Партизански покрет у Србији је периодично јачао и слабио, па су и злочини које су партизани починили били најмасовнији у периодима када је овај покрет био најснажнији. Мада је било злочина и пре 1944.ЗБОРНИК НОР-а, том I - књига 21 - Борбе у Србији 1941-1944 - документи квислиншких јединица и установа године, период када су злочини били најинтензивнији је последња година као и период непосредно по окончању рата. Према извештају Државне комисије за тајне гробнице, од 12. септембра 1944. на територији Србије идентификовано је страдалих између 58 и 60 хиљада држављана Краљевине Југославије, од који су око половина припадници немачке народности (фолксдојчери). Више од 50% страдалих Фолксдојчера били жене, деца и старци.Срђан Цветковић, Репресија комунистичког режима у Србији на крају Другог светског рата са освртом на европско искуство Према подацима из 2014. највећи број страдалих (око 70% или око 38.000) је забележен на територији Војводине (са Земуном), претежно немачке и мађарске народности. На подручју централне Србије без Косова је забележено око 15.000 страдалих (27%), углавном српске народности, док је на територији Косова и Метохије забележено око 1.800 страдалих, углавном албанске народности.

Као што је наглашено, злочина је било и пре 1944. године. Први масовни злочин над цивилним становништвом у Србији забележен је управо од стране партизанских јединица већ 31. јула 1941, у Ваљевском округу, у селу Гуњаци код Пецке, општина Осечина (М Радановић, Kазна и злочин, Београд 2016, стр. 70). Поред масовних злочина у ваљевском крају су током лета и јесени 1941. године забележена су и бројна појединачна зверства (K. Николић, Н. Девић, В. Kривошејев, Ваљево под окупацијом у Другом светском рату, Ваљево 2021, 86-92)

Често се бројка од 59.000 имена пописаних у регистру Државне комисије за тајне гробнице од 12. септембра 1944. поистовећује са жртвама партизанских чистки у Србији по ослобођењу. Међутим, ова бројка обухвата и људе који су рођени на територији данашње Србије, а страдали ван ње, затим људе који нису имали пребивалиште на територији данашње Србије, а страдали су у њој, као и људе који нису нису имали пребивалиште у њој, нити су у њој страдали или за њихово страдање нису били одговорни партизани.

Позадина Партизанске јединице које су са Црвеном армијом почеле ослобађање Србије 1944. године, биле су састављане од бораца који су махом регрутовани ван ње. Борци који су чинили ове јединице су били претежно младићи из српских крајева где је партизански покрет био најјачи и који су листом тешко пострадали током рата. Осим ових крајева добар део бораца долазио је из крајева где је сукоб између четника и партизана био веома крвав (Црна Гора, Херцеговина, Далмација) и где су обе стране чиниле страшне злочине. Такође је значајан део борбеног састава долазио из несрпских средина (Хрвати, Бошњаци и др) које свакако, врло често са добрим разлогом, о ЈВуО није могло да има добро мишљење, а Србију су доживљавали као четничко упориште.Лист Блиц - Што бих се мирио с оним коме сам брата убиоАлександар Ненадовић, Разговори с Кочом Озлојеђеност и пропаганда у великој мери су били заслужни за злочине који су по ослобођењу чињени. Често се ови злочини које су партизани вршили правдају чињеницом да су четници непрекидно позивани на предају и истина јесте да се део четника и хрватских домобрана који се предао, укључиван у јединице НОВЈ.

Четници су, након договора Савезничких сила на Техеранској конференцији непрекидно позивани на предају, делом третирани као заведени, амнестирани, укључивани у јединице НОВЈ, које су крајем рата биле засићене бившим четницима и домобранима. Јосип Броз Тито је 17. августа 1944. прогласио општу амнестију четника и хрватских домобрана под условом да нису починили злочине и позвао да приђу партизанима до 15. септембра 1944. Од амнестије су били изузети љотићевци и усташе. Ова амнестија, као и спорни позив краља Петра II од 12. септембра 1944. да се све оружане формације ставе под команду Јосипа Броза је довела до великог осипања у редовима ЈВуО и Хрватског домобранства. Према Брозовом наређењу четници и домобрани који би и након 15. септембра 1944. прешли на страну партизана били би распоређивани у партизанске јединице. Амнестија је још једном поновљена 21. новембра 1944., и поново усвајањем Закона о амнестији и давању помиловања од 6. јула 1945. Између 10 и 15 хиљада четника је амнестирано на тај начин, што је представљало око трећине четника у Србији у том тренутку.

