thumb|250px|Dizajn nukleinskih kiselina se može koristiti da se formiraju kompleksi nukleinskih kiselina sa komplikovanom sekundarnim strukturama kao što je ovaj spoj.
Dizajn nukleinskih kiselina je proces generisanja skupa nukleinskih kiselina koje formiraju željenu konformaciju. Dizajn nukleinskih kiselina je centralno polje DNK nanotehnologije i DNK računarstva. Dizajn je neophodan jer postoji mnoštvo sekvenci nukleinskih kiselina koje će formirati datu sekundarnu strukturu, ali će većina njih imati dodatne neželjene interakcije koje se moraju izbeći. Pored toga postoji mnoštvo tercijarnih strukturnih razmatranja koja utiču na izbor sekundarne strukture datog dizajna.
Dizajn nukleinskih kiselina ima slične ciljeve sa dizajnom proteina: u oba procesa, sekvenca monomera se racionalno dizajnira da bi se savila na željeni način i da bi se izbegle neželjene konformacije. Dizajn nukleinskih kiselina je znatno računski jednostavniji problem, usled jednostavnosti pravila uparivanja baza, te jednostavni heuristički metodi proizvode eksperimentalno robustne dizajne. Za rad većine računarskih modela za savijanje proteina je neophodan templet tercijarne strukture, dok se dizajn nukleinskih kiselina može izvoditi uglavnom na nivou sekundarne strukture. Strukture nukleinskih kiselina su znatno manje raznovrsne od proteina u pogledu njihove funkcionalnosti.
Dizajn nukleinskih kiselina se može smatrati inverznim procesom od predviđanja strukture nukleinskih kiselina. U predviđanju strukture ona se određuje polazeći od poznate sekvence, dok se u dizajnu nukleinske kiseline, sekvenca generiše tako da formira željenu strukturu.
Reference
Literatura
Baker D and Sali A. Protein structure prediction and structural genomics. . Chiu, D.K. and Kolodziejczak, T. (1991) Inferring consensus structure from nucleic acid sequences. Comput. Appl. Biosci, . 7, 347–352 Do CB, Woods DA, Batzoglou S. (2006) CONTRAfold: RNA secondary structure prediction without physics-based models. . Gutell, R.R., et al. (1992) Identifying constraints on the higher-order structure of RNA: continued development and application of comparative sequence analysis methods. Nucleic Acids Res, . 20, 5785–5795 Leontis NB, Lescoute A, and Westhof E. The building blocks and motifs of RNA architecture. .
Macke T, Case D: Modeling unusual nucleic acid structures. In Molecular Modeling of Nucleic Acids. Edited by Leontes N, SantaLucia JJ. Washington, DC: American Chemical Society; 1998:379-393. Major F: . . Massire C, Westhof E: MANIP: an interactive tool for modelling RNA. , 255–257.
Tuzet, H. & Perriquet, O., 2004. CARNAC: folding families of related RNAs. Nucleic Acids Research, 32(Web Server issue), W142-145. Touzet, H., 2007. Comparative analysis of RNA genes: the caRNAc software. Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), 395, 465-474.
ModeRNA: A program for comparative RNA modeling
Vidi još RNK Nekodirajuća RNK Analogna nukleinska kiselina
Категорија:ДНК нанотехнологија Категорија:РНК Категорија:ДНК