У литератури о логору у Јасеновцу постоје различити, слабији или аргументованији, покушаји да се подаци о броју жртава прикажу вишим него што то дозвољавају конкретни подаци; али постоје и они који потпуно супротно покушавају приказати Јасеновац искључиво као радни логор у коме није било намерног убијања затвореника.

Током Другог светског рата било је доста различитих извештаја о броју убијених у логору Јасеновац за време постојања логора, непосредно после рата процењује се да је убијено око 500.000 - 600.000 људи, касније се спомиње 80.000 до 100.000 жртава који су наведени по имену и презимену. Треба имати у виду да многи нису наведени на списковима јер о њима нема информација или нема ко да да информације. С друге стране, 90-их и касније у Хрватској се појављују ревизионистички аутори који су систематски негирали или значајно смањивали усташке злочине и број жртава у Јасеновцу, тврдећи да они не могу бити већи од четвороцифреног броја. Нарочито са порастом национализма осамдесетих година 20. века, све су учесталије манипулације и пропаганда на обе стране са бројем јасеновачких жртава – претеривање од стране српских националиста и умањивање вредности од стране Хрвата. Историчар Дејвид Брус Макдоналд такође повлачи паралеле између преувеличавања броја жртава Јасеновца и сличног преувеличавања жртава Блајбурга – до милион наводних хрватских жртава, које је Туђман назвао „блајбуршким митом“, како би се обе стране представиле као веће жртве.

Потешкоће у одређивању броја жртава Из Музеја холокауста Сједињених Америчких Држава напомињу да постоје општи проблеми са утврђивањем броја нацистичких жртава, али и жртава усташких логора. Нацисти и усташе су покушавали да прикрију своје злочине, то су радили тако што нису водили или су систематски уништавали логорске досијее. Тако за највећи логор смрти, Аушвиц, постоје спискови за само 10-ак% јеврејских жртава. Многе жртве Аушвица су такође спаљиване у пећима логора током рата, а пред крај рата нацисти су систематски откопавали и спаљивали преостале лешеве.

За Јасеновац постоје сведочења логораша, попут сведочења Милка Рифера, да су усташе после највећих истребљења крајем 1942. године спалиле логорске досијее и да многе жртве нису ни стигле до логора и нису биле евидентиране, али су одведене директно на ликвидацију на Градину и друга стратишта око Јасеновца. Такође, неколико логораша који су успели да преживе сведочило је о масовној ексхумацији и спаљивању лешева пред крај рата. Тако је логораш Егон Бергер сведочио да су усташе недељама спаљивале лешеве на четири огромне ломаче у Градини, одакле се ширио добро познати мирис спаљеног људског меса. Команданти логора Филиповић-Мајсторовић и Мило Љубош такође су на суђењима сведочили да је Лубурић крајем рата наредио да се униште сви трагови гробова, и описао како су спаљивали лешеве. Словеначки форензичари шездесетих година на многим стратиштима пронашли су само „пепео, креч и остатке спаљених костију“

Неколико логораша је сведочило да су многобројне жртве спаљене током рата у посебно адаптираним Пицилијевим пећима Циглане, и многе жртве током рата завршиле су бачене у Саву. То је значајно отежавало документовање и процену броја жртава Јасеновца. У многим нацистичким логорима број жртава је поузданије процењен тек деценијама касније, на пример тек 1991. године за Аушвиц, када су пронађени нацистички подаци о броју вагона послатих у Аушвиц, на основу којих су покушали да процене приближан број жртава. Поименични спискови жртава Аушвица и даље су врло непотпуни, са малим процентом укупних жртава.

Питање документације НДХ Историчар Јозо Томашевић наводи да у документима НДХ постоје огромне празнине које отежавају истраживања, пре свега због њиховог уништавања од стране режима НДХ. У њему се каже да су усташке власти, у последњих пар недеља рата масовно палиле документе, а цео Загреб је заударао на паљевину. Усташе су током бекства у Аустрију понеле са собом велики део документације НДХ, а потом је спалиле пре него што су биле предане партизанима. Томашевић наводи да је током његовог истраживања НДХ добио отворени приступ Војном архиву у Београду, као и сличним војним архивима у Енглеској, САД и Немачкој. Међутим, познато је да је од Ватикана, Католичке цркве у Хрватској и одбеглих функционера НДХ било немогуће добити било какву додатну документацију или информацију о НДХ.