Чињенице о позивима на предају и амнестија, ипак не могу бити оправдање за масовне вансудске егзекуције које су уследиле, тим пре што су многе од тих "амнестија" према сведочењу академика Дејана Медаковића биле у ствари клопке за оне који су били наивни да у њих поверују. Најпре су званично преко радија и штампе позивани сви неокаљани чувари јавног реда и мира да се врате на посао. Верујући у добре намере нових власти јавило се више стотина жандарма, писара, дактилографа и других. Сви су сабрани, у велику касарну гарде на Дедињу, без суђења и селекције, поскидани и стрељани.Дејан Медаковић, Ефемерис IIЉубомир Тешић, Црвени ураган над Београдом

Могуће је да је део оних који су ликвидирани своју судбину и заслужио, али је сасвим сигурно да већина од 60.000 људи чак и ако је била нешто крива није смела да буде на овакав начин убијена. О начину размишљања оних који су доносили одлуке о животима говори и извештај ОЗНЕ из јануара 1945.

„Без много скрупула треба ликвидирати све оне за које знамо да су нам непријатељи и да ће сутра бити против нас“

Злочини Скоро свако село у Србији има неко стратиште у коме су закопани углавном цивили, жртве комунистичког режима, убијене без суђења. Према документима до којих је дошла Комисија стрељања су била планска, по директивама и одлукама тадашњег војног и партијског врха уз постојање детаљних спискова политичких и класних непријатеља које треба ликвидирати. Многи од тих спискова стрељаних су и пронађени. Разлози због којих су партизанске јединице, како је Комисија утврдила, без суђења стрељале људе и бацале тела у необележене гробнице углавном су били идеолошки. Поред тога, како показује историјска грађа, жртве су биле и они за чију су се имовину интересовали тадашњи војни и комунистички челници, чак и они који су носили иста имена као “народни непријатељи”, па су убијени због замене идентитета. Тако је, на пример, настрадао Радислав Радић рођен 1921. у селу Доња Мутница, који се звао исто као председник локалног равногорског одбора. Касније су припадници Озне утврдили да су Радића стрељали грешком, само су дописали у списак убијених, до кога је дошла Комисија: “И он је био непријатељ данашњице”, што је била формулација за све особе стрељане због замене идентитета.

Међу жртвама су, како се види у откривеним списковима, била и деца уз чија је имена уписивано да су били припадници покрета неистомишљеника, као на пример “Д.М.”, што је значило да су припадници, симпатизери, или најчешће само чланови шире породице припадника Југословенске краљевске војске у отаџбини. Међу стрељанима је било и много жена уз чија је имена најчешће уписивано “шпијунка”, “јатак” и “проститутка”. Докази да су некада мотиви за убијање били безочно користољубље налазе се у списковима жртава, поред чијих је имена тачно наведена и њихова имовина, која је касније, како су утврдили законски наследници жртава прешла у руке тадашњих партијских моћника.

Пронађене су и “Књиге стрељаних”, које је под тим именом Озна водила, а у којима су имена људи из појединих тадашњих округа Србије убијених без да је против њих поведен било какав судски поступак.

Чланови Комисије су архиву Војно безбедносне агенције, међу Озниним документима, нашли и извештаје партизанске 47 дивизије стациониране у Ћуприји од 15. новембра 1944. У том извештају се наводи:

“Да би испунили задатке постављене од нашег народа и наше Партије, морамо својски прионути на рад и постати мајстори свога посла. Један од најглавнијих задатака уопште, данас је уништење домаће реакције – издајника – њихово истребљење из самог корена и давање власти народу. Да би успели у овоме, морамо пре свега подићи и учврстити организацију – Озну… Приметио сам и достављено ми је да се стрељање не врши како треба, односно, да се не врше конспиративно”.

