Историја Суботице може се на основу писаних и материјалних извора пратити дубоко у средњи век, али континуирано тек од коначног ослобођења града од Турака (1697. године) и његовог насељавања Србима и Буњевцима.
Рана историја
Суботица је вероватно настала после најезде Татара, крајем 12. или почетком 13. века, али је први помен о њој из 1391. године. Прво забележено име града било је Забатка, а према једном тумачењу, ово име потиче од забата са панонских кућа. Половином 15. века, Суботица има статус опиде, односно града најнижег ранга, а 1499. године се помиње као тврђава у Бодрошкој жупанији (тврђаву је подигао ердељски војвода Јанош Понграц од Денгелега 1470. године). У 16. веку градом је управљао Валентин Терек. До 16. века Суботица је била под угарском управом, а у 16. веку је освајају Турци, због чега се дотадашње мађарско становништво града разбежало, углавном на просторе данашње Словачке.
Цар Јован Ненад мини|250п|Споменик цару Јовану Ненаду у Суботици
После пораза који су на Мохачком пољу 1526. године угарској војсци нанели Турци, у Угарској је настала борба око упражњеног краљевског престола између ердељског војводе Јована Запоље и Фердинанда I Хабзбуршког. У току ове борбе, међу Србима на подручју Војводине, појавио се Јован Ненад, до тада непознат човек, који се назвао српским царем и створио једну самосталну државу краткога века са центром у Суботици. Док су се Фердинанд и Запоља отимали о угарску круну, Јован Ненад је организовао српску војску од петнаест до двадесет хиљада људи, једнаку по снази аустријској и угарској оружаној сили, чиме је постао веома значајан чинилац. На његову страну прешао је и највећи део шајкашке флоте на Дунаву и Тиси. Своје прве чете, цар Јован Ненад је формирао у околини Липове, у северном Банату. Прикупљене чете преведе цар преко Тисе у Бачку и за кратко време протера Турке, који су после одласка султана Сулејмана остали као посада у појединим бачким местима. Чим је Турке протерао из Бачке, изабере цар Јован Сабатку, данашњу Суботицу, за своју резиденцију.
Цар Јован затим даде Суботицу утврдити и стави у њу српску војну посаду, а потом је спровео организацију свога двора. Окружио се са шест стотина униформисаних стаситих младића као телесном гардом, названих по турском начину јањичарима. За генералног капетана својих чета именовао је Радослава Челника, за своје посланике код страних дворова узео је Фабијана Литерата и Јована Долића, а за свог благајника и палатина (намесника, по узору угарских краљева) именовао је војводу Суботу Врлића. Кад је Бачку и Банат очистио од Турака, враћали су се угарски племићи на своја имања, али их цар није примао него је поклањао земљиште у Бачкој својим људима, Србима. Крајем 1526. године, преведе цар један део својих чета преко Дунава у Срем и освоји турске тврђаве Баноштар и Черевић са околним местима и стави у њих српску посаду. Водећи борбу против два непријатеља, Турака и угарског племства, Јован Ненад је веома брзо постигао велики успех, а његова појава заинтересовала је све утицајне европске дворове.
Почетком 1527. године Јован Ненад је учврстио своју власт у Бачкој, Банату и делу Срема. Одбио је нападе Валентина Терека и Владислава Чакија. Маја месеца 1527. године, Јован Ненад и његове војводе преузели су обавезу трајне оданости Хабзбурговцима. То је са територије Угарске под Запољином влашћу изазвало прави крсташки рат против Јована Ненада. Док се Јован Ненад налазио у Чоми, нападне Терек изненада на Суботицу, у којој тога момента није било ни палатина Суботе, и успе да истера из града цареву српску посаду. На то цар пренесе своје седиште у Сегедин. Јован Ненад је 26. јула 1527. године у Сегедину на превару смртно рањен, а његова војска се убрзо распала, тако да је и извојевана слобода била изгубљена. После Терековог заузимања Суботице, град је за кратко време поново дошао под угарску управу, да би га освојили Турци 1543. године.