Велики део преостале документације НДХ од данас се налази у Београду, а приступ научника војној документацији је релативно тежак, сматра хрватски историчар Хрвоје Класић. , Davor Krile, "Slobodna Dalmacija", 5. travnja 2018. Pristupljeno 18. kolovoza 2021. Историчар Јере Јереб наводи 2020. године да су делови грађе из НДХ тешко доступни, као и да су недоступни делови грађе о раду комисија СПЦ и Недићевих власти у Србији које су се бавиле прихватом српских избеглица из НДХ, а који садрже важне податке о страдањима и другим ратним догађајима у НДХ."Dr. sc. Mario Jareb o Jasenovcu, dokumentaciji koju je Srbija dužna vratiti Hrvatskoj, Bleiburgu…", HKV.hr 23. svibnja 2020. Међутим, аутори публикације „Усташка војница“, коју је 2013. објавио Вечерњи лист, наводе да су „обе књиге првенствено засноване на документацији НДХ у Војном архиву у Београду“, а Роман Лељак тврди да је своје књиге о Јасеновцу писао на бази документа који је нашао у Војном архиву у Београду.

Послератне оцене У току самог рата, немачки окупациони извори процењују 250.000 (од марта 1943.) до 700.000 српских жртава усташких злочина широм НДХ, док је немачка обавештајна служба Sicherhetsdienst извештавала из Загреба 1943. да су усташе у Јасеновцу ликвидирале 120.000 људи плус додатних 80 у Старој Градишки, а 20.000 у другим усташким логорима. Прва послератна процена био је Извештај Земаљске комисије за утврђивање злочина окупатора и њихових помагача из 1946. године, према којем се број жртава у Јасеновцу кретао између 500.000 и 600.000 људи. Историчарка Андријана Бенчић наводи да је овај извештај имао методолошке недостатке јер је заснован на сведочењима преживелих логораша, уз опште оцене. Преживели логораши дали су бројке до 600.000 и више жртава, Иво Голдштајн пише како нису могли да дају поуздане процене, јер „ниједан логораш није имао преглед дешавања на читавом простору логорског комплекса, тј. чак и у њеним појединачним деловима“

Наредних година тврдње да је у Јасеновцу страдало 600 или 700 хиљада људи су се практично озваничиле, иако их нико званично није изнео. Голдштајн сматра да је већи број жртава био у интересу државе, јер су се захтеви Немачке за ратну одштету заснивали на бројкама укупно процењених жртава.

Иво Голдштајн, пак, наводи да се поред ових бројки, за које се, посебно након пописа 60-их година, показало да су преувеличане, о Јасеновцу, као и о усташким и четничким злочинима уопште, на пример, ретко, скоро никада, цитирали су мемоаре Рифера, Милише, Цилиге, Фон Хорстенауа и Диане Будисављевић... Власт је хтела да прикаже нацисте и фашисте као главне злочинце, а домаће злочинце као споредне актере. Голдштајн пише да је то учињено и у име званичне политике братства и јединства. Слично, Адријана Бенчић наводи да „у званичном наративу о рату Југославија није истицала ни идентитете починилаца ни идентитет жртава“, већ је акценат био на антифашистичкој борби партизана.

Године 1964. спроведен је систематичнији попис који је документовао 59.188 жртава Јасеновца. Каснији демографи су констатовали да је овај списак био непотпун, да му недостаје око трећине жртава и да је посебно дефицитаран за поједине категорије – на пример, само 1.471 Ром је пописан за Јасеновац, док су савремене процене говоре о 25.000 ромских жртава.

