Політична система Нової Каледонії протягом її історії неодноразово зазнавала змін. Протягом 1853—1946 рр. це була французька колонія, й уся влада перебувала в руках губернатора. В 1946—1999 рр. Нова Каледонія мала статус заморської території (), були створені місцевий представницький орган (Територіальні збори, ) та колегіальний виконавчий орган (Урядова рада, ). Сучасні політична система та установи Нової Каледонії сформувалися після тривалого протистояння, переговорів, компромісів та взаємних поступок між основними громадами країни — європейцями, за спиною яких стояли владні сили, та сепаратистами-канаками, що представляють корінне населення країни. Нинішня організація інституцій і баланс сил були народжені двома установчими актами: угодою Матіньон-Удіно 1988 року та Нумейскою угодою 1998 року. Перша з них завершила громадянську війну, народила провінції та визнала безліч нових легітимних понять. Друга заснувала місцеві колегіальний уряд та Конгрес, спрямувала Нову Каледонію на шлях «спільної долі» та каледонського громадянства. В Новій Каледонії поступово створювалась інституційна архітектура, яка є унікальною в межах Французької Республіки.
Унікальна інституційна архітектура Нова Каледонія в рамках Французької держави має особливий еволюційний статус (sui generis), вона володіє специфічними інститутами та користується законодавчими актами, призначеними виключно для неї. Повноваження Нової Каледонії спеціально регулюються окремим розділом Конституції «Перехідні положення, пов'язані з Новою Каледонією», яка виключає її із загальної сфери територіальних органів влади Франції. Інституційна структура Нової Каледонії визначається Органічним законом № 99-209 від 19 березня 1999 року, прийнятим на основі положень Нумейської угоди 1998 року й закріплений статтями 76 і 77 Конституції Франції. Органічний закон ділить повноваження та відповідальність між державою (Францією), Новою Каледонією, її провінціями та комунами, організовує роботу уряду, Конгресу, Звичаєвого сенату Нової Каледонії та провінційних установ, визначає порядок виборів до місцевих органів влади та умов, за яких Нова Каледонія має приймати рішення про своє майбутнє. Конгрес Нової Каледонії розділяє законодавчу владу з Національними зборами Франції.
Передбачалося, що мають бути визначені нові символи «тотожності» Нової Каледонії, серед яких назва країни, прапор, гімн, девіз, графічний дизайн банкнот. Вони мають засвідчити канацьку ідентичність та спільне майбутнє для всіх громадян країни на її шляху до суверенітету. 1998 року було встановлене громадянство Нової Каледонії, яке поширюється на осіб, що народилися в Новій Каледонії або прибули сюди до 1998 року й можуть довести 10 років свого проживання в Новій Каледонії, а також їхні діти, коли вони стануть дорослими. Лише громадяни Нової Каледонії мають право голосу на виборах.
Нумейська угода передбачала, що держава (Франція) поступово на основі спільного суверенітету має передати Новій Каледонії свої основні повноваження, серед яких галузі цивільного й комерційного права, звичаєвого цивільного стану та системи звичаєвих земель, питання праці, експлуатації місцевих природних ресурсів, судноплавство в територіальних водах, зовнішня торгівля, системи освіти та охорони здоров'я. За Францією лишаються суверенні повноваження: юстиція, судова система, громадський порядок, оборона, міжнародні відносини, державна цивільна служба, валюта та грошовий обіг, казначейство, фіскальна політика, контроль за імміграцією та іноземцями.
У Новій Каледонії співіснують дві форми цивільного стану: цивільне право для європейців та інших громад мігрантів і звичаєве право для канаків. Нумейська угода дозволяє будь-якій людині змінити свій цивільний стан, зокрема відмовитись або повернутися до звичаєвого права; в останньому випадку потрібно лише довести, що особа живе на стійкій основі відповідно до норм канацьких традицій. Багато канаків тримається звичаєвого статусу, оскільки він підкреслює їхню специфіку, а ще тому, що він захищає їхні земельні резервації та дозволяє уникати європейського правосуддя. В минулому суперечки всередині корінних громад вирішувалися неписаними звичаєвими нормами, без складання будь-яких документів. Тепер конфлікти врегульовуються мирним шляхом за допомогою звичаєвої влади, яка має конкретну юрисдикцію, де звичаєві засідателі сидять поруч з професійними суддями на рівних. «Звичаєвий суд» приймає рішення про конфлікти, які впливають на повсякденне життя кланів і сіл, наприклад, опіка над дітьми в разі розлучення.
Кожен, хто народився в Новій Каледонії, юридично є громадянином Франції й може голосувати на виборах президента Франції. На національному рівні Нова Каледонія має по два представники в Національних зборах та Сенаті Франції.
В Новій Каледонії діють французька Конституція та інші закони Франції, а також укази та законодавчі норми центральної влади, які стосуