Vizuelna molekulska dinamika (-{VMD}-) je računarski program za molekulsko modelovanje i vizuelizaciju. -{VMD}- je prvenstveno razvijen kao alat za prikazivanje i analiziranje rezultata molekulsko dinamičkih simulacija. On isto sadrži oruđa za rad sa volumetrijskim podacima, sekvencama, i proizvoljnim geometrijskim objektima. Molekulske scene se mogu eksportovati za upotrebu u drugim softverskim paketima kao što su -{POV-Ray}-, -{Renderman}-, -{Tachyon}-, VRML, i mnogim drugima. Korisnici mogu da izvršavaju njihove sopstvene -{Tcl}- i Pajton skriptove u -{VMD}-u, pošto on sadrži Tcl i Pajton interpretatore. VMD, zajedno sa izvornim kodom, je slobodno dostupan, ali je pod licencom besplatnog softvera.
Istorija
VMD su razvile grupa za Teoretsku i računsku biofiziku (TCB) na Univerzitetu Ilinoja i Bekman institut. Originalnu verziju, koja se zvala -{VRChem}-, su razvili -{M. Krogh, W. Humphrey}- i -{R. Kufrin}- 1992. Inicijalnu verziju VMDa su napisali -{Andrew Dalke, Jeff Ulrich}-, i Vilijam Hamfri, i ona se pojavila 1995. Rane -{VMD}- verzije su razvijene za Silikon Grafiks radne stanice, i mogle su isto tako koristiti na -{CAVE}- mašinama. Nakon što su originalni programeri otišli da rade na drugim projektima, Sergej Izrailev je preuzeo održavanje programa sve do 1998. Te godine je -{John Stone}- postao glavni -{VMD}- programer. On je portirao -{VMD}- na mnoge druge vrste Juniksa, i uveo punu podršku za -{OpenGL}- grafiku. Prva -{VMD}- verzija za Majkrosoft vindouz platformu se pojavila u 1999. U 2001, -{Justin Gullingsrud, Paul Grayson}-, i -{John Stone}- su dodali podršku za povratno spregnute () uređaje, i razvili su interfejs između VMD i NAMD za podršku interaktivnih molekularno dinamičkih simulacija. U toku daljeg razvoja oni su potpuno zamenili grafički korisnički interfejs, dodali podršku za displej i obradu volumetrijskih podataka, i počeli da upotrebljavaju OpenGL šejding jezik ().
Inter-procesna komunikacija -{VMD}- može da komunicira sa drugim programima kroz -{TCL/TK}-. proteinska platforma -{STRAP}-
Napomena Da bi -{VMD}- mogao da funkcioniše csh ljuska mora biti instalirana.
Vidi još
Reference
Spoljašnje veze -{VMD}- -{VMD}- na -{GPU}-evima
Категорија:Софтвер за молекулску динамику Категорија:Слободни софтвер за науку