Малајско-полинежански језици су највећа грана породице аустронежанских језика, која обухвата 1.236 језика класификованих на бројне језичке групе и подгрупе. Говоре се углавном по острвским државама југоисточне Азије и Океаније: Индонезија, Малезија, Источни Тимор, Самоа, Нови Зеланд, итд. Изузетак је малгашки, који се говори на Мадагаскару, у Африци.

Класификација мини|300px|Малајско-полинежански језици према једној од класификација:

Веза са аустронезијским језицима Тајвана Упркос малом броју особина које деле са источноформожанским језицима (као што је стапање пра-аустронежанских *t и *C у /t/), нема убедљивих доказа који би ближе повезали малајско-полинежанске језике са било којом од основних грана аустронежанских језика са Тајвана.

Унутрашња класификација Малајско-полинежански језици се састоје од великог броја малих локалних кластера језика, при чему су изузетак океански језици, једина велика грана која је опште прихваћена; прајезик пра-океански је реконструисан у свим аспектима своје структуре (фонологија, лексика, морфологија и синтакса). Све остале велике групе језика унутар малајско-полинежанске гране су контроверзне.

Најзначајнији предлог за унутрашњу класификацију малајско-полинежанских језика дао је Роберт Бласт, који је представио неколико радова у којима заговара поделу на две основне гране западно-малајско-полинежанску и средњо-источно-малајско-полинежанску.

Средњо-источно-малајско-полинежанскa грана је широко прихваћена као подгрупа, иако је истакнут један број примедби којима се оспорава њена валидност као генетске подгрупе.Ross, Malcolm (2005), "Some current issues in Austronesian linguistics", in D.T. Tryon, ed., Comparative Austronesian Dictionary, 1, 45–120. Berlin: Mouton de Gruyter. Oceanic Linguistics, 47(1), 114–158. Са друге стране, за западно-малајско-полинежанску грану већина аутора данас (укљ. самог Бласта) сматра да је то збирни назив, којим су обухваћене групе које не припадају средњо-источно-малајско-полинежанској грани, другим речима није генетска подгрупа. Узевши у обзир средњо-источно-малајско-полинежанску хипотезу, малајско-полинежански језици се могу поделити на следеће подгрупе (предлози већих подгрупа су дати ниже):

Филипински (спорно) Батански Севернолузонски Средњолузонски Северноминдорски Ширесредњофилипински Каламијски Јужноминданајски (или билијски језици) Сангирски Минахасански Умирајскодумагетски Манидско-инагтијски Атски Самско-баџавски Северноборнејски Североисточносабашки Југозападносабашки Северносаравачки Кајанскомурички Копненодајачки Баритски (укљ. малгашки) Малајско-чамски Мокенскомокленски Северозападносуматрански (вероватно укљ. енгански језик) Реџаншки Лампуншки Сундски Јавански Мадурски Балијско-сасачко-сумбавски Целебешки Јужносулавешки Палаучки Чаморски Средњо-источно-малајско-полинежански језици Средњо-малајско-полинежански језици Сумбско–флорешки Флорешко-лембатски Селарски Кајско–танимбарски Арујски Средњомолучки Тиморски (или тиморско–бабарски језици) Ковиајски Теорско-курски Источно-малајско-полинежански језици Јужнохалмахерско-западноновогвинејски Океански (приближно 450 језика)

Положај насалског језика (којим се говори на делу Суматре) је још увек нејасан, он дели већи део своје лексике и фонолошке историје са лампуншким или реџаншким језиком. . SIL Electronic Survey Report. SIL International.

