мини|Војно одељење Калифорније (1858). Црвене заставе означавају положаје америчке војске близу Поинт Сент Џорџа. Учествовање Калифорније у Америчком грађанском рату обухватало је слање злата на исток ради подршке ратним напорима, регрутовање добровољачких борбених јединица које су замењивале регуларне јединице америчке војске упућене на исток, одржавање и изградњу бројних кампова и утврђења западно од Стеновитих планина, сузбијање сецесионистичких активности (при чему је значајан број сецесиониста отишао на исток да се бори за Конфедерацију) и обезбеђивање Територије Њу Мексика од Конфедерације. Држава Калифорнија није слала своје јединице на исток, али су многи њени грађани отпутовали и придружили се Унијској војсци.
Демократска странка је доминирала политиком Калифорније од њеног настанка, а јужњачки демократи били су наклоњени сецесији. Иако у мањини на нивоу државе, чинили су већину у Јужној Калифорнији и округу Тулари, а у значајном броју били су заступљени у окрузима Сан Хоакин, Санта Клара, Монтереј и Сан Франциско. Калифорнија је била седиште моћних бизнисмена који су кроз контролу над рудницима, транспортом, финансијама и Републиканском странком имали снажан утицај на политику државе, иако су републиканци до кризе сецесије били мањинска странка. Подела унутар Демократске странке током рата омогућила је Абрахаму Линколну да победи у Калифорнији, али са тесном предношћу. За разлику од већине слободних држава, Линколн је у Калифорнији победио са релативном већином, а не са апсолутном већином гласова.
Почетком 1861. године, када је криза сецесије започела, сецесионисти у Сан Франциску покушали су да одвоје Калифорнију и Орегон од Уније, али без успеха. Јужна Калифорнија, у којој је већину чинило незадовољно становништво калифорнијских староседелаца (Californios) и јужњачких сецесиониста, већ је изгласала формирање посебне територијалне владе и основала милицијске јединице, али су након избијања рата у покушају сецесије били спречени интервенцијом савезних трупа пребачених из граничних утврђења Дистрикта Орегон и Дистрикта Калифорнија (првенствено из Форт Тејона и Форт Мохавеа).
Патриотски занос захватио је Калифорнију након напада на Форт Самтер, што је омогућило брзу мобилизацију добровољачких пукова, углавном из проунијских округа на северу државе. Калифорнијско злато такође је допринело финансирању Уније. Након поделе унутар Демократске странке, републиканци који су подржавали Линколна преузели су власт у држави на изборима у септембру. Добровољачки пукови били су распоређени у Јужној Калифорнији и округу Тулари ради контроле подручја склоних сецесији. Поједини Јужњаци отпутовали су на исток да се придруже војсци Конфедерације, избегавајући патроле Уније и непријатељске Апаче. Они који су остали у држави покушали су да опреме приватере за нападе на приобални саобраћај, а пред крај рата формиране су и две групе партизанских ренџера.
Од државности до грађанског рата Када је Калифорнија примљена у Унију у оквиру Компромиса из 1850. године, становници државе већ су били одлучили да она буде слободна држава — уставна скупштина из 1849. године једногласно је укинула ропство. Као последица тога, јужњачки конгресмени гласали су против њеног пријема 1850, док су северњаци подржали улазак, позивајући се на број становника од 93.000 и на огромна налазишта злата. Северна Калифорнија, у којој су доминирали рударски, транспортни и трговачки кругови Сан Франциска, снажно је подржавала стицање статуса државе.
На председничким изборима 1856. године, Калифорнија је своје изборне гласове доделила победнику Џејмсу Бјукенану. Председнички кандидат 1856.ЖуркаМатична државаНародно гласање%Џејмс БјукененДемократаПенсилванија53.34248,4Милард ФилморНезналицаЊујорк36.19532,8Џон ФримонтРепубликанацКалифорнија20.70418,8
Покушаји Јужне Калифорније да се отцепи од Калифорније Након што је Калифорнија примљена у Унију, шпанско говорећи Californios који су били незадовољни неправедним порезима и законима о земљишту у слабо насељеној Јужној Калифорнији, три пута су током 1850-их покушали да постигну засебан статус државе или територије, независан од Северне Калифорније. Последњи покушај, Пико акт из 1859. године, усвојила је законодавна скупштина Калифорније, потписао државни гувернер Џон Б. Велер, а затим је убедљивом већином одобрен од стране бирача у предложеној Територији Колорадо и послат у Вашингтон, са снажном подршком сенатора Милтона Лејтама. Међутим, криза сецесије након избора Абрахама Линколна 1860. године спречила је да предлог икада дође на гласање.
