десно|300п|мини|Мапа Мадагаскара и околине, почетак 18. века десно|300п|мини|Мадагаскар—окупљање народа за доношење закона 1869. године десно|300п|мини|Малагаши на кануима
Историја Мадагаскара позната је од ране изолације копна из древне суперконтененталне групе у којој је Мадагаскар био заједно са Африком и Индијом, а касније и колонизацијом острва од стране насељеника који су насељавали острво у периоду између 200. године п. н. е. и 500. године. Ова два фактора угрозила су хиљаде ендемских биљних и животињских врста, од којих су неке нестале или тренутно угрожење због притиска растуће популације. Током последња два миленијума острво је населио велики број становника различитог порекла, арапске, банту, јужноазијске и европске популације. Већина становништва Мадагаскара данас су потомци банто, северно-индијских, арапских и сомалијских насељеника.
Вековно насељавање на острво уродило је великом популацијом мадагаскарског становништва у односу на површину острва. Већина њих говоре малгашким и аустронежанским језиком, а нешто мање банту, малајски, арапски и енглески језик. Већина генетских састава просечног становника Мадагаскара садржи мешавине аустронежанских и банту народа, нарочито у приморским регионима. Друге популације често су се мешале са постојећом популацијом у ограниченој мери или су покушавале да очувају одвојену заједницу.Burney et al, op.cit.Ricaut et al, op.cit.Burney et alii (2004)
Средином средњег века на острву се појавило више од 12 доминантних народа, као што су Саклава, Мерина и народ Метсимисарака. Лидери су тада искористили поделе ии прилику да уједине ове различите заједнице, као и да успоставе краљевства под њиховом владавином. Ове краљевине су повећавале своја богатства кроз трговину са арапским, еворпским и другим трговцима, као и са пиратима. Између 16. и 18. века пиратске активности у обалним пределима Мадагаскара су биле честе.Hurles et alii (2005) Сакалава и Мерина краљевства трговали су са Европљаниима и тако јачали моћ њиховог краљевства.Randriamasimanana, "The Malayo-Polynesian Origin of Malagasy" Трговали су робовима у замену за ватрено оружје и другу робу. Током овог времена, арапски и европски поморци који су пловили Индијским океаном трагали су за острвима како би покушавали да их колонизују, али безуспешно. Од почетка 19. века, француска и британска колонијална империја такмичиле су се за утицај на Мадагаскару.
Прва насеља 500. п. н. е. — 7. век
Египатски фараон Неко II је 595. године п. н. е. окружио Африку, али није видео Мадагаскар приликом проласка кроз Мозамбички канал. Острво је тада најверовантије било ненасељено или слабо насељено, а најранији докази о насељености на Мадагаскару датирају из 490. године, али нису поуздани. Постоје неки докази који указују на људско присуство и пре овог периода, али су још увек нејасни и недовољно проучавани. Археолошка октрића камених алата на североистоку земље указују на то да је земља била посећена 2000. године пре нове ере. Нема пронађених доказа да су људи живели на планинским деловима Мадагаскара до 12. века.
Докази о раним становницима Мадагаскара нису потпуни, али истраживања и рад на пољу археологије, генетике, лингивстике и историје потврђују да су људи са Мадагаскара били пореклом аустронежани, а овде су стигли највероватније са кануима почетком нове еве или 300 година раније према археолозима, а можда и пре тога према претпоставкама одређених генетичара. Године 2003. потврђено је да су бродови из древне Индонезије могли да дођу до Мадагаскара и западне афричке обале у 8. веку.Dahl O. (1991)Adelaar, K.A. (2006)Staff (4 May 2005) "The cryptic past of Madagascar" Wellcome Trust Sanger Institute, citing
Прво људско присуство на Мадагаскару датира од пре 2000—4000 уназад, а насеља у унутрашњим деловима земље створена су вековима касније. Малгаши су користили биљке за различите сврхе, за лечење од болести, храну и изградњу насеља. Егзотичне биљке гајили су рани насељеници, касније трговци и Французи, а многе од њих су биле важан део пољопривреде, укључујући пиринач који је и данас саставни део исхране свих народа Мадагаскара, као и биљке попут Dioscorea alata и Colocasia esculenta и банана. Плантажне културе укључују личи, каранфилић, кафу и ванилу, чији је Мадагаскар је да од највећих извозника у свету.
