мини|Словачки пропагандни плакат подстиче читаоце да не „буду слуга Јевреју“. Холокауст у Словачкој састојао се од систематског одузимања имовине, депортација и убистава Јевреја у Словачкој држави, држави подређеној Нацистичкој Немачкој, током Другог светског рата. Од 89.000 Јевреја у земљи 1940. године, процењено је да је 69.000 убијено у Холокаусту.
После Минхенског споразума из септембра 1938. године, Словачка је једнострано прогласила своју аутономију у саставу Чехословачке, али је изгубила значајну територију од Мађарске споразумом Прва бечка награда, потписаном у новембру. Следеће године, уз немачко охрабрење, владајућа етно-националистичка Словачка народна партија прогласила је независност од Чехословачке. Државна пропаганда кривила је Јевреје за територијалне губитке. Јевреји су били на мети дискриминације и узнемиравања, укључујући конфисковање имовине и предузећа. Искључење Јевреја из економије осиромашило је заједницу, што је охрабрило владу да их регрутује на принудни рад. Влада је 9. септембра 1941. донела Јеврејски законик за који је тврдила да је најстрожи анти-јеврејски закон у Европи.
Словачка влада је 1941. године преговарала са нацистичком Немачком о масовној депортацији Јевреја у окупирану Пољску. Између марта и октобра 1942, 58.000 Јевреја је депортовано у концентрациони логор Аушвиц и округ Лублин Генералног губернаторства; свега неколико стотина преживело је до краја рата. Словачка влада је организовала превоз и плаћала 500 рајхсмарака по Јевреју за наводни трошак пресељења. Прогон Јевреја настављен је августа 1944. године, када је Немачка напала Словачку и покренула Словачки национални устанак. Још 13.500 Јевреја је депортовано, а стотине до хиљада убијено у Словачкој од стране Ајнзацгрупе Х и Хлинка гарде.
Након ослобођења од Црвене армије, преживели су се суочили са обновљеним антисемитизмом и потешкоћама у повраћају украдене имовине; већина је емигрирала након Државног удара 1948. године. Послератни комунистички режим цензурисао је расправу о холокаусту; слобода говора обновљена је након пада комунистичког режима 1989. године. Саучесништво словачке владе у холокаусту и даље оспоравају националисти крајње деснице.
Околности лево|мини| Нова синагога у Жилини убрзо након завршетка, око 1931. Пре 1939. Словачка никада није била независна земља; њена територија је хиљаду година била део Краљевине Угарске. На територији данашње Словачке документовано је седамнаест средњовековних јеврејских заједница али значајно јеврејско присуство окончано је протеривањима после мађарског пораза у бици код Мохача 1526. Многи Јевреји су се досељавали у седамнаестом и осамнаестом веку. Јевреји из Моравске су се населили западно од планина Татре, формирајући Јевреје из Оберланда, док су се Јевреји из Галиције населили источно од планина, формирајући посебну заједницу (Унтерландер Јевреји) под утицајем хасидизма. Због раскола у мађарском јеврејству, заједнице су се средином деветнаестог века поделиле на православне (већину), Status Quo (мађарске јевреје) и више асимилиране неолошке фракције. Након јеврејске еманципације, завршене до 1896. године, многи Јевреји су усвојили мађарски језик и обичаје како би напредовали у друштву.
Иако нису били толико интегрисани као Јевреји Чешке и Моравске, многи словачки Јевреји преселили су се у градове и придружили се свим професијама; други су остали на селу, углавном радећи као занатлије и трговци. Јевреји су предводили економске промене деветнаестог века које су довеле до веће трговине у руралним областима; до краја века око 70 процената банкара и бизнисмена у словачким земљама били су Јевреји. Иако је нешто Јевреја подржавало словачки национализам, до средине 19. века антисемитизам је постао тема у словачком националном покрету, а Јевреји су означени као „агенти мађаризације“ и „најмоћнија потпора мађарској владајућој класи“, према наводима историчара Томаса Лормана. У западним словачким земљама избили су антијеврејски нереди у освит Револуције 1848; више нереда догодило се због Тисаеслар клевете у крви (убиство хришћанске деце како би се њихова крв користила у вршењу верских ритуала) 1882–1883. Традиционалном верском антисемитизму придружили су се стереотипни поглед на Јевреје као експлоататоре сиромашних Словака (економски антисемитизам) и национални антисемитизам: Јевреји су били снажно повезани са мађарском државом и оптужени да саосећају са мађарским на рачун словачких амбиција.
После Првог светског рата Словачка је постала део нове земље Чехословачке. Јевреји су живели у 227 заједница (1918. године), а њихова популација процењена је на 135.918 (1921. године). Анти-јеврејски нереди избили су након проглашења независности (1918–1920), иако насиље није било ни приближно озбиљно као у Украјини или Пољској. Словачки националисти повезали су Јевреје са чехословачком државом и оптужили их да подржавају чехословаштво. Оптужбе за клевете у крви догодиле су се у Тренчину и Шалавски Гемеру 1920. 1930-их је Велика депресија погодила јеврејске бизнисмене и такође повећала економски антисемитизам. Економска неразвијеност и перцепција дискриминације у Чехословачкој навели су велики део (око једне трећине) Словака да подрже конзервативну, етно-националистичку Словачку народну странку (: ХСЛС). ХСЛС је мањинске групе као што су Чеси, Мађари, Јевреји и Роми сматрала деструктивним утицајем на словачку нацију, и представљала је словачку аутономију као решење словачких проблема. Странка је почела да потенцира антисемитизам крајем касних 1930-их, након таласа јеврејских избеглица из Аустрије 1938. и антијеврејских закона које су усвојили Мађарска, Пољска и Румунија.
Словачка независност мини|Словачки територијални губици од Мађарске 1938. (2) и 1939 (3). Немачка је припојила локацију (4) и успоставила зону заштите (5). (1) је Чехословачка припојила после рата. мини|Административне регије Словачке државе (1939–1945) Минхенски споразум из септембра 1938. године уступио је Немачкој Судетску област, немачку регију чешког говорног подручја. ХСЛС је искористила политички хаос који је уследио да прогласи словачку аутономију 6. октобра. Јозеф Тисо, католички свештеник и лидер ХСЛС-а, постао је премијер словачке аутономне регије. Католичанство, религија 80 посто становника земље, било је кључно за режим, јер су многе његове вође били бискупи, свештеници или световњаци. Под Тисовим вођством, словачка влада отворила је преговоре у Комарну са Мађарском у вези са њиховом границом. Спор су на арбитражу у Беч предале Нацистичка Немачка и Фашистичка Италија. Мађарска је 2. новембра награђена великим делом јужне Словачке, укључујући 40 посто словачке обрадиве земље и 270.000 људи који су се изјаснили за чехословачку националност.
ХСЛС је учврстио своју моћ доношењем посебног акта, који омогућава забрањивање опозиционих партија, затварање независних новина, дистрибуцију антисемитске и анти-чешке пропаганде и оснивање паравојне гарде Хлинке. Странке за немачку и мађарску мањину биле су дозвољене под хегемонијом ХСЛС, а немачка странка формирала је Freiwillige Schutzstaffel (добровољни заштитни одред милиције). ХСЛС је затворио хиљаде својих политичких противника, али никада није изрекао смртну казну. Не-слободни избори у децембру 1938. године резултирали су са 95 посто гласова за ХСЛС.
Словачка држава је 14. марта 1939. прогласила своју независност уз немачку подршку и заштиту. Немачка је анектирала и извршила инвазију на смањену чешку државу следећег дана, а Мађарска је заузела Карпатску Рутенију са немачким пристанком. Уговором потписаним 23. марта Словачка се одрекла великог дела своје спољне политике и војне аутономије у корист Немачке, у замену за граничне гаранције и економску помоћ. Није била ни потпуно независна ни немачка марионетска држава, већ је заузимала средњи статус. У октобру 1939. Тисо, вођа конзервативно-клерикалног огранка ХСЛС, постао је председник; Војтех Тука, вођа радикалног фашистичког крила странке, именован је за премијера. Оба крила странке борила су се за наклоност Немачке. Радикално крило странке било је пронемачко, док су конзервативци фаворизовали аутономију од Немачке; радикали су се ослањали на гарду Хлинке и немачку подршку, док је Тисо био популаран међу свештенством и становништвом.
Антијеврејске мере (1938–1941)
Почетне акције лево|мини| Владина пропаганда налаже Јеврејима да "Излазе из Словачке!" Одмах по успостављању Словачке као државе 1938. године, влада је почела отпуштати своје запослене Јевреје. Комитет за решење јеврејског питања основан је 23. јануара 1939. године да би расправљао о антијеврејском законодавству. Медији које је спонзорисала држава означавали су Јевреје као „непријатеље државе“ и словачке нације. Пљачкана су јеврејска предузећа а физички напади на Јевреје догађали су се спонтано и на потицај гарде Хлинке и Freiwillige Schutzstaffel. У свом првом обраћању на радију након успостављања словачке државе 1939. године, Тисо је нагласио своју жељу да „реши јеврејско питање“; антијеврејско законодавство је била једина конкретна мера коју је обећао. Прогон Јевреја био је кључни елемент унутрашње политике државе. Дискриминаторне мере утицале су на све аспекте живота, служећи изоловању и расељавању Јевреја пре него што су депортовани.
У данима након проглашења Прве бечке награде, у Братислави су избили антисемитски нереди; новине су нереде правдале наводном подршком Јевреја Мађарској током преговора о подели. Адолф Ајхман, нацистички званичник који је послат у Братиславу, коаутор је плана са Тисом и другим ХСЛС политичарима за депортацију осиромашених и страних Јевреја на територију уступљену Мађарској. У међувремену, Јевреји са власништвом нето вредности преко 500.000 чехословачких круна ухапшени су у неуспелом покушају изношења капитала. Између 4. и 7. новембра, 4.000 или 7600 Јевреја је депортовано, у хаотичној операцији сличној погрому у којој су учествовали стража Хлинка, , и немачка странка. Депортована су мала деца, старци и труднице. Неколико дана касније, Тисо је отказао операцију; већини Јевреја је дозвољено да се врате кућама у децембру. Преко 800 је током зиме било затворено у импровизоване кампове у Вељком Киру, Милославову и Шаморину на новој словачко-мађарској граници. Словачке депортације које су се догодиле непосредно након немачке депортације хиљада пољских Јевреја, привукле су међународне критике, смањиле британске инвестиције, повећале зависност од немачког капитала и биле су проба за депортације 1942. мини|Привремени пасош издат 1940. Јеврејину који је пребегао у Италију