мини|десно|200п|Periferni protein iz -{OPM}- baze podataka (-{P40phox}- -{PX}- domen -{NADPH}- oksidaze). Srednja ravan lipidnog dvosloja - srne tačke. Granica ugljenovodoničnog centralnog regiona - plave tačke (intracelularna strana). Slog lipidnih fosfata - žute tačke.
Baza podataka orijentacija proteina u membranama (, -{OPM}-) sadrži prostorne orijentacije proteinskih tri-dimenzionalnih struktura u odnosu na lipidni dvosloj. Ova baza podatak je bila korišćena u eksperimentalnim i teoretskim studijama za membranu-vezanih proteina.
Opis
Proteinske strukture su uzet iz baze podataka proteina. Pozicije proteina u hidrofobnoj ploči su izračunate koristeći model implicitne solvatacije.
-{OPM}- sadrži strukturnu klasifikaciju za membranu-vezanih proteina u familije i superfamilije (baziranu na -{SCOP}- klasifikacije), membransku topologiju, i tip odredišta membrane za svaki protein. Svi fajlovi sa proteinskim koordinatama sa izračunatim membranskim granicama su slobodno dostupni.
Ovaj sajt omogućava vizuelizaciju proteinskih struktura sa ravnima membranskih granica koristeći -{Jmol, MDL Chime}- i -{WebMol}-.
Prednosti
Ova baza podataka sadrži prostorne pozicije transmembranskih i perifernih membranskih proteina u lipidnom dvosloju, zajedno sa bazom podataka transmembranskih proteina koja uvrštava samo transmembranske proteine. Izračunate pozicije proteina su bile kompajlirane sa relevantnim eksperimentalnim podacima za 24 transmembranska i 53 periferno membranska proteina uključujući mesto-usmereno spinsko obeležavanje, hemijsko obeležavanje, merenja membranskih vezivnih afiniteta proteinskih mutanata, fluorescentnu spektroskopiju, -{NMR}- spektroskopiju rastvora ili čvrstog-stanja , -{ATR}- -{FTIR}- spektroskopiju, i difrakcione studije proteina u lipidnim slojevima X-zracima ili neutronima.
Nedostaci
-{OPM}- kolekcija perifernih membranskih proteina nije kompletna. Ova baza podataka verovatno sadrži manje od 50% -{PDB}- perifernih proteina, zato što za-membranu-učvršćujući elementi perifernih proteina (amfifilni alfa heliksi, izloženi nonpolarni ostaci, ili lipid-vezani proteini) nedostaju ili su neuređeni u eksperimentalnim proteinskim strukturama, i stoga mod protein-membranske veze ne može biti računski predviđen.
Vidi još Transmembranski protein Integralni membranski protein Periferni membranski protein
Literatura
Spoljašnje veze -{OPM}- baza podataka Zvanični sajt
Pregledi ST -{NetWatch}-: Proteinska baza podataka
Drugi srodni resursi -{TCDB}- -{TransportDB}- Membranski -{PDB}- Integralni membranski proteini sa poznatim 3D strukturama Baza podataka transmembranskih proteina Membranski domeni (-{MeTaDoR}-) Antimikrobna baza podataka peptida
Категорија:Биолошке базе података Категорија:Мембрански протеини