Још у току непосредних припрема за окупацију званични фактори у Аустро-Угарској дошли су до увјерења да је потребно одмах послије запосједања Босне и Херцеговине предузети мјере на прилагођавању православне цркве потребама нове управе. Тада је сматрано да се те мјере морају предузети што је могуће прије, за разлику од вјерских ствари муслимана и католика које у први мах могу остати недирнуте. Ова журба у регулисању црквених прилика код православне цркве имала је у основи два политичка мотива. Први мотив био је тежња за стварањем услова који би православну цркву ставили у службу нове управе и учинили је њеним ослонцем, а други, да се одстрањивањем грчких владика, омрзнутих у народу због својих злоупотреба, придобије православно становништво већ на почетку окупације.

Уз овај други мотив везано је и укидање неких црквених дажбина које су оптерећивале српско становништво. Све то требало је од почетка да покаже предности нове управе.У дубокој позадини првог мотива скривао се далекосежни национално-политички циљ, који ће се јасно истаћи као полазиште у првим корацима на регулисању односа између православне цркве у Босни и Херцеговини и цариградске патријаршије. Тај циљ био је елиминисање православне цркве као фактора интеграције српског народа око Србије. У својој ноти министрима, предсједницима обје државе Монархије, упућеној 6. новембра 1878, поводом предузимања преговора са цариградском патријаршиом око уређења статуса православне цркве у Босни и Херцеговини, министар спољних послова Хајмерле упозорава на могућност да српска влада покрене акцију за обнављање Пећке патријаршије, чиме би се обновила и њена врховна црквена власт над свим хришћанима српске националности. Монархија мора све предузети да спријечи остварење тога плана, јер би онда Србија, у националном смислу постала атрактивна за православно босанско становништво.

Однос према високом свештенству мини|250п|десно|Бенјамин Калај (1839-1903), аустроугарски министар финансија (1883-1903) и врховни надзорник земаљске администрације у Босни и Херцеговини То би се остварило на начин да се обезбиједи пуни утицај Монархије у црквене ствари окупираних провинција и тако унапријед пресијече пут свим аспирацијама сусједне кнежевине. Најбољи пут за остварење тога утицаја је стављање високе хијерархије у Босни и Херцеговини и цариградског патријарха у зависан положај према Аустро-Угарској. Митрополите треба да предлаже влада, цар да их именује, а Патријарх да обавља само канонске формалности. Патријаршија би добијала редовно сваке године одређена новчана средства у замјену за приходе које је до тада имала од Босне и Херцеговине. На тај начин би се припремило "потпуно одвајање" православне цркве у Босни и Херцеговини од патријаршије.

Чврсто се држећи тих погледа, аустроугарска дипломатија водила је преговоре са цариградском патријаршијом, у којима је значајну улогу имао Бенњамин Калај. Преговори су резултирали закључивањем конвенције са патријаршијом 28. марта 1880. Конвенција је имала карактер провизорног акта и у њој су регулисани односи између аустроугарске управе и православне цркве у Босни и Херцеговини и цариградског патријарха. Најважније питање које је конвенцијом регулисано било је постављање митрополита. Дотадашњи митрополити задржани су на својим мјестима, али у случајевима када се та мјеста нађу упражњена, предвиђено је да цар именује нове митрополите, пошто се претходно имена нових кандидата саопште патријарху ради спровођења канонских формалности. Ако се установи да неки од митрополита не испуњава своје обавезе према држави, патријарху или вјерницима његово смјењивање се спроводи по истом поступку који је утврђен за именовање. Митрополити су обавезни да према канонском обичају спомињу патријархово име приликом божије службе. Умјесто канонске субвенције коју су митрополити давали патријарху, конвенцијом се обавезује аустроугарска влада да патријарху годишње исплаћује преко свог посланика у Цариграду 58.000 пијастера у злату. Осим те годишње ренте, патријарх не може добијати никаква материјална средства из Босне. Митрополити у Босни и Херцеговини неће више убирати од својих вјерника никакве таксе и приходе. Те ће приходе прикупљати државни фискус и од њих ће митрополити добијати редовну плату, која ће се обрачунати на бази дотадашњих просјечних прихода убираних на име дажбина вјерника.

Конвенцијом је, како се види, висока црквена хијерархија потпуно подређена држави. Митрополите је именовао и смјењивао цар, а у материјалном погледу доведени су у зависност од земаљске управе. У погледу њиховог избора и именовања патријарху је преостала само формална функција. Због тога је конвенција представљала крупан дипломатски успјех Аустро-Угарске. Тај успјех не умањује ни чињеница да је православна црква у Босни и Херцеговини и даље остала под супрематијом цариградске патријаршије. Аустроугарској дипломатији, уосталом, није било тада ни стало до тога да православну цркву у Босни и Херцеговини потпуно одвоји од патријаршије, јер је Монархија жељела да на односу те цркве према патријаршији утиче на црквену политику патријарха према православним хришћанима у Турској, а посебно у Санџаку, на Косову и у Македонији. То је био правац даљег продирања Аустро-Угарске на Балкан, па ће она стално вршити притисак на патријарха да своју црквену политику на том простору води у складу с њеним интересима или барем не против тих интереса. Послије закључења конвенције Земаљска влада приступа реализацији њених одредаба. Наредбом од 25. јула 1880. преузелесу државне власти убирање и исплату владикарине митрополитима. Ова дажбина износила је годишње за сваку православну породицу у Дабро-босанској епархији 45 крајцара, у Зворничко-тузланској 74 крајцаре и у Захумско-херцеговачкој 68 крајцара. На бази тих износа утврђене су редовне плате митрополита које су исплаћиване из земаљских средстава. Годишња плата дабробосанског митрополита износила је 8.300 форинти, зворничко-тузланског 5.800 и захумско-херцеговачког 4.500 форинти. То су биле плате равне платама највиших чиновника земаљске управе. Влада је рачунала да ће овако богатим наградама везати за себе врхове православне цркве у Босни и Херцеговини, а преко њих и ниже свештенство.

