Православље у Естонији практикује 16,5% становништва, што га чини најидентификованијом религијом и хришћанском деноминацијом у овој већински секуларној држави након што је надмашило лутеранство са 9,1% (раније 13,6% на попису из 2000.) по први пут у модерној историји земље. Православље, или тачније, источно православно хришћанство, углавном се практикује унутар руске етничке мањине у Естонији и мањине унутар домаћег становништва. Према естонском попису из 2000. године, 72,9% оних који су се идентификовали као православни били су руског порекла.
Данас у Естонији делују два огранка Православне цркве: Естонска апостолска православна црква, аутономна црква под Цариградском васељенском патријаршијом, и Естонска православна црква Московске патријаршије, полуаутономна црква Руске православне цркве.
Историја лево|мини| Саборна црква Александра Невског у Талину, подигнута крајем 19. века. Православље су највероватније први увели у периоду од 10. до 12. века мисионара из Новгорода и Пскова који су деловали међу Естонцима у југоисточним пределима. Прво помињање православне заједнице у Естонији датира из 1030. године. Око 600. године нове ере на источној страни брда Томе (Toomemägi) Естонци су основали град Тарбату (савремени Тарту). Године 1030. кијевски кнез Јарослав Мудри извршио је препад на Тарбату и саградио своје утврђење звано Јурјев, као и, наводно, конгрегацију у цркви посвећеној његовом свецу заштитнику, Светом Георгију. Конгрегација је можда опстала до 1061. године, када је, према хроникама, Јурјев спаљен до темеља, а православни хришћани протерани.
Као резултат балтичких крсташких ратова почетком 13. века, северну Естонију је освојила Данска, а јужни део земље Тевтонски ред, а касније и Ливонијско братство мача, а тиме је цела данашња Естонија пала под контролу западног хришћанства. Међутим, руски трговци из Новгорода и Пскова су касније основали мале православне заједнице у неколико естонских градова. Једну такву заједницу Немци су 1472. године протерали из града Дорпата (Тарту), и убили њиховог свештеника Исидора заједно са низом православних верника (помен ове групе је 8. јануара).
Мало се зна о историји цркве на том подручју све до 17. и 18. века, када су многи староверци побегли из Русије да би избегли литургијске реформе које је увео патријарх Руске православне цркве Никон.Russian Old Believers in Estonia , Estonia.eu website.
У 18. и 19. веку, Естонија је била део Руског царства, након што ју је Шведско царство предало 1721. након пораза у Великом северном рату. Током 1800-их, значајан број естонских сељака прешао је у царску православну веру у (неоствареној) нади да ће бити награђени земљом."Orthodoxy" , Estonica - Encyclopedia about Estonia, Estonian Institute. Ово је довело до оснивања бискупије у Риги (у модерној Летонији) од стране Руске православне цркве 1850.Toom, Tarmo. "Estonia, Orthodox Church in", The Encyclopedia of Eastern Orthodox Christianity, p.226-8, Wiley-Blackwell Publishing, 2011. Крајем 19. века уведен је талас русификације, подржан од руске хијерархије, али не и од локалног естонског свештенства. Отприлике у то време изграђени су Саборна црква Светог Александра Невског у Талину и манастир Пухтица у Куремаеу.
Пут до аутономије Како је естонски национализам стално растао током 19. века, естонско свештенство је такође тежило ка већој независности, почевши од естонске бискупије која је имала седиште у Талину на челу са естонским бискупом.A Brief History of the Orthodox Church of Estonia , Orthodox Church of Estonia website. 1917. пленарно веће изабрало је Павла Кулбуша (Платона), свештеника естонске православне заједнице у Санкт Петербургу, за бискупа Талина.Poska, Jüri. "Bishop Platon - His Life And Martyrdom", Estonian Apostolic Orthodox Church website. Упорног заговорника независности, две године касније је погубила Црвена армија током естонског рата за независност.Historical background of Orthodoxy in Estonia , Estonian Orthodox Church of Moscow Patriarchate website. лево|мини|214x214пиксел| Манастир Пухтица у Куремаеу, источна Естонија. Након руског признања независне естонске државе, патријарх Руске православне цркве Тихон је 1920. године признао Естонску апостолску православну цркву као аутономну у економским, административним и образовним питањима и дао јој привремену аутокефалност. Архиепископ Александар Паулус је изабран и хиротонисан за Митрополита Талина и целе Естоније, поглавара Естонске апостолске православне цркве.
Пре тога, Совјетска Русија је усвојила марксистичко-лењинистичку идеологију која је као идеолошки циљ имала елиминацију религије и њену замену државним атеизмом.Lenin, Vladimir Ilyich. "The Attitude of the Workers' Party to Religion", Proletary, No.45, May 13 (26), 1909. Као одговор, патријарх Тихон је изопштио совјетско руководство 1918. године, што је довело до периода интензивног прогона хришћана Руске православне цркве.Pospielovsky, Dimitry V. The Russian Church Under the Soviet Regime, 1917-1983, ch.2, St Vladimir's Seminary Press, Crestwood NY, 1984. У априлу 1922. Тихон је затворен,"Glorification of St Tikhon, the Apostle to America", Orthodox Church in America website. а естонско свештенство је изгубило везу са Московском патријаршијом. Септембра 1922. Савет Естонске апостолске православне цркве упутио је петицију цариградском патријарху Мелетију да: (1) пренесе контролу над естонском црквом са Руске православне цркве на Цариградску патријаршију и (2) разјасни статус естонске цркве. Цариградска патријаршија је 1923. године издала томос (црквени акт) којим је Естонска апостолска православна црква пала под јурисдикцију Цариграда и дала јој аутономију, али не и пуну аутокефалност.Ringvee, Ringo. "History of the controversy" , Estonica - Encyclopedia about Estonia, Estonian Institute.