Иако је комунистичка власт за време СФРЈ креирала у пропагандне сврхе „истину“ о концентрационом логору Јасеновац, до 1991. није било научних радова на ову тему. С обзиром да каснији покушаји научног приступа да се утврди број жртава јасеновачке трагедије у време комунистичке владавине нису успели да усагласе бројке убијених Срба до којих су научним приступом дошли са бројевима које је захтевала комунистичка пропаганда, научни радови који су се овим бавили били су уредно стављени под ембарго.

Крајем 1980-их година хрватски демограф др. Владимир Жерјавић и српски демограф др. Богољуб Кочовић долазе до сличних резултата о страдању Срба и другог становништва у НДХ, ослањајући се пре свега на податке пописа становништва у Југославији пре и после Другог светског рата. светски рат.

Жерјавић је 1995. године проценио укупно 322.000 српских жртава са подручја НДХ у Другом светском рату (даје се и податак о 192.000 погинулих Хрвата и 86.000 Бошњака на територији НДХ; још 17.000 Бошњака је страдало ван територије НДХ у Санџаку). Од српских жртава, Жерјавић процењује, на основу доступних података, да је њих 105.000 убијено као припадници партизанских и четничких јединица, 25.000 је умрло од пегавог тифуса, 20.000 цивила је страдало у немачком логору Сајмиште код Земуна, а још 45.000 цивила је страдало од руке Немаца, у другим местима Италијани су побили 15.000 цивила, у борбама усташа, четника и партизана преминуло је 34.000 цивила, на разним местима 28.000; око 50 хиљада је убијено у систему логора Јасеновац. Жерјавић процењује да је у Јасеновцу поред тих 50.000 Срба страдало 10.000 Хрвата, 13.000 Јевреја, 2.000 Муслимана и 10.000 Рома, односно укупно око 85.000 људи.

Спомен-подручје Јасеновац је 2013. године објавило допуњени извештај на основу података југословенског пописа из 1964. године, у којем је било 83.145 жртава, 47.627 Срба, 16.173 Јевреја, 13.116 Рома и 4.255 Хрвата.

Поименични пописи жртава

Спискови званичних институција – ЈУСП Јасеновац и Музеј геноцида Поименична листа жртава КЛ Јасеновац, коју води ЈУСП Јасеновац у Хрватској, садржи 83.145 имена - 39.570 мушкараца, 23.474 жена и 20.101 деце до четрнаест година. Списак је састављен на основу поименичног списка жртава Другог светског рата у Југославији из 1964. године и додатног истраживања ЈУСП Јасеновац. При томе су користили стотине различитих извора (књиге, документа, фотографије, изјаве родбине и пријатеља јасеновачких жртава, теренска истраживања и фотографије споменика жртвама фашистичког терора), од којих је 169 наведених у скраћеницама. Списак садржи делове са биографским подацима жртве (презиме, име, име оца, општина рођења, место рођења, година рођења, националност), делове о мучењима (начин смрти, извршилац кривичног дела, година смрти, место мучеништва, логор и назив стратишта где је жртва убијена) и део у коме се наводе извори у којима се помиње свака појединачна жртва појединачно и разлике у појединачним подацима у изворима за сваку жртву.

Музеј жртава геноцида у Београду такође је наставио са радом и до 1997. године њихов поименични списак жртава у Јасеновцу порастао је са 59.188 на 78.163. Драган Цветковић, историчар Музеја жртава геноцида, на основу ревизије података, наводи да је 2019. године у Јасеновцу страдало 130.120 људи, али ти документи нису доступни другим научницима. "Pitanje broja žrtava logora Jasenovac u hrvatskoj i srpskoj historiografiji, publicistici i javnosti nakon raspada SFR Jugoslavije – činjenice, kontroverze i manipulacije", Vladimir Geiger, "Časopis za suvremenu povijest" br. 2, Кустос ЈУСП Јасеновац Андријана Бенчић у јуну 2018. са задовољством говори о сарадњи са Музејом жртава геноцида у Београду, а разлику од 40 до 50 хиљада жртава између списка ЈУСП Јасеновац и цифара које је изнео Драган Цветковић приписује додавању стварних жртава логора, који је, међутим, страдао у одређеној околини НДХ; стога он ову разлику сматра „непроблематичном“.

Контроверзе