Спор о три поглавља је једна од етапа црквеног спора који је услиједио послије Халкидонског сабора, а који је био резултат покушаја византијског цара Јустинијана I (527—565) да помири нехалкидоните Сирије (који су припадали Сиријског цркви) и Египта са православнимхалкидонитима. Претходни покушаји цара Зенона (474—475), повезани с објављивањем помирљиве вјероисповиједне формуле Енотикон 482, завршио се неуспјехом.
Заправо „питање” се састојало у приједлогу да се због оптужби за несторијанство анатемишу личност и дјела богослова Теодора Мопсеустијског, нека дјела Тедорита Кирског и једно од писама Ива Едеског. Под „поглављима” () у овом случају подразумијевају се и писане изјаве у форми анатемазизма, као и сами предмети осуде. Првобитно изражени у форми царског едикта средином четрдесетих година 6. вијека, анатематизам је потом одобрио Други цариградски сабор 553. године. Њихово усвајање изазвало је живу полемику и хришћанске цркве су их углавном примиле са неодобравањем. Пошто су сви осуђени црквени поглавари у вријеме догађаја, с једне стране, већ одавно мртви, а с друге, поштовани у појединим помјесним црквама, задирање у сјећање на њих довело је до бурних догађаја у животу цркве. Противрјечна улога папе римског Вигилија (537—555) у догађајима значајно је поткопала престиж апостолског пријестола.
Разлике између различитих хришћанских цркава, изазване спором о три поглавља, до данас нису превазиђене. Тако је, на примјер, у коминикеу усвојеном након цркава сиријске традиције у јулу 1997, препоручено да преиспитају одлуке Другог цариградског сабора везане за осуду личности и дјела Теодора Мопсеустијског.
Спор о догматском ауторитету Халкидонског сабора
Почетак сукоба
мини|усправно|десно|Након читања Томоса на Халкидонском сабору, већина епископа је у налету одушевљења узвикивала: „Апостол Петар говори кроз уста Лава! Ипак, Свети Оци саборски провјерише ову посланицу, и нађоше да се она слаже са учењем светог Кирила Александријског.” Апостол Петар и папа римски Лав на фресци у цркви Светог Николе у стјеновитим насељима Мотоле.
Халкидонски симбол вјере усвојен је 451, који потврђује двије природе () у Христу, божанску и човјечију. Заговорници ове формуле жељели су да утврде идеју да је Христос у потпуности и Бог и човјек, док су критичари овог симбола то протумачили као нетачну тврдњу да је термин „Христос” постао ознака двије различите природе које су на неки начин повезане. Иако је формулација била заснована на ставовима Кирила Александријског (ум. 444), Халкидонски сабор није прихватио његову теорију да је онај који је страдао на крсту био Бог Син, а не човјек сједињен с Богом. Противници Халкидонског сабора, звани монофизити тврдили су да је сабор слиједио учење Несторија, којег је Ефески сабор 431. осудио због подјеле божанства и човјечанства Христовог на двије различите личности. Они су тврдили да у Христу не постоје двије природе, него једна, схватајући његово човјечанство као скуп неких додатних својстава које прихвата оваплоћени Логос. Поред тога, одбацили су тзв. Томос Флавијану папе римског Лава I (440—461) — његово писмо патријарху цариградском Флавијану (447—449), саслушано је и одобрено на Халкидонском сабору, у којем је разлика између двије природе за неке епископе источног дијела Византије имало несторијански призвук. Штавише, овај сабор је вратио на своје катедре Теодорита Кирског и Ива Едеског, познате противнике Кирила Александријског и присталице Несторија.
Посебно упорно противљење сабору било је на Истоку — у Египту, Палестини, а затим у Сирији. Савремени истраживачи примјећују недостатак ентузијазма у подршци одлукама донетим у Халкидону. Када се цар Лав (457—474) савјетовао са источним епископима 457, наишао је на широку подршку сабору, сачувану у збирци њихових писмених одговора -{Codex encyclius}-, која је, међутим, изазвана шоком због убиства халкидонитског папе и патријарха александријског Протерија. Њихова подршка је комбинована са минималистичким тумачењем саборских одлука, као ништа друго до потврђивање Првог васељенског сабора из 325. и одбрана вјере од одређених јереси, а у самој -{Codex encyclius}- изјава „двије природе и један ипостас” није пронађена.
У покушају да обнови црквено јединство, патријарх цариградски Акакије (472—489), саставио је, а цар Зенон (474—491), објавио је Енотикон 482. године. Овај документ, заснован на „Дванаест глава” Кирила Александријског, игнорисан је, с једне стране, од Халидонског сабора и, с друге стране, признајући двије природе Исуса Христа, придавао је посебан значај Никејском сабору и прилично нејасно говорио о Халкидонском сабору, као о периоду када су постојале извјесне јереси које је требало осудити. Дефинитивно су анатемисани само Несторије и Евтихије, осуђени Халкидонским сабором. Тиме је значај Четвртог васељенског сабора сведен на успостављање дисциплинских канона, а његов догматски садржај је одбачен. Ако је на Истоку Енотикон, због чињенице да су у њему прихваћена оба аспекта учења Кирила Александријског, оставио повољан утисак и доприњео успостављању мира у цркви, на Западу покушај подривања ауторитета Халкидонског сабора није подржан. Као исход тога, Рим је прекинуо црквено општење са Акакијем и његовим присталицама, што је означило почетак Акакијевог раскола (484—519).
