolino Save, kjer je na prodišču zgrajena železniška postaja Kranj. Od Kranja nadaljuje proga po desnem bregu Save, jo pri Otočah prečka ter se pod Radovljico vzpne skozi Lesce proti Jesenicam. Odtod poteka po dolini Save Dolinke do postaje Planica, kjer doseže najvišjo točko 853 m, zatem pa se spusti 120 m do Trbiža. Proga ima predora pri Radovljici in Žirovnici.

Z izgradnjo povezave med Trbižem in Beljakom leta 1873 je gorenjska proga postala del omrežja Rudolfove železnice, ki je na Gornjeavstrijskem segalo do Donave. Na gorenjsko progo so leta 1891 priključili kamniško progo, leta 1893 dolenjsko progo, leta 1906 bohinjsko progo in leta 1908 še tržiško progo. Družba Rudolfove železnice je kmalu po izgradnji gorenjske železnice zašla v finančne težave, iz katerih jo je skladno s spremenjeno politiko do izgradnje železnic rešila država, ki jo je leta 1880 prevzela.

Čeprav segajo zamisli o drugem tiru v čas takoj po prvi svetovni vojni, je proga ostala enotirna, v letih 1963 in 1964 pa je bila elektrificirana. Promet na odseku od Planice do državne meje z Italijo je bil ukinjen leta 1956, 1. aprila 1966 pa je bil ukinjen tudi promet na odseku Jesenice-Planica, proga pa razdrta. Na delu trase so kasneje uredili kolesarsko pot.

Proga Pivka—Reka (1873) Družba južne železnice se je v koncesijski listini iz leta 1858 zavezala k izgradnji proge do Reke, če država krije tretjino gradbenih stroškov za spodnji in zgornji ustroj proge. S porazom v avstrijsko-pruski vojni leta 1866 in izgubo ozemelj v severni Italiji je naraslo zanimanje avstrijske vlade, da bi poleg Trsta prometno povezali še kakšno pristanišče na Jadranu. Uvedba dualizma in preoblikovanje v Avstro-Ogrsko leto pozneje, ko je ogrska stran predstavila svoj prometno-politični program, je stvar še pospešila. S sporazumom leta 1869 se je Družba južne železnice v zameno za ugodno posojilo obvezala, da 1. julija 1872 obenem s povezavo odrezanega odseka tirolskih železnic med Bolzanom in Kufsteinom s koroškimi železnicami izgradi tudi železniško povezavo z Reko. Ker je bilo v interesu Družbe južne železnice ohranitev monopolnega položaja tržaškega pristanišča, z gradnjo proge proti Reki ni hitela in je bila končana dve leti za koroško-tirolsko povezavo. Šele napredovanje proge z ogrske strani proti Reki je družbo naposled primoralo, da je progo dokončala. Za promet je bila odprta 25. junija 1873, vsega štiri mesece pred progo Karlovec-Reka, odprto 23. oktobra istega leta.

Proga med Pivko (tedaj Sv. Peter) in Reko je dolga 54,4 km in poteka prek kraškega terena s številnimi useki in nasipi, od katerih je najvišji visok 52 m. Na progi so trije predori, najdaljši med njimi je dolg 624 m.

Proga med Pivko in Reko je bila obenem z odsekom med Sežano in Postojno leta 1938, v času, ko sta bili progi pod italijansko upravo, elektrificirana po sistemu enosmernega toka z napetostjo 3000 V. Za oskrbo z električno energijo je bila na Soči zgrajena hidroelektrarna Doblar ter daljnovodi do Opčin, Pivke in Matuljev nad Reko, kjer so oskrbne postaje.

Istrska proga Divača—Pulj (1876) Z izgubo ozemelj v severni Italiji se je geostrateški položaj za Avstrijo precej spremenil in pokazala se je potreba po pomorski vojni bazi. Puljski zaliv na koncu istrskega polotoka je imel naravne danosti za takšno oporišče, težava pa je bila v tem, da je bil Pulj 140 km oddaljen od železnice Dunaj-Trst in praktično dostopen le po morju, kar je predstavljalo velike težave pri dovozu potrebnega materiala. Čeprav segajo prve pobude za železniško povezavo Pulja z zaledjem že v leto 1863, pa je vlada šele marca 1873 sprejela zakon o državnem poroštvu za gradnjo istrske železnice. Zaradi borznega zloma maja istega leta za dela ni bilo zanimanja s strani zasebnega kapitala, in država se je gradnje lotila v lastni režiji. 17. decembra 1873 se je v Pazinu začela gradnja »Istrske državne železnice« (Istrianer Staatsbahn, IStB). 172,3 km proge so zgradili v nepolnih treh letih in so jo odprli 20. septembra 1876. Progo je do leta 1884, ko so jo vključili v sistem Cesarsko-kraljevih državnih železnic, upravljala Družba južne železnice.

Proga ima značilnosti gorske proge, saj se od morske obale dvakrat povzpne na višino 530 metrov nad morjem; najvišjo točko (539 m) doseže na razvodnici pri Rodiku, pred Pazinom pa ima kilometer dolg predor. Prvotno zgrajena proga je imela dva kraka: pri Kanfanarju se je odcepil krak proti Rovinju. Skoraj 30 km dolga lokalna proga je bila ukinjena in demontirana leta 1966.

Po drugi strani pa je bil po drugi vojni dograjen 54 km dolg krak od Lupoglava do premogovnika Raša. Izkoriščanje premogovnika je bilo težavno, saj so premog najprej vozili po 7 km dolgi ozkotirni progi od premogovnika do separacije v Štalijah v raškem zalivu, ga tam naložili na ladje in ga na Reki spet preložili na železnico. Povezava premogovnika z normalnotirno železniško povezavo je transport znatno poenostavila. Pripravljalna dela so se začela junija 1948, proga pa je bila odprta za tovorni promet 30. decembra 1951, 29. novembra 1959 pa še za potniški promet, a je bil ta hitro tudi ukinjen, proga pa je po zaprtju raškega rudnika v 1960. dobila ponoven zagon v 1980. letih z oživitvijo pristaniške dejavnosti ob ustju reke Raše. Proga je v zadnjih letih pred zaprtjem doživljala zelo redek promet, potniškega izjemoma ob organiziranih italijanskih železniških izletih, hitrost pa je bila omejena na 30 km/h. Dokončno je bila zaprta za promet po podoru nasipa decembra 2009. Sočasno z gradnjo te proge so bila začeta tudi dela za preboj predora pod Učko, ki bi istrske proge povezal z Reko, a so bila dela po nekaj izkopanih metrih predora na obeh straneh opuščena.

Razpad Socialistična federativna republika Jugoslavija leta 1991 je odrezal istrsko železnico od preostalega železniškega omrežja Hrvaške, ki tako služi pretežno lokalnemu prometu, le en vlak dnevno (Buzet—Divača) pa s prestopanjem povezuje Pulj in Ljubljano, le v poletnem času je direkten. Istrske proge so bile v socialističnem času do slovenske in hrvaške osamosvojitve pod upravo Železniškega gospodarstva Ljubljana.

Proga Trst—Hrpelje (1887)