Ramačandranov dijagram (Ramačandranov grafikon, [φ,ψ] grafikon), koji su originalno (1963) razvili G. N. Ramačandran, C. Ramakrišnan, and V. Sasisekharan, je način vizuelizacije diedralnih uglova ψ naspram φ aminokiselinskih ostataka proteinske strukture. Slika levo ilustruje definiciju φ i ψ diedralnih uglova osnove lanca (φ i φ' po Ramačandranu). Ugao ω peptidne veze je normano 180°, pošto parcijalni karakter dvostruke veze drži peptid u ravni. Slika gore desno prikazuje dozvoljene φ,ψ konformacione regione osnove lanca po Ramačandranu et al. iz 1963. i 1968, koristeći proračune trvdih sfera: pun radijus je prikazan punim linijama, redukovani radijus isprekidanim, i relaksirani tau (-{N-C}-alfa--{C}-) ugao tačkastim linijama. Pošto su vrednosti diedralnih uglova cirkularne i 0° je isto što i 360°, ivice Ramačandranovog dijagrama se „obmotavaju“, leva strana sa desnom, i dno sa vrhom. Na primer, mala traka dozvoljenih vrednosti duž donjeg levog ugla grafikona je nastavak velikog regiona gore levo.
Reference
Literatura , available on-line at Anatax
Spoljašnje veze -{ DynoPlot in PyMOL wiki Link to Ramachandran Plot Map of alpha-helix and beta-sheet locations Link to Ramachandran plot calculated from protein structures determined by X-ray crystallography compared to the original Ramachan. Proteopedia Ramachandran Plot
Категорија:Биохемијски методи Категорија:Графикони