Године 1935. црква је правно регистровала свој статус код државе под именом Естонска апостолска православна црква.Patriarch Bartholomew I of Constantinople. "Patriarchal and Synodical Act Concerning the Reactivation of the Patriarchal and Synodical Tomos of 1923 Regarding the Orthodox Metropolitanate of Estonia", February 20, 1996. Ово је касније имало важне правне последице.
Естонска црква је остала под Цариградском патријаршијом све до Другог светског рата. У то време, отприлике једна петина укупног становништва Естоније били су православни хришћани, укључујући Константина Патса, првог председника Естоније.Huang, Mel. "Estonia", Eastern Europe: an introduction to the people, lands, and culture, Volume 1, p.65, ABC-CLIO Inc, 2006. Постојало је преко 210.000 присталица (углавном етничких Естонаца), три епископа, 156 парохија, 131 свештеник, 19 ђакона и катедра за православље на Богословском факултету Универзитета у Тартуу. Међу значајним православним установама спадали су Псковско-печерски манастир у Печорију, два манастира — у Нарви и Куремаеу, манастир у Талину и богословија у Печорију.
Совјетска окупација Године 1940, Естонија је постала конститутивна република Совјетског Савеза, као део тајног споразума о подели територије у немачко-совјетском пакту о ненападању из августа 1939. Током совјетске ере, одлука естонске цркве да раскине са Москвом у корист Константинопоља проглашена је незаконитом. Самим тим, црква је изгубила аутономију и припојена је Руској православној цркви 28. фебруара 1941. Више од половине естонског православног свештенства поднело је оставке у знак протеста.
Овај аранжман се показао краткотрајним, пошто је нацистичка Немачка напала Естонију у јулу 1941. Ово је покренуло први раскол у историји естонског православља; 1942. црква је прогласила аутономију и обновила односе са Цариградском патријаршијом, али је естонска бискупија Нарва, углавном насељена етничким Русима, задржала своју везу са Руском православном црквом.
Почетком 1944. године, руска Црвена армија је потиснула немачке трупе на естонску границу. Пошто је совјетска реокупација била неминовна, процењује се да је око 100.000 људи побегло из Естоније. Међу њима је био и митрополит Александар, који је са око 20 свештеника основао Естонску апостолску православну цркву у егзилу у Стокхолму. Тамо је у егзилу служио за око 10.000 естонских православних хришћана широм света.
Упркос снажном отпору немачких трупа у повлачењу и естонских националиста, Совјетски Савез је поново успоставио контролу над Естонијом до јесени 1944. Године 1945. Московска патријаршија је ликвидирала Естонску апостолску православну цркву, отпуштајући преостало свештенство и спајајући све естонске заједнице у јединствену епархију у оквиру Руске православне цркве.
Естонска православна црква остала је подељена све док је Естонија била држава чланица Совјетског Савеза, скоро пола века. Пре своје смрти 1953. године, митрополит Александар је основао своју конгрегацију као егзархат под Цариградом. Синод је организован у Шведској 1958. да би се одржао континуитет цркве у егзилу. Унутар Естоније црква је наставила као епархија Руске православне цркве. Године 1978, на захтев Руске православне цркве, Цариградска васељенска патријаршија је издала томос који је прогласио аутономију из 1923. године „неоперативном“, што значи да је Константинопољ признао немогућност аутономне православне цркве да делује у оквиру Естонске Совјетске Социјалистичке Републике."The Estonian Apostolic Orthodox Church" , Catholic Near East Welfare Association website.
Естонска независност и имовинска реформа Естонија је 20. августа 1991. прогласила независност од распадајућег Совјетског Савеза, обнављајући парламентарну владу од пре 1940. године. Убрзо су настале поделе унутар православне заједнице; једни су желели да остану под Московском патријаршијом, док су други желели да поново успоставе аутономну цркву под јурисдикцијом Цариградске патријаршије.
Постојао је и правни аспект овог питања. Након што је постала независна, Естонија је започела програм имовинске реформе – то јест, враћање имовине експроприсане од стране Совјета током окупације. Али која је црква – она у егзилу, под Цариградом, или она у Естонији, под Москвом – била права Естонска православна црква?Ringvee, Ringo. "The Eastern Orthodox Church in the newly independent Estonia — the second act of the controversy" , Estonica - Encyclopedia about Estonia, Estonian Institute.
Почетком 1993. године, естонски парламент је усвојио Закон о црквама и конгрегацијама, који је захтевао да се све верске институције поново региструју у Министарству унутрашњих послова. У августу исте године, црква у егзилу регистровала је статут из 1935. године, што значи да је себе сматрала наставком првобитне Естонске апостолске православне цркве. У новембру је епархија предвођена Москвом покушала да региструје исти статут из 1935. године, али је одбијена. Као одговор, епархија је тужила, покушавајући да утврди да је она, а не црква у егзилу, одржала континуитет Естонске апостолске православне цркве током совјетске окупације. Суд је одбио овај покушај, пресудивши да је црква у егзилу заиста била легитимни наследник православне цркве у постсовјетској Естонији, чиме је Естонска апостолска православна црква једини законски наследник све имовине православне цркве у Естонији пре 1940. године.Mite, Valentinas. "Estonia: Two Branches of Orthodox Church Seeking to Live in One Country", Radio Free Europe/Radio Liberty archives, May 10, 2002.