-{Jmol}- je program otvorenog koda, napisan u Javi, za prikazivanje hemijskih struktura u 3D, za čiji rad nisu neophodni dodaci za 3D ubrzavanje. Jmol prikazuje 3D reprezentaciju molekula koja se može koristi u nastavi i u istraživanjima, npr. u oblastima hemije i biohemije. Ovaj besplatni softver otvorenog koda napisan u Javi se može koristiti na Windows-u, Mac OS X, Linuksu i Juniks. Dostupna je i samostalna aplikacija, kao i komplet alata za razvoj, koji se mogu integrisati u druge Java programe, kao što su Bioclipse i Taverna.

Popularno svojstvo je -{applet}- koji može da bude integrisan u veb stranice radi prikazivanja molekula na razne načine. Na primer, molekuli se mogu prikazati kao modeli „lopti i štapova“, „prostorno popunjavajući“ modeli, „trakasti“ modeli, etc. Jmol podržava širok opseg molekularnih formata fajlova, uklučujući -{Protein Data Bank}- (pdb), kristalografski informacioni fajl (cif), MDL molfajl (mol), i -{Chemical Markup Language}- (CML).

Jmol aplet, pored drugih mogućnosti, se može koristiti kao alternativu Čajm pluginu, čiji je razvoj zaustavljen. Mada mnoga svojatava Jmola nisu dostupna u -{Chime}- paketu, on nije zamišljen kao sveukupna zamena -{Chime}- funkcionalnosti (pre svega, skulpturnog moda). Da bis koristio -{Chime}- neophodno je da se instalira plug-in i da se koristi Internet eksploreru 6.0 ili Fajerfoksu 2.0 na Microsoft Windowsu, ili Netskejp komunikatoru 4.8 na Makintoš OS9. Za upotrebu Jmol-a neophodana je Java instalacija, koja se može koristiti na mnoštvu različitih platformi. Na primer, Jmol je potpuno funkcionalan u Mozilinom fajerfoksu, Internet Eksploreru, Operi, Guglovom Hromu i Safariju.

Snimci ekrana

Vidi još Spisak molekulskih grafičkih sistema Spisak softvera za molekularno mehaničko modelovanje -{Chemistry Development Kit}- (CDK) Molekulska grafika -{PyMOL}- Jmol za Medijaviki

Reference

Spoljašnje veze -{Jmol official web site}- -{Jmol wiki where a list of Websites, Wikis, Moodles, ... using Jmol is available}-

Категорија:Софтвер за хемију Категорија:Софтвер за молекулско моделовање Категорија:Софтвер за биоинформатику Категорија:Слободни софтвер за хемију Категорија:Слободни софтвер написан у Јави