thumb|right|250px|Poravnavanje -{H-Ras}- mutanta -{A59G}- u kompleksu sa -{GppNHp}- (zeleni skeč) i -{GDP}- (cijan). P-petlja glavnog lanca je prikazana u crvenoj boji, jon -{Mg<}-sup>2+</sup> je zelena sfera, a bočni lanci aminokiselina K16 i S17 su prikazani u štapičastoj notaciji.
Valkerov A i Valkerov B motivi su proteinske sekvence. Njih je zapazio Valker u proteinima koji vezuju ATP 1982. godine.
Valkerov A motiv Valkerov A motiv, takođe poznat kao Valkerova petlja ili P-petlja (fosfat-vezujuća petlja), je proteinski motiv sa obrascem -{GXXXXGK(T/S)}-, gde -{G, K, T}- i -{S}- označavaju glicin, lizin, treonin i serin, a X označava bilo koji aminokiselinu. On je ATP ili GTP vezujući motiv prisutan u mnogim proteinima koji vezuju nukleotide. Lizinski (K) ostatak Valkerovog A motiva ima presudni značaj za vezivanje nukleotida. To je petlja bogata glicinom kojoj prethodi beta ravni i kojoj sledi alfa heliks. Ona formira interakcije sa fosfatnom grupom nukleotida i sa jonom magnezijuma, koji koordinaciono vezuju β- i γ-fosfate.
Valkerov A motiv je najbolje poznat po njegovom prisustvu u proteinima koji vezuju nukleotide, ali je isto tako prisutan i u mnoštvu proteina sa raznovrsnim funkcijama, kao što su alfa i beta podjedinica ATP sintaze, miozin, transducin, helikaze, kinaze i -{RecA}-.
Valkerov B motiv
Valkerov B motiv je strukturni motiv proteina sa obrascem -{(R/K)XXXXGXXXXLhhhhD}-, gde -{R, K, G, L}- i -{D}- označavaju ostatke arginina, lizina, glicina, leucina, i aspartičke kiseline, X predstvalja bilo koju od 20 standardnih aminokiselina, a -{h}- označava hidrofobnu aminokiselinu. Prema nekim skorijim nalazima konsenzus sekvenca ovog motiva je -{hhhhDE}-, gde E označava glutamatni ostatak. Aspartat i glutamat takođe formiraju deo -{DEAD/DEAH}- motiva nađenog u helikazama. Aspartatni ostatak se koordinira sa jonom magnezijuma, a glutamat je esencijalan za ATP hidrolizu.
Sekvence ovog motiva je veoma promenljiva, tako da su jedina nepromenljiva svojstva negativno naelektrisani ostaci nakon niza glomaznih, hidrofobnih aminokiselina.
Reference
Literatura
Članci
Spoljašnje veze Valkerov A motiv, -{PS00017}- -{DEAD}- kutija, -{PS51195}- Референце
Литература
Категорија:Протеински структурни мотиви