thumb|Јенисејски Киргиски каганат Историја Киргистана сеже више од 3.000 година. Иако је географски изолован због свог планинског положаја, имао је важну улогу као део историјског трговачког пута, Пута свиле. Туркијски номади, који вуку своје порекло од многих туркијских држава, као што су Први и Други туркијски каганат, насељавали су земљу током њене историје. У 13. веку Киргистан су освојили Монголи; касније је поново стекла независност, али су је напали Калмици, Манџури и Узбеци. Године 1876. постао је део Руске империје, остајући у СССР-у као Киргиска Совјетска Социјалистичка Република након Октобарске револуције. Након демократских реформи Михаила Горбачова у СССР-у, 1990. кандидат за независност Аскар Акајев изабран је за председника Киргиске ССР. Дана 31. августа 1991. Киргистан је прогласио независност од Москве, а потом је успостављена демократска влада.
Рана историја мини|Кула Бурана у Баласагуну (11. век). Камена оруђа пронађена у планинама Тјен Шан указујеуна присуство раних људи у данашњем Киргистану пре чак 200.000 до 300.000 година. Први писани записи о цивилизацији на подручју које је окупирао Киргистан појављују се у кинеским хроникама око 2000. године пре нове ере.
Порекло киргиског народа
Јенисејски Киргизи су живели у горњој долини реке Јенисеј, у централном Сибиру. Кинески извори из 2. века пре нове ере и муслимански извори из 7–12. века нове ере описују Киргизе као црвенокосе, светле пути и зелених (плавих) очију. Први пут се појављују у кинеским „Записима Великог Историчара” као Гекун или Ђанкун (鬲昆 или 隔昆), а касније као део племена Тијеле, дошли су под власт Гоктурка и Ујгура. Касније је Киргистан био део Кушанског царства током будизма. Рана киргистанска држава достигла је највећу експанзију након пораза Ујгурског каганата 840. године нове ере. Затим су се Киргизи брзо преселили све до Тјан Шана и задржали своју доминацију над овом територијом око 200 година. У 12. веку, међутим, доминација Киргиза се смањила на Алтајски ланац и планине Сајан као резултат растуће монголске експанзије. Са успоном Монголског царства у 13. веку, Киргизи су мигрирали на југ. Плано Карпен, изасланик папске државе, и Вилијам Рубрук, изасланик Француске, писали су о свом животу под Монголима. Разни турски народи владали су њима све до 1685. године, када су дошли под власт Ојрата (Џунгара).
63% савремених киргиских мушкараца носи хаплогрупу Р1а1 (И-ДНК), што је упоредиво са преваленцијом хаплогрупе међу Таџицима (64%). The Eurasian Heartland: A continental perspective on Y-chromosome diversity ). Haplogroup R1a1 is believed to be a marker of the Proto-Indo-European language.Zuev Yu. L., The strongest tribe, p. 35-46, Almaty, 2004
Рани средњи век thumb|Опсада и битка код Исфаре. Бабур и његова војска нападају тврђаву Ибрахима Сару (слика око 1589–1590).
Први Туркијци који су формирали државу на територији Централне Азије (укључујући Киргистан) били су Плави Туркијци (Гоктурци). Познати у средњовековним кинеским изворима као Тујуе (突厥 ту јуе), Плави Туркијци под вођством Бумина/Туман Кана/Кагана (умро 552) из племена или династије Ашина и његови синови су основали прву познату туркијску државу 551. године на општем подручју територије коју су раније окупирали Сјонгнуи, и брзо се проширио да би завладао широким територијама у Централној Азији. Плави Туркијци су се поделили на два супарничка каната, од којих се западни распао 744. године.
Прво краљевство које је настало из гоктуркијског каганата било је будистичко Ујгурско царство које је цветало на територији која је обухватала већи део централне Азије од 744. до 840. године.