десно|мини|250п|Митрополит дабробосански Сава (Косановић) Пошто су тако митрополити у материјалном погледу подређени државној управи, дошло је на ред смјењивање грчких владика и довођење на њихово мјесто националног свештенства. Али, то није ишло ни лако ни брзо јер није било домаћих људи поузданих и довољно образованих за такве положаје. Треба рећи да се ни властима није пуно журило послије регулисања плата митрополитима, јер су тиме њихове дотадашње злоупотребе смањене, а оне везане за убирање владикарине потпуно нестале, што је имало за посљедицу да се умањило незадовољство народа према грчким митрополитима. Осим тога, они су се држали лојално према властима и стога је вриједило задржати их на положајима док се заиста не нађу повјерљиви и стручни људи који ће их замијенити. Прво је смијењен сарајевски митрополит Антим и на његово мјесто именован 1881. Сава Косановић. У овом случају цар је први пут употријебио стечено право у конвенцији о смјењивањуи именовању митрополита. Косановићево именовање било је резултат тежње за стварањем националне црквене високе хијерархије, која би својим лојалним држањем и активним радом позитивно утицала на православно становништво у правцу прихватања нове управе. Такав утицај није се могао очекивати од грчких владика, прије свега због њихове омражености у народу, а затим због незаинтересованости за развој политичких и других прилика у земљи. Калаја је 1882. извјештен да је мостарски митрополит Игњатије без угледа и енергије. Као странац, који је још под турском влашћу дошао на тај положај, он нема никаквог интереса за развитак земље, као што би га имао домаћи човјек.

Искуство владе са Косановићем као првим домаћим митрополитом показаће да се морају са много више обазривости бирати домаћи људи на митрополитске положаје. Косановић врло рано долази у сукоб са властима због већ споменутих случајева католичке пропаганде. Оно што је највише сметало влади у овом спору било је енергично и независно од власти иступање Косановића. То је указивало да ће митрополит правити озбиљне сметње не само црквеној него и националној политици режима. Зато Калај чека прву погодну прилику да га се отараси. Та се прилика указала кад је Косановић поднио патријарху демисију у знак протеста против толерантног односа власти према бискупу Јосипу Штадлеру, њиховог сталног мијешања у ствари православне цркве и ексцеса на линији католичке пропаганде. Калај одмах предлаже цару да се демисија прихвати. У образложењу свог предлога он каже да се Косановић још раније бавио словенском агитацијом и да је у политичком погледу био стално непоуздан. Његово удаљавање са митрополитског положаја је у интересу и земље и управе, јер се од њега не може очекивати лојално држање чак и ако би самовољно повукао демисију. Да би цара што прије приволио на прихватање демисије, он истиче да нема никакве бојазни од незадовољства у народу због Косановићевог одласка, јер је у новије вријеме његова популарност јако опала, тако да је задржао популарност само код једног дијела грађанства.

У свим збивањима око Косановићеве демисије Калај је упорно настојао, што је на крају уродило плодом, да се демисија спроведе у складу са тумачењем конвенције од аустроугарске стране. Пошто у конвенцији није споменут појам демисије, патријарх је сматрао да њему припада право доношења одлуке о демисији. У томе је Калај видио преседан за будућност, па је тражио да се преко аустроугарске дипломатије изврши притисак на патријарха да право на такву одлуку призна цару, што је патријарх најзад и учинио. За босанскохерцеговачку управу то је право било једнакоправу смјењивања митрополита, јер је демисија представљала много безболнији пут уклањања непоћудних митрополита него смјењивање. Пракса демисије спровођена је у Угарској на врло вјешт начин, па је касније учињен покушај да се пренесе и у Босну.

Цар је прихватио Косановићеву демисију 1885. године. Тако се режим ослободио првог домаћег митрополита у кога су једнако полагали велике наде и босанскохерцеговачки Срби и нова управа. Али, бојазни од Косановићевог ауторитета нису тиме нестале. Он је стално био под присмотром власти, док је Калај привидно показивао према њему пријатељско држање. Такав однос препоручивао је и Земаљској влади, да би се Косановићу одузела могућност да се појављује као "мученик", што би повећало његов углед у народу. Чак му је дата и потпора за путовање на Синај, вјероватно ради тога да што дуже буде одсутан из Босне.

десно|мини|250п|др Никодим Милаш епископ далматински