Сецесиона криза у Калифорнији На председничким изборима 1860. године, Калифорнија је дала тесну релативну већину од 38.733 гласа Абрахаму Линколну, чијих 32% од укупног броја гласова било довољно да освоји све изборне гласове државе. Преосталих 68% бирача гласало је за остала три кандидата. Председнички кандидат 1860.ПартијаНародно гласање%Абрахам ЛинколнРепубликанац38.73332,3Стивен А. ДагласСеверни демократа37.99931,7Џон К. БрекинриџЈужни демократа33.96928,3Џон БелУставна унија9.1117.6
Завера за формирање Пацифичке републике Током кризе сецесије након Линколновог избора, федералне трупе биле су под командом пуковника (бревет бригадног генерала) Алберта Сиднија Џонстона у Бенисији, где се налазило седиште Пасифичког одсека. Џонстон је снажно веровао у право Југа на сецесију, али је жаљео што је до ње дошло. Група јужњачких симпатизера у држави планирала је да се са Орегоном отцепи и формира „Пасифичку Републику”. Успех њихових планова зависио је од сарадње генерала Џонстона. Он се сусрео са некима од ових јужњачких представника, али пре него што су му ишта предложили, рекао им је да је чуо гласине о покушају заузимања тврђава у Сан Франциску и арсенала у Бенисији, да се на то припремио и да ће бранити објекте под својом командом свим расположивим средствима и „до последње капи крви”. Поручио им је да то пренесу својим јужњачким пријатељима.
Дана 17. јануара 1861. године, извесни Данкан Бомонт истакао је заставу Пасифичке Републике на свом броду у луци Стоктон. Застава је описана речима: „...застава је од свиле, величине националног барјака и, изузев Уније ... усамљена звезда на плавој подлози, прекривена приказом дивље планинске сцене са огромним медведом у првом плану и речима ‘Pacific Republic’ близу горње ивице заставе.” Застава, међутим, није дуго вијорила, пошто је дете послато да се успне уз јарбол и скине је.
У међувремену, унионисти су страховали да би Џонстон могао да подржи такав план, па су своје бојазни пренели Вашингтону тражећи његову смену. Бригадни генерал Едвин Вос Самнер убрзо је послат на запад преко Панаме да у мају 1861. замени Џонстона. Џонстон је 31. маја поднео оставку, а након што је Самнер стигао, предао му је команду и са породицом се преселио у Лос Анђелес. Убрзо потом је са другим јужњацима отпутовао преко Територије Новог Мексика у Тексас, где је постао командант западних армија Конфедерације. Погинуо је у бици код Шајлоа.
Борба за контролу над милицијом Како се криза сецесије развијала почетком 1861. године, неколико добровољачких чета милиције Калифорније било је распуштено због подељених лојалности, док су нове, проунионистичке јединице заклињане широм државе под надзором окружних шерифа и судија. Многе од ових јединица нису учествовале у борбама, али су неке постале окосница најранијих пукова добровољаца из Калифорније. Друге, попут Petaluma Guard и Emmet Rifles у округу Сонома, угушиле су сецесионистички неред у Хилдсбургу 1862. године. Команданти Уније ослањали су се на San Bernardino Mounted Rifles и њиховог капетана Кларенса Е. Бенета ради обавештајних података и помоћи у одржавању унионистичке контроле над пројужњачким округом Сан Бернардино крајем 1861. године, када су федералне трупе биле повучене и замењене добровољцима из Калифорније. мини|Градска гарда Пласервила око 1865. године Крајем 1861. године дошло је до инцидента са узурпаторима земљишта источно од Вотерлуа. Суд је досудио земљу човеку по имену Комсток, али узурпатори су одбили да оду. Унионистички шериф Хук позвао је Stockton Union Guard да их уклони. Узурпатори, познати симпатизери Конфедерације, заузели су положаје у темељима једне циглане и изјавили да ће пуцати на свакога ко покуша да их истера. Дана 9. новембра, милиција је напустила касарну, сваки војник добио је три метка и наређење „пуцај да убијеш”. Међутим, када су стигли, установили су да су узурпатори већ побегли, па су се људи вратили кући.