Малајско-сумбавски (Аделар 2005) Постојање малајско-сумбавске гране језика предложио је Аделар (2005), на основу лексичких и фоночошких доказа. Ова грана обувата малајско-чамске, балијско-сасачко-сумбавске језике и мадурски и сундски језик. Oceanic Linguistics, 44(2), 357–388. Малајско-сумбавски Малајско-чамско-балијско-сасачко-сумбавски Малајски Чамски Балијско-сасачко-сумбавски Сундски Мадурски

Ширесеверноборнејски (Бласт 2010; Смит 2017, 2017a) Ширесеверноборнејска хипотеза, уједињује све језике са Борнеа сем баритских језика са малајско-чамским језицима и реџаншким и сундским језиком у једну подгрупу. Први ју је предложио Бласт (2010), а касније ју је надоградио Смит (2017, 2017a).Smith, Alexander (2017a). The Languages of Borneo: A Comprehensive Classification. PhD Dissertation: University of Hawai‘i at Mānoa.

Ширесеверноборнејски Северноборнејски Североисточносабашки Југозападносабашки Северносаравачки Кајанскомурички Копненодајачки Малајско-чамски Мокенски (Смит (2017) их не укључује) Реџаншки Сундски

Због укључивања малајско-чамских и сундског језика, ширесеверноборнејска хипотезе није компатибилна са Аделаровом малајско-сумбавском хипотезом. Последично, Бласт изричито одбацује постојање малајско-сумбавске подгрупе. Ширесеверноборнејска подгрупа је заснована искључиво на лексичким доказима.

Према Смиту (2017) На основу предлога који је првобитно изнео Бласт (2010) као проширење ширесеверноборнејске хипотезе, Смит (2017) уједињује неколико малајско-полинежанских подгрупа у „западноиндонежанску грану”, на тај начин значајно смањујући број основних грана малајско-полинежанских језика.

Основне гране малајско-полинежанских језика према Смиту (2017): Западноиндонежански Ширесеверноборнејски Северноборнејски Североисточносабашки Југозападносабашки Северносаравачки Средњосаравачки Кајански Копненодајачки Малајски Чамски Сундски Реџаншки Ширебаритски (језички комплекс) Самско-баџавски Баритски (парафилетски језички комплексSmith, Alexander D. 2018. . JSEALS Volume .) Лампуншки Јавански Мадурски Балијско-сасачко-сумбавски Северозападносуматрански (проширена верзија северозападносуматранских језика, која укључује насалски; питање унутрашње класификације Смит је оставио отвореним) Целебешки Јужносулавешки Палаучки Чаморски Мокленски Филипински (језички комплекс, према Смиту, „више је слабо повезана група језика, која можда садржи већи број основних грана, него што је једна грана”) Средњо-источно-малајско-полинежански

Едвардс (2015). тврди да је енгански основна грана малајско-полинежанских језика. Међутим, ово Смит (2017) оспорава, према њему енгански је доживео велике унутрашње промене, а раније је био много сличнији другим суматранским језицима са Суматре.

Додатно, према Риду (2013)." Human Biology:: , Article 15. атски (инати) је такође основна грана малајско-полинежанских језика.

Сржно-малајско-полинежански Зобел (2002) је предложио постојање сржно-малајско-полинежанске подгрупе, на основу претпостављених заједничких иновација (аустронезијско поравнање и синтакса) присутних широм Индонезије изузев великог дела Борнеа и северног Сулавесија. Ова грана укључује језике Великих Сундских острва (малајско-чамски, северозападносуматрански, лампуншки, сундски, јавански, мадурски, балијско-сасачко-сумбавски) и већег дела Сулавесија (целебешки, јужносулавешки), као и палаучки, чаморски и средњо-источно-малајско-полинежанске језике.Zobel, Erik, "The position of Chamorro and Palauan in the Austronesian family tree: evidence from verb morphosyntax". In: Fay Wouk and Malcolm Ross (ed.), 2002. The history and typology of western Austronesian voice systems. Australian National University. Ова хипотеза је један од малог броја покушаја повезивања одређених западно-малајско-полинежанских језика са средњо-источно-малајско-полинежанским језицима у вишу међугрупу, али је привукла мало пажње других аутора.

Референце