Након што се Ујгурско царство распало, један огранак Ујгура мигрирао је у насеља оаза у Таримској котлини и Гансу, као што су Гаочанг (Карахоја) и Хами (Кумул), и успоставили конфедерацију децентрализованих будистичких држава под називом Кара-Хоја. Други, углавном блиско повезани са Ујгурима (Карлуцима), који су окупирали западну Таримску котлину, долину Фергане, Џунгарију и делове модерног Казахстана који се граниче са муслиманским турко-таџичким Хорезм султанатом, прешли су на ислам најкасније у 10. веку и изградили федерацију са муслиманским институцијама под називом Кара-Ханлик, чије кнежевске династије већина историчара назива Караханидима. Његов главни град, Баласагун, цветао је као културни и економски центар.
Исламизовани кнежевски клан Карлук, Баласагунлу Ашиналар (или Караханиди) гравитирао је ка персијској исламској културној зони након што је њихова политичка аутономија и суверенитет над Централном Азијом обезбеђени током 9. и 10. века.
Како су постајали све више персијанизовани, населили су се у индоиранским седентарним центрима као што је Кашгарија, и одвојили се од номадских традиција других Карлука, од којих су многи задржали културне елементе Ујгурског каната.
Кнежевина је значајно ослабљена почетком 12. века, а територију модерног Киргистана освојили су монголски Китанци. Кара-Китански канат (Кси Љао; 1124–1218), познат и као западни Љао, основао је Јелу Даши (耶律大石) који је предводио око 100.000 китанских остатака војске бежећи од џурченског освајања њихове родне земље, династије Китан.
Китанско освајање централне Азије се стога може посматрати као међусобна борба унутар номадског племена Карлук, одиграна као династички сукоб између освајачких будистичких китајских елита и одбрамбених принчева Кара-Ханида, што је резултовало покоравањем потоњих од стране првих, и у потчињавању муслиманских Карлука од стране њиховог несторијанског/будистичког сродства.
Монголска доминација Монголска инвазија централне Азије у 13. веку опустошила је територију Киргизије, коштајући њен народ независности и писаног језика. Син Џингис-кана, Џуче, освојио је киргишка племена у региону Јенисеја, која су се до тада разјединила. Истовремено, подручје данашњег Киргистана било је важна карика на Путу свиле, о чему сведочи неколико несторијанских надгробних споменика. У наредних 200 година, Киргизи су остали под Златном Хордом, Чагатајским канатом и Ојратима, као и Џунгарима који су наследили тај режим. Слобода је враћена 1510. године, али су киргиска племена у 17. веку преплавили Калмици, средином 18. века Манџурци, а почетком 19. века Узбеци.
Монголско царство (1206-1294/1368) било је највеће целовито царство и друго по величини царство у целој светској историји. Настала је уједињењем монголских и туркијских племена у данашњој Монголији, а нарасла је инвазијом, након што је Џингис-кан проглашен за владара свих Монгола 1206. године. Златна Хорда и Чагатајски канат су де факто независни и одбијају да прихвате Кублај-кана (1260–1294) као кагана. У време Кублајеве смрти, Монголско царство се већ поделило на четири одвојена каната или царства, од којих је свако следило своје посебне интересе и циљеве. Кагани из династије Јуан преузели су улогу кинеских царева и поставили своју престоницу у Ханбалик (данашњи Пекинг) из старе монголске престонице Каракорума. Иако су их други канати прихватили као своје титуларне сузерене и слали трибуте и извесну подршку након мировног споразума 1304. године, три западна каната су била практично независна и сваки је наставио свој сопствени развој као суверене државе.
На крају је монголска власт у Кини пала 1368. и заменила је династија Минг, иако је династија џингисидских Борџигина преживела у Монголији до 17. века. Темуџин, син монголског поглавице, који је претрпео тешко детињство, ујединио је номадска, до тада увек ривалска монголско-туркијска племена под својом влашћу кроз политичку манипулацију и војну моћ. У периоду 1203–1205, Монголи су под Темуџином уништили сва преостала супарничка племена (Кереид, Меркити) и довели их под своју власт. Године 1206, Темуџин је крунисан као каган Јеке монголског Улуса (Велике монголске нације) на Курултају (генералној скупштини) и уместо тога преузео титулу „Чингис-кан“ (или познатије као „Џингис-кан“ вероватно што значи универзални владар) уместо старих племенских наслова као што су Гур Кан или Тајанг Кан. Овај догађај је у суштини означио почетак Монголског царства под вођством Џингис-кана (1206–1227). Џингис-кан је именовао своје верне пријатеље за старешине војних јединица и домаћинстава. Такође је поделио свој народ на арбане (сваки са 10 људи), зууне (100), миангане (1000) и тумене (10.000) децималне организације.