Раст људске популације и економска активност вршили су притисак на природну вегетацију у региону, нарочито крчењем шума. Велики број ендемских врста су нестале или постале угрожене.Peter Forster, Shuichi Matsumutra, Matthieu Vizuete-Forster, Petya Belinda Blumbach & Robert Dewar (2008) "The Genetic Prehistory of Madagascar's Female Asian Lineages", In:
Трговци, истраживачи и имиграција (600—1500)
Средином новог миленијума острво су почели да насељавају нови станоници.Писана историја Мадагаскара почиње у 7. веку када је Оманис успоставио трговину дуж северозападне обале и увео ислам, арапско писмо и друге културне елементре. Током овог периода Мадагаскар је био важна трговачка лука источноафричке обале, где се трговало свилом. Постоје докази да су Банту и Свахили морнари и трговци почели да плове на западне обале Мадагаскара већ у 6 и 7. веку.Sigmund Edland, Tantaran’ny Fiangonana Loterana Malagasy
Према веровању неких народа Мадагаскара, први припандици Банту народа и Арапи који су населили Мадагаскар дошли су као избеглице из грађанских ратова којис у уследили након смрти пророка Мухамеда, 632. године. Током 10 и 11. века Арапи су успоставили насеља на западној обали Мадагскара. Последња миграција у овом периоду била је из колоније Свахили, а ови арапски имигранти населили су се у северозападном делу острва.
Европљани на Мадагаскару
Европљани су за Мадагаскар знали само кроз арапске изворе. Први европски контакт са Мадагаскаром био је 10. августа 1500. године, када је португалски капетан Диого Дијас видео острво са брода, а кренуо је на пут до Индије. Португалци су након тога успоставили сарадњу са Мадагаскаром, а 1666. године генерални директор једне француске компаније Францис Карон, обишао је острво. Компанија није успела да успостави колонију на Мадагаскару, већ је успоставила луке на оближњим острвима. Крајем 17. века француски трговачки положаји били су успостављени дуж источне обале Мадагаскара. Током 17 и 18. века, Мадагаскар је често био мета пирата. Многи европски морнари су пловили до Мадагаскара, а неки су га називали Острвом Месеца.
Португалски мореловац Диого Дијас био је први Европљанин који је крочио на Мадагаскар. У наредна два века, Енглези и Французи покушавали су да успоставе насеља на острву.
Мерина монархија
Краљ Андрианампоинимерина (1785—1810) и његов син Радама I (1810—1828) успели су да уједине скоро цео Мадагаскар под Мерина владавином.Madagascar: An Historical and Descriptive Account of the Island and Its Former Dependencies by Samuel Pasfield Oliver. pp. 6. (excerpted in Google Book Search) Ови краљеви и њихови наследници потичу из древне краљевине Мерине која је владала земљама Имерине у централним пределима Мадагаскара још од 16. века. Чак и пре њихове власти и уједињења читавог острва, политичке и културне активности Меринског краљевства оставиле су неизбрисив траг на савременом малагашком идентитету.History of Madagascar An economic history of Imperial Madagascar, 1750–1895. By Gwyn Campbell. , accessed February 15, 2012
Успостављањем доминације над већим дијелом данашњег Мадагаскара, Андрианампоинимерин је постао први Мерина монарх који се сматра краљем Мадагаскара. На острву је након њега и његовог сина владао Ранавалона III, скоји је прогнан у Алжир од стране француских снага које су освојиле и колонизовале острво 1895. године.