За вријеме владавине цара Анастасија (491—518) Енотикон је остао освова религијске политике царства, која се промијенила тек под царем Јустином (518—527). Енотикон, који није испунио свој задатак уједињења, отказан је 519, а заједница са Римом је обновљена након што је патријарх Јован II потписао -{Libellus Hormisdae}-. Међутим, убрзо се, у вези са расправом о теопасхистичкој формули који су покренули скитски монаси, поново поставило питање довољности халкидонског вјероисповиједања у борби са несторијанством.
Основне црквене фракције Цјелокупно вријеме крајњу халкидонску позицију, негирајући Енотикон и добијајући да општи с онима који су с њим сагласни, заузимао је Запад, предвођен папством и низом монашких организација, од којих су најзначајније заједнице „неуспаваних” у Цариграду и манастирима Палестине. Иако су патријарси на Истоку били принуђени, као услов за ступање на дужност, да потпишу Енотикон, углавном су се противили миафизитима када су покушали да га искористе против Халкидонског сабора. С друге стране, нехалкидонити су тражили признање Енотикона и дијелили се се на оне који су тражили додатну осуду Халкидонског сабора и оне који то нису захтијевали.
Богословски, халкидонити су били подијељени у двије основне групе. Прва, „строги диофизити”, чији је најистакнутији представник био Теодорит Кирски, у својим христолошким погледима истицали су разлику између Христовог божанства и човјечанства, његовог стварања и нестварања током оваплоћења. Ова група је Халкидонски сабор тумачила у смислу ставова Антиохијске школе. Друга група, неохалкидонита, допуштала је могућност исправљања терминологије Кирила Александријског, сматрајући то не одбацивањем његовог учења, него начином да се постигне споразуме између њега, папе Лава и Халкидона.
Сваки патријарх је развио свој лични став према овом сукобу. У Александријској патријаршији, под патријархом Петром Монжом (482—489) и његовим насљедницима, Енотикон и Халкидонски сабор су били признати у односима са другим патријаршијама, док су унутар Египта и сабор и папа Лав били анатемисани. Међутим, патријарх Јован Никије (505—516), у свом говору поводом његовог избора, тумачио је Енотикон у смислу одобравања монофизитства и осуде сабора. Овом двојству у Египту се опирао ватрени халкидонит патријарх цариградски Јевтимије (490—496), све док га није свргнуо Анастасије. Његов насљедник Македоније II (496—511) заузео је умјерени халкидонитски став, признавајући Енотикон, али ускраћујући причешће онима који су се држали крајњих антихалкидонских тумачења. У Антиохији се патријарх Паладије (490—498), у свом халкидонизму, уздржавао од крајности Евтимија, али је под његовим насљедником Флавијаном (498—512) прекинуо општење са Александријом. У Јерусалиму је патријарх Мартирије (478—486) за вријеме владавине Зенона издао свој документ, сличан Енотикону, у коме је покушао да помири противнике и присталице Халкдионског сабора, али је под патријархом Илијом (494—516) заузео строго халкидонитски став. Иако га је Анастасије свргнуо, његов насљедник Јован (516—524) био је такође халкидонит.
Постављање питања о три поглавља Теодор Мопсуестијски мини|десно|Анатемисање Несторија на Ефеском сабору 431. године. Дионисијева фреска, рад настао око 1502. године.
Епископ мосуестијски Теодор (ум. 428) био је представника Антиохијске богословске школе. У његовој личности рационалистичко и историјско-граматичко учење смјера школе доведено је до крајњих граница. Плашећи се израза „оваплоћење Бога”, он је умјесто тога употријебио ријеч „усељење” () Логоса у личност и, тако, једног Христа подијелио на двоје — човјека и Логоса који га је настанио. Христос се, према Теодоровом учењу, није разликовао од обичног човјека, осим можда у вишку благодати; као обичног човјека одликовали су страст и морални преокрети. Логос га је страдањем учинио савршеним, а постепеним усавршавањем Христос је постао непорочан. Тек послије овог дошло је до усиновљења Христа Богу Оцу по благодати. Теодор је сматрао да Богородица Марија није родила Бога и избјегавао је да је назове Богородицом. Његови ставови о старозавјетним пророчанствима о Христу и саставу Старог завјета, такође су били далеко од православних. Међутим, за живота нити је осуђен нити изопштен, а његова учења су била изузетно популарна на истоку царства.
Послије осуде Несторија на Ефеском сабору 431. и указа цара Теодосија II (408—450) да се његове књиге „траже и јавно спаљују”, сљедбеници јересијарха почели су преводити његова дјела на сиријски, јерменски и персијски, што се лако може протумачити у несторијанском смислу. Да би показали да Несторије није унио ништа ново у учење цркве, његови сљедбеници су често користили дјела Диодора Тарсијског и његовог ученика Теодора Мопсеустијског. Епископ едески Рабула (412—436) који је сазнао за то 435, анатемисао је и Теодора и оне који су читали његове списе и нису их донијели на спаљивање. Своје откриће о Теодору, Рабула је такође саопштио архиепископу александријском Кирилу и, заједно са епископом мелитинским Акакијем, написао писмо јерменским епископима. Они су окупили сабор, који је одлучио да се обрати архиепископу цариградском Проклу (434—446), који је требао да пресуди чије учење треба да слиједе — Теодора или Рабуле и Акакија.
Прокл је, не именујући Теодора по имену, осудио неке одломке из његових списа, у којима је видио „јудејску злобу”. Прије него што је послао свој одговор Јерменима, прво је послао у Александрију и Антиохију. Кирил је Јерменима потписао књигу Прокла, али је патријарх антиохијски Јован (429—441) одбио да осуди покајника, према коме за живота није било никаквих догматских претензија. Истичући да појединачне изјаве изазване Теодоровом борбом са јересима не значе да је мислио управо онако како његови противници на основу ових израза желе да мисле, они су категорички одбили да осуде Теодора.