Џингис-кан је наградио оне који су му били лојални и поставио их на високе положаје. Прогласио је нови закон царства Јаса и кодификовао све што је било у вези са свакодневним животом и политичким пословима тадашњих номада. На пример, он је својим законом забранио лов на животиње у време парења, продају жена, крађу туђе имовине, као и борбе између Монгола. Убрзо је дошао у сукоб са династијом Ђин џурчена и западном Сјаом Тангута у северној Кини. Под провокацијом муслиманског Хорезмијског царства, преселио се и у Централну Азију, опустошивши Трансоксијану и источну Персију, а затим извршио напад на Кијевску Русију и Кавказ. Пре своје смрти, Џингис је поделио своје царство на своје синове и ужу породицу, али је, како је то постало јасно, оно остало у заједничком власништву целе царске породице која је, заједно са монголском аристократијом, чинила владајућу класу.
Године 1207. киргиски поседи на Јенисеју, у Туви и Алтају ушли су у састав Монголског царства. Али 1273–1293, киргиски владари су обновили своју независност након поновљених побуна киргиских племена против моћи Монгола 1217, 1218, 1273–1280. године. Године 1218. источни Туркестан и Семиречије су освојили Монголи. Џингис-каново царство је наследио његов трећи син, Угедеј, именовани Велики кан који је лично контролисао земље источно од Балхашког језера до Монголије. Толуј, најмлађи, чувар огњишта, добио је северну монголску домовину. Чагатај, други син, добио је Трансоксанију, између река Аму Дарја и Сир Дарја у савременом Узбекистану, и област око Кашгара. Свој главни град направио је у Алмалику у близини данашње Куље у северозападној Кини. Осим проблема лозе и наслеђа, Монголско царство је било угрожено и великом културном и етничком поделом између самих Монгола и њихових претежно исламских турских поданика. Године 1269. током заједничког састанка ханова Чагатаја и Угедеја, улус Хајду (1269-1301) је званично изабран за кана. Његове земље су се простирале од Алтаја до Амур-Дарије, укључујући територију модерног Киргистана и источног Туркестана (опсежан регион централне Азије између Сибира на северу и Тибета, Индије, Авганистана и Ирана на југу: раније подељена на Запад (руски) Туркестан (који се такође назива совјетска централна Азија), који обухвата данашњи Туркменистан, Узбекистан, Таџикистан, Киргистан и јужни део Казахстана, и источни Туркестан који се састоји од аутономног региона Синђанг Ујгур (Кинески).
Тимуриди и Узбеци Киргизи на северу никада нису били потпуно потчињени од стране Тамерлана. У јужном региону, међутим, његова освајања и утицај имали су уједињујућу улогу. У 15. веку у ове крајеве стигло је племе Узбека, пореклом из Златне Хорде.
Руска империја: 1876–1918. Године 1775, Атаке Тинај Биј Улу, један од вођа племена Сарибагиш, успоставио је прве дипломатске везе са Руским царством тако што је послао своје изасланике Катарини Великој у Санкт Петербург. Почетком 19. века, територија Киргизије је дошла под контролу каната Коканд, али је територију окупирала и формално припојила Руска Империја 1876. године. Руско преузимање власти подстакло је бројне побуне против царске власти, а многи Киргизи су се определили за преселио се у планине Памир и у Авганистан. Гушење побуне 1916. у Централној Азији, изазвано руским наметањем војног рока Киргизима и другим народима Централне Азије, довело је до тога да многи Киргизи побегну у Кину.
Совјетски период: 1918–1991.