Након вести о предаји Форт Донелсона, које су стигле у Санта Клару 1862. године, становници су славили подизањем националних застава и испаљивањем наковања у небо. Ипак, неки нису били задовољни, попут госпође Калдвел, супруге локалног лекара, која је истакла „црну заставу” на својој кући у знак подршке разједињењу. Тај чин окупио је више од 100 људи, од којих су се неки сврстали уз Калдвелову. Santa Clara Light Infantry постављена је испред своје касарне и надгледала ситуацију. Маршал Фред Морис затражио је од ње да спусти заставу, али је она одбила, након чега јој је саопштено да неће бити заштићена ако избије насиље. Убрзо је скинула заставу, а окупљени су се разишли без испаљеног метка. Калдвелова је, љута, однела заставу до касарне и бацила је на војнике, који су је сачували као ратни трофеј.
Године 1864. округ Алпајн био је познат као упориште јужњачких симпатизера који су терорисали локалну унионистичку заједницу, пљачкали и палили куће северњачких присталица и одбијали да плаћају порезе или поштују одлуке локалних власти. Како локални мировни судије и шерифи нису могли или нису смели да делују против њих, становници Маркливила организовали су милицију под именом Alpine Rifles, која је након оснивања успела да заустави вандализам.
У Колумбији, током избора 1864. године, дошло је до напетости између сецесионистичких и унионистичких фракција. Сецесионисти су покушали да спрече све републиканце да гласају, тврдећи да „никоме из супротне странке неће бити дозвољено да гласа на предстојећим изборима”. Такође су изјавили да једном од локалних свештеника неће бити дозвољено да одржи недељну проповед. Tuolumne Home Guard мобилисана је и почела да складишти велике количине муниције. Капетан је поделио своју чету на две половине — једну је послао у патролу, а другу држао у резерви. Свештеник је ушао у цркву носећи пушку и без ометања одржао проповед. Избори су одржани без већег насиља, иако је било мањих окршаја између милиције и сецесиониста.
Сецесионистичке милиције Једина успешно организована пројужњачка милицијска јединица у Калифорнији била је Los Angeles Mounted Rifles, формирана 7. марта 1861. године у округу Лос Анђелес. У њеном руководству и редовима било је више Калифорнијоса, укључујући и окружног шерифа Томаса Авилу Санчеза. Вођа јединице био је његов заменик Алонзо Ридли, а у њој су учествовали и бројни други заменички шерифи.
Други заменик шерифа округа Лос Анђелес, А. Џ. Кинг (раније члан јединице Monte Rangers), заједно са другим утицајним људима из Ел Монтиа, формирао је 23. марта 1861. године још једну сецесионистичку милицију, Monte Mounted Rifles. Међутим, Кинг је убрзо дошао у сукоб са савезним властима. Према извештају листа Sacramento Union од 30. априла 1861, Кинг је изведен пред пуковника Карлтона, приморан да положи заклетву на верност Унији и потом пуштен. Јединица Monte Mounted Rifles је 26. априла 1861. године затражила оружје од гувернера Џона Даунија. Иако је гувернер послао оружје, војни официри у Сан Педру су зауставили пошиљку, спречивши активирање јединице.
Дана 28. марта 1861. године новоформирана Територија Аризона изгласала је одвајање од Територије Нови Мексико и прикључење Конфедерацији. Ово је појачало страхове званичника Уније да постоји сецесионистички план да се Јужна Калифорнија издвоји из државе и прикључи Конфедерацији. Ти страхови заснивали су се на већ показаној тежњи за одвајањем током гласања о Пико акту, као и на снази и активностима сецесиониста у том подручју, посебно на формирању милицијских јединица.