Сачуван је и извештај из јула 1945. хрватске бригаде KНОЈ, који је прослеђен Озни, а који су објавили хрватски историчари, у којем се наводи: “…Имаде примера да се прелази и у другу крајност. Највећма су то борци из Петрињског батаљона Прве бригаде, садистички злостављају бандите које одводе на стрељање. То им је прешло у страст тако да више нису у питању сами бандити и можебитне политички неугодне посљедице, него је у питању морална егзистенција дотичних бораца и руководиоца”.

„Угледни грађани Власотинца, који нису припадали ни једној зараћеној страни потписали су апел да се прекине братоубилачки рат и одмазда и упутила га команди НОБ. Kада су партизани ушли у град, стрељали су све потписнике апела”, говори историчар др Срђан Цветковић, секретар Комисије.

Не треба имати илузије да су злочини чињени стихијски и по инерцији, мада је и тога сигурно било. Влада републике Србије донела је 2009. одлуку о оснивању Државне комисије за проналажење и обележавање свих тајних гробница у којима се налазе посмртни остаци стрељаних после ослобођења 1944. Подаци о жртвама највећим делом су преузети из Архива Србије, Архива Југославије, Војног архива, Историјског архива града Београда и Архива Војводине као и из архива локалних самоуправа. Др. Срђан Цветковић, секретар комисије сматра да недостаје значајан део докумената и да грађа која је уступљена представља око 70% од укупне грађе. За истраживање су најзначајније Књиге стрељаних народних непријатеља и Књиге антинародних елемената, које су прецизно вођене, а садржале су: име и презиме, име оца, занимање, по чијој наредби је извршено хапшење, датум хапшења, датум стрељања и орган који је изрекао казну, (најчешће ОЗНА).Некад Било: Срђан Цветковић, Комунистички злочини у Србији

Још пре нашег уласка у Београд ми смо установили критеријуме по којима ће следбеници Недића и Љотића бити убијани на лицу места. Ово је већ било објављено иако се већина следбеника Недића и Љотића повлачила са Немцима. Засигурно међу убијенима је било и оних које би и најгори и најнеправеднији суд поштедео. - Милован Ђилас.Срђан Цветковић, Између српа и чекића

Процедура по којој је рађено била је углавном слична. По ослобођењу су постојећи затворски капацитети коришћени за притварање оптужених. Пошто су хапшења била интензивна па постојећи капацитети често нису били довољни коришћене су за притвор и саслушање и друге установе привремено приведене овој намени. Хапшења су вршена по пријавама, али и унапред припремљеним списковима. Лица су у истражном затвору често подвргавана најразличитијим облицима тортуре и мучењима (чупање ноктију, вешање за полни орган, сакаћења, пребијања итд.). После краћих саслушања одлучивано се за даљи поступак према притворенима. Суђења су по правилу у првим месецима била тајна и фиктивна. Значајан део је без суђења одвођен на стратишта и стрељан, а постојала су наређења да све треба да се одвија у тајности, као и та да места на којим су извршене егзекуције морају остати тајна, а тамо где се сазна за њих не сме да се дозволи окупљање, премештање лешева, или било какво обележје у знак сећања на жртве. Мада су неке егзекуције обнародоване у средствима јавног информисања, добар део је држан у тајности, а родбина није често могла да добије ни информације да ли је ухапшени уопште жив.

Да се само за сумњу остајало без главе и да су се овакви злочини прикривали говори и следећи цитат:

„Уколико у току чишћења наиђете на случајеве да поједине породице одржавају везу са четницима у шуми, онога на кога се сумња да одржава везу – стрељајте најконспиративније, а породици забранити кретање из села и обавестите је да је стрељани упућен у логор“