Мадагаскар у 19. и 20. веку десно|220п|мини|Француски постер за време рата на Мадагаскару Почетком 19. века, краљ Андријанампоинимерина поново је ујединио краљевство Имерине, смештено у централним планинама, а главни град био је Антананариво. Његов син, Радама I, имао је власт на целом острву и био је први мадагаскарски суверен председник, кога је страначка власт признала као владара Меринског краљевства. Током 19. века, Мерина монархија ангажовала се у процесу модернизације кроз блиске дипломатске везе са Великом Британијом, што је довело до успостављања школа у европском стилу, државних институција и инфраструктуре. Хришћанство, које су представили чланови лондонског мисионарског друштва, постала је државна религија под краљицом Ранавалоном II и њеним премијером, високо утицајним државником Раинилиарвонијем. Политичка неглагања између Британије и Француске била су 1880. године, јер је Француска имала ауторитет на острву, што је 1890. довело до Малагашког протектората, који није влада Мадагаскара. Француски војници су покренули две војне кампање познате под називом "Франко-Хова ратови", да би и тако заузели главни град Мадагскара, у септембру 1895. године. Ово је изазвало побуну Меналамбе против француске владавине која је срушена 1897. године; монархија је била одговорна и распуштена, а краљица и њена пратња протерана у Реунион и касније у Алжир, где је умрла 1917. године. Након освајања, Француска је укинула ропство 1896. године, а око 500.000 робова је ослобођено.
На француском Мадагаскару, од Малагаса је било потребно да раде на француским плантажама, што је довело до високих прихода за колонијалну администрацију. Могућности за Малагазију да приступе образовању или квалификованим позицијама у оквиру колонијалне структуре били су ограничене, иако су неке основне услуге, као што су школе и клинике, по први пут проширене на приморска подручја. Главни град је у великој мери трансформисан и модернизован, а краљевске палате претворене су у школе, а касније и у музеје. Иако су Малагаши у почетку спречили формирање политичких партија, појавило се неколико милитантних националистичких тајних друштава, од којих је најистакнутији Вато Сакелика, основан од стране Ни Авана Раманантоанина.
Многи становници Мадагскара су били регрутовани да се боре за Француску у оба светска рата. На Бразавилској конференцији из 1944. године, Шарл де Гол је колонијама давао статус прекоморске територије и право на представнике у Народној скупштини Француске; када није усвојен закон који су предложили делегати Малезије, за независност Мадагаскара, милитантни националисти су водили неуспешни Малагашки устанак (1947—1948), током које је француска војска починила велики број убиства, која су дубоко оштетила становништво. Земља је стекла пуну независност од Француске 1960. године након деколонизације.
Под руководством председника Филиберта Тсиранана, прва република Мадагаскара (1960—1972) основана је као демократски систем који је моделован на основу Француске. Овај период карактерисала је континуирана економска и културна зависност од Француске, незадовољства међу фармерима и студентимакоји су на крају стали уз Дидјера Ратсирака (1975—1992). Како је Мадагаскарска економија брзо уништена, животни стандарди су драматично опали, а расли социјални немири. До 1992. одржани су слободни и правични вишепартијски избори, успостављањем демократске треће републике (1992—2009). Према новом уставу, јавност са Мадагаскара је изабрала сукцесивне председнике као што су Алберт Зафи, Дидиер Ратсирака и Марц Раваломанана. Избори су одржани 20. децембра 2013. године да бирају новог председника и врате земљу у уставно управљање.
Независност
Прва република (1960—1972)
Прва република основана је 1960. године. За разлику од многих бивших колонија, Мадагаскарска Република снажно се супроставила комунизму.Lonely Planet: Madagascar History Протести против ове политике су се појавили 1972. године и она је угашена. Власт је предата генералу Габијелу Рамантсоу и његовој привременој влади.BBC: Madagascar timeline Дана 5. фебруара 1975. године, пуковник Ричард Ратсимадрава постао је председник Мадагаскара. После шест дана као шеф земље, убијен је док је ишао из председничке палате.
Друга република (1972—1991)