Претпоставља се да је град добио своје данашње име, Суботица, по палатину и ризничару цара Јована Ненада, Суботи Врлићу.Јован Миросављевић, Бревијар улица Новог Сада 1745—2001, Нови Сад. (2002). стр. 212. Цару Јовану Ненаду подигнут је у Суботици споменик 1927. године, али су га Хортијеви војници 1941. године порушили. Споменик је обновљен 1991. године.
Турска управа
мини|лево|250п|Сеоба Буњеваца у Бачку
За време Турске управе, Суботица је била седиште нахије, односно седиште разних судских, управних и војних власти. Забележено је да се „град налази усред ненасељеног краја једне бескрајне равнице“. Утврђење се налазило поред језера, а то је било мало, али високо и јако утврђење, зидано од тврдог материјала. Град је имао 140 домова, покривених трском и рогозом, а било је много вртова и винограда. Турци су на овом подручју насељавали српско становништво, као и друге колонисте са Балкана. Истовремено су стизале и породице српских најамника турске војске. Према турским пописима, 1580/82 године у граду је било 49 српских кућа, а 1590. године 43.Др Душан Ј. Поповић, Срби у Војводини, књига 1, Нови Сад. (1990). стр. 259. Турски период је трајао до 1686. године.
Хабзбуршка управа до 1848/1849. године
Војни шанац
Након доласка Аустријанаца почиње нагли развој насеља. Суботица се налазила у саставу Потиске војне границе и тај статус је био привлачан за многобројне досељенике. Развоју насеља је допринело досељавање 5.000 Буњеваца у Бачку 1687. године, под својим вођама Дујом Марковићем и Ђуром Видаковићем. По неким изворима, ови Буњевци су се доселили из Далмације, а по другим изворима из Босне.Етнолингвистичка и историјска истраживања о Буњевцима (Зборник радова), Матица српска, Нови Сад. (2008). стр. 20. Буњевци су се досељавали у Суботицу и њену ширу околину још током 16. и 17. века, а у време формирања Потиске војне границе 1702/1703. године чинили су у Суботици већину становништва.Етнолингвистичка и историјска истраживања о Буњевцима (Зборник радова), Матица српска, Нови Сад. (2008). стр. 19. Суботички граничари истакли су се током борби са покретом Фрање II Ракоција, чији су устаници, не штедећи ни православне ни католике, терорисали и опустошили целу Бачку.Етнолингвистичка и историјска истраживања о Буњевцима (Зборник радова), Матица српска, Нови Сад. (2008). стр. 22. Ракоцијева војска (такозвани куруци) напала је и саму Суботицу, чије је становништво морало да бежи из града (1704—1705. године), па се део склонио у Петроварадин. Много штете нанела је и куга која је харала 1709. године, а епидемије куге забележене су и 1738. и 1741. године.
Становништво у војној граници било је ослобођено жупанијских и коморских терета и кулука, али је плаћало порез за издржавање стајаће војске. Током прве половине 18. века, Суботица је имала доста спорова са Сегедином поводом тачне границе између ова два града, пошто разграничење није довољно прецизно урађено још при самом оснивању Потиске границе. Према попису из 1720. године, Суботица је већински била настањена буњевачким и српским становништвом, а у попису је забележен податак да у граду живе само два Мађара, један граничар редов и један неграничар по занимању ковач.Етнолингвистичка и историјска истраживања о Буњевцима (Зборник радова), Матица српска, Нови Сад. (2008). стр. 25.
Занатство у Суботици испрва није било на високом нивоу, већ је било усмерено на обезбеђивање основних животних потреба: воде и хране. У граду је почетком треће деценије 18. века било само 10 регистрованих занатлија, а они су служили и као граничари у пешадији. После 1720. године почиње интензиван економски напредак становништва Суботице, која постаје најјачи привредни центар у Потиској војној граници.
Привилеговано коморско трговиште
1743. године, развојачена је војна граница, а као последицу заслуга суботичких граничара у аустријским ратовима, град добија статус коморске вароши са именом Сент Марија. Град је имао право одржавања два годишња вашара и пијаце једанпут недељно. Суботица у посед добија и 12 околних пустара. Тада је уследило досељавање Мађара, Словака и Немаца, али и занатлија, који су допринели јачању централних градских функција. Град затим добија и свој статут, написан на буњевачком језику, а Буњевци преузимају управу над градом преко градског судије, те магистрата и изабране општине у којима чине апсолутну већину.
мини|десно|250п|Насеље Александрово После развојачења војне границе, град је подређен Хабзбуршкој Угарској и Бачко-бодрошкој жупанији, што је изазвало незадовољство и исељавање српског граничарског живља. У време развојачења границе, 1743. године, у Суботици је било две трећине „Далматинаца” (Буњеваца) и једна трећина „Раца” (Срба).Сеоске цркве и гробља у Војводини, Нови Сад. (2000). стр. 6. У априлу 1746. године, издата је наредба по којој сви који неће да остану под цивилном управом могу да се иселе у она места која су још под војном управом. До пролећа 1747. године иселило се, највише у Шајкашку, 315 православних породица, а остало их је само 20, после чега се у Суботицу у већем броју досељавају Мађари (1746—1747. године, а нарочито 1754. године из Кечкемета и СегединаЕтнолингвистичка и историјска истраживања о Буњевцима (Зборник радова), Матица српска, Нови Сад. (2008). стр. 27.), а долазе и Буњевци из Чавоља. Убрзо се део српског становништва вратио у град и помирио са новим стањем, тако да је 1748. године било 58, 1769. године 200, а 1773. године 259 српских домова у Суботици. После коначног развојачења Потиско-поморишке војне границе 1751. године, многи Срби су отишли у Русију. Део Срба који су напустили град створио је посебно насеље у Александрову, у близини Суботице (ово насеље је касније спојено са Суботицом и данас чини једну од суботичких градских четврти).
Град је настојао да среди своје пореско питање пошто су се у то време плаћали државни порез, феудалне ренте и разне таксе. Према попису из 1748. године, у Суботици је било укупно 759 опорезованих чланова породица, од којих је 586 припадало Буњевцима.Етнолингвистичка и историјска истраживања о Буњевцима (Зборник радова), Матица српска, Нови Сад. (2008). стр. 30. Исте године, у граду је било 562 домаћинства, великом већином буњевачких (становника православне вере било је тада у 58 домова, а мађарских становника у 48 домова).Етнолингвистичка и историјска истраживања о Буњевцима (Зборник радова), Матица српска, Нови Сад. (2008). стр. 31. 1778. године број становника Суботице износио је 21.471, од којих су 17.043 били Буњевци и Срби.
Слободни краљевски град
После вишегодишњег залагања суботичке општине, град 22. јануара 1779. године добија статус „слободног и краљевског привилегованог града“ и ново име Марија Терезиополис. Од тада се одржавало пет вашара годишње и две пијаце недељно, Суботица је ослобођена свих коморских обавеза и стекла је право убирања неколико пореза. Град је настојао да привуче што више занатлија, а земље околних пустара су испарцелисане и продате, што је такође привукло ново становништво. Међу досељеницима било је доста феудалаца, што је још више допринело подизању економске моћи и угледа града.
Прва средња школа, претеча гимназије, отворена је у Суботици 1747, дом за старе 1766, а Палић постаје лечилиште 1845. године. Прва штампарија основана је 1844, а прве новине изашле су 1848. године.
Револуција из 1848/1849. године Као одговор на избијање Мађарске револуције 1848. године, на Мајској скупштини у Сремским Карловцима проглашена је аутономна Српска Војводина, чије су прокламоване границе укључивале и Суботицу, али војска Српске Војводине није успела да зауземе овај град, који је био под контролом мађарских снага. За разлику од Срба и Хрвата, који су тада били противници мађарске револуције, већи део буњевачког становништва био је на страни Мађара.