Совјетска анексија балтичких држава подразумевала је окупацију три балтичке државе—Естонију, Летонију и Литванију—од стране Совјетског Савеза под покровитељством Споразума Рибентроп-Молотов из 1939. године, јуна 1940. Потом су припојене Совјетском Свезу као саставне републике у августу 1940. године, иако већина западних сила и нација никада није признала њихову инкорпорацију. Дана 22. јуна 1941., Трећи рајх је наапао Совјетски Савез и за неколико недеља окупирао балтичке територије. У јулу 1941. године, Трећи рајх је балтичку територију укључио у свој Рајхскомесаријат Остланд. Као резултат Балтичка офанзива Црвене армије 1944. године, Совјетски Савез је заузео већину балтичких држава и заробио преостале немачке снаге у Курландском џепу до њихове формалне предаје у мају 1945. Совјетска "анексиона окупација" () или окупација sui generis балтичких држава трајала је до августа 1991. године, када су три државе поново стекле независност.

Балтичке државе саме, The Occupation of Latvia at Ministry of Foreign Affairs of the Republic of Latvia Сједињене Америчке Државе и њихови судови, Европски парламент, Motion for a resolution on the Situation in Estonia by the European Parliament, B6-0215/2007, 21.5.2007; passed 24.5.2007. Retrieved 1 January 2010. Европски суд за људска праваEuropean Court of Human Rights и Савет за људска права Организације уједињених нација изјавили су да су ове три државе нападнуте, окупиране и илегално прикључене у Совјетски Савез према одредбама Споразума Рибентроп-Молотов из 1939. године. Уследила је окупација нацистичке Немачке од 1941. до 1944. године, а затим окупација Совјетског Савеза од 1944. до 1991. Country Profiles: Estonia, Latvia, Lithuania at UK Foreign OfficeSee, for instance, position expressed by the European Parliament, which condemned "the fact that the occupation of these formerly independent and neutral States by the Soviet Union occurred in 1940 following the Molotov/Ribbentrop pact, and continues." "After the German occupation in 1941–44, Estonia remained occupied by the Soviet Union until the restoration of its independence in 1991." Ова политика непризнавања изнедрила је принцип правног континуитета балтичких држава, који сматра да су дејуре, или као правно питање, балтичке државе остале независне државе под илегалном окупацијом током целог периода од 1940. до 1991. године.David James Smith, Estonia: independence and European integration, Routledge, (2001) . pXIX

У својој поновној процени совјетске историје која је започела током перестројке 1989. године, Совјетски Савез је осудио тајни протокол са Немачком из 1939. године.The Forty-Third Session of the UN Sub-Commission at Google Scholar Међутим, Совјетски Савез никада није формално признао своје присуство на Балтику као окупацију или да је анектирао ове државе "Insofar as the Soviet Union claims that they are not directly annexed territories but autonomous bodies with a legal will of their own, they (The Baltic SSRs) must be considered puppet creations, exactly in the same way in which the Protectorate or Italian-dominated Albania have been classified as such. These puppet creations have been established on the territory of the independent Baltic states; they cover the same territory and include the same population." и сматрао је Естонску, Летонску и Литванску Совјетску Социјалистичку Републику као три своје саставне републике. С друге стране, Руска Совјетска Федеративна Социјалистичка Република препознала је 1991. године догађаје из 1940. године као "анексију". - Baltic Yearbook of International Law. Martinus Nijhoff Publishers, Историјски ревизионистичка руска историографија и школски уџбеници и даље тврде да су се балтичке државе добровољно придружиле Совјетском Савезу након што су сви њихови народи извели социјалистичке револуције независно од совјетског утицаја. Постсовјетска влада Руске Федерације и њени државни званичници инсистирају на томе да је инкорпорација балтичких држава била у складу са међународним правом и стекла "дејуре" признање споразумима склопљеним у фебруару 1945. на Криму и у јулу - августа 1945. на Потсдамској конференцији и 1975. у Хелсинкију,МИД РФ: Запад признавал Прибалтику частью СССР , grani.ru, May 2005Комментарий Департамента информации и печати МИД России в отношении "непризнания" вступления прибалтийских республик в состав СССР , Ministry of Foreign Affairs (Russia), 7 May 2005 који су прогласили неповредивост постојећих граница. Међутим, Русија се сложила са захтевом Европе да помогне особама депортованим из окупираних балтичких држава након приступања Савету Европе 1996. године. Поред тога, када је Руска Совјетска Федеративна Социјалистичка Република 1991. године потписала засебан уговор са Литванијом, признала је да је анексија 1940. године представљала кршење литванског суверенитета и признала "дејуре" континуитет литванске државе.

Већина западних влада тврдила је да балтички суверенитет није легитимно надјачан и стога су наставиле да признају балтичке државе као суверене политичке целине које су представљале делегације - именоване од стране балтичких држава пре 1940. - које су функционисале у Вашингтону и у другим градовима. Балтичке државе су "дефакто" стекле независност 1991. године током распада Совјетског Савеза. Русија је почела да повлачи своје трупе са Балтика (почев од Литваније) у августу 1993. године. Потпуно повлачење трупа завршило се у августу 1994. Русија је званично прекинула своје војно присуство на Балтику у августу 1998. године искључењем радарске станице Скрунда-1 у Летонији. Растављене инсталације враћене су у Русију, а локација враћена под летонску контролу, а последњи руски војник напустио је балтичко тле у октобру 1999. године.The Weekly Crier (1999/10) Baltics Worldwide. Accessed 11 June 2013.Russia Pulls Last Troops Out of Baltics The Moscow Times. 22 October 1999.

Позадина thumb|right|Планиране и стварне поделе Европе, према Споразуму Рибентроп-Молотов, са каснијим прилагођавањима. Рано ујутро 24. августа 1939. године, Совјетски Савез и Немачка потписали су десетогодишњи пакт о ненападању, назван Споразум Рибентроп—Молотов. Пакт је садржавао тајни протокол којим су државе северне и источне Европе биле подељене на немачку и совјетску "сферу утицаја".Text of the Nazi-Soviet Non-Aggression Pact , executed August 23, 1939 На северу су Финска, Естонија и Летонија додељене совјетској сфери. Пољска је требала бити подељена у случају њеног "политичког преуређења"—подручја источно од река Нарев, Висла и Сан припадају Совјетском Савезу, док би Немачка заузела западни део. Литванија, у близини Источне Пруске, била је у немачкој сфери утицаја, иако је други тајни протокол договорен септембра 1939. године већи део литванске територије доделио Совјетском Савезу. Према овом тајном протоколу, Литванија ће повратити своју историјску престоницу Вилњус, коју је у међуратном периоду заузела Пољска.

Након завршетка совјетске инвазије на Пољску 6. октобра, Совјети су вршили притисак на Финску и балтичке државе да закључе уговоре о узајамној помоћи. Совјети су довели у питање неутралност Естоније након бекства интерниране пољске подморнице 18. септембра. Недељу дана касније, 24. септембра, естонском министру спољних послова дат је ултиматум у Москви. Совјети су тражили закључивање споразума о узајамној помоћи ради успостављања војних база у Естонији. Естонци су тако били приморани да прихвате поморске, ваздушне и војне базе на два естонска острва и у луци Палдиски. Одговарајући споразум са Естонијом потписан је 28. септембра 1939., са Летонијом 5. октобра 1939., а са Литванијом недуго затим, 10. октобра 1939. Споразуми су дозвољавали Совјетском Савезу да успостави војне базе на територији балтичких држава за време трајања Европског рата и да од октобра 1939. стационира 25.000 совјетских војника у Естонији, 30.000 у Летонији и 20.000 у Литванији.

Совјетска окупација и анексија (1940–1941) thumb| Совјетски скуп у Риги, 1940. У септембру и октобру 1939, совјетска влада приморала је балтичке државе да закључе пактове о узајамној помоћи који су јој дали право да изгради совјетске војне базе. У мају 1940. Совјети су се окренули идеји директне војне интервенције, али су и даље намеравали да успоставе марионетске режиме. Узор им је била Финска Демократска Република, марионетски режим који су Совјети успоставили првог дана Зимског рата. Совјети су организовали кампању за штампу против наводно просавезничких симпатија балтичких влада. У мају 1940. Немци су напали Француску, и окупирали је месец дана касније. Крајем маја и почетком јуна 1940. балтичке државе су оптужене за војну сарадњу против Совјетског Савеза одржавањем састанака претходне зиме. Дана 15. јуна 1940. литванска влада је принуђена да пристане на совјетски ултиматум и дозволи улазак неодређеног броја совјетских трупа. Председник Антанас Сметона предложио је оружани отпор Совјетима, али влада је то одбила, предложивши сопственог кандидата који ће да води режим. Међутим, Совјети су одбили ову понуду и послали Владимира Деканозова да преузме послове док је Црвена армија окупирала државу. thumb|right| Шеме совјетске војне блокаде и инвазије на Естонију 1940. (Руски државни поморски архив) Дана 16. јуна 1940. Летонија и Естонија су такође добиле ултимате. Црвена армија је убрзо након тога заузела две преостале балтичке државе. Совјети су послали Андреја Вишинског да надгледа преузимање Летоније и Андреја Жданова да надгледа преузимање Естоније. Од 18. до 21. јуна 1940. у свакој балтичкој земљи формиране су нове владе "Народног фронта", састављене од комуниста и сапутника. Под надзором Совјетског Савеза, нове владе су организовале намештене изборе за нове "народне скупштине." Бирачима је представљена јединствена листа, а ниједном опозиционом покрету није дозвољено да поднесе кандидатуру. Месец дана касније, нове скупштине су се састале, чије су једини посао биле резолуције о придруживању Совјетском Савезу. У сваком случају, резолуције су донете акламацијом. Врховни совјет Совјетског Савеза уредно је прихватио захтеве у августу, дајући тако законско одобрење преузимању. Литванија је укључена у састав Совјетског Савеза 3. августа, Летонија 5. августа, а Естонија 6. августа 1940. Свргнути председници Естоније (Константин Пјатс) и Летоније (Карлис Улманис) били су затворени и депортовани у СССР, а касније су умрли у Тверском региону односно средњој Азији. У јуну 1941. нове совјетске владе извршиле су масовнеt депортације "државних непријатеља". Процењује се да је само Естонија изгубила 60.000 грађана. Због тога су многи Балти у почетку поздравили Немце као ослободиоце када су напали недељу дана касније.Gerner & Hedlund (1993).

Совјетски Савез је одмах почео да подиже гранична утврђења дуж своје новостечене западне границе - такозване Молотовљеве линије.

Немачка окупација (1941–1944)

Провинција Остланд и холокауст

thumb|Егзекуција Ајнзацкоманде у Литванији. Дана 22. јуна 1941. Немци су напали Совјетски Савез. Балтичке државе, недавно совјетизоване претњама, силом и преваром, углавном су дочекале немачке оружане снаге када су прешле границе. У Литванији је избила побуна и успостављена је независна привремена влада. Како су се немачке војске приближавале Риги и Талину, покушавали су да успоставе националне владе. Надало се да ће Немци поново успоставити независност Балтика. Такве политичке наде су убрзо испариле и балтичка сарадња је постала мање искрена или је потпуно престала. Немци су намеравали да балтичке територије припоје Трећем рајху где је требало да се асимилирају "погодни елементи" и истребе "непогодни елементи". У стварној пракси, спровођење окупационе политике било је сложеније, ради административне погодности балтичке државе су биле укључене у састав Белорусије у Рајхскомесаријату Остланд. Подручјем је управљао Хајнрих Лозе који је био опседнут бирократским прописима. Балтичко подручје је било једина источна регија којој је требало да постане покрајина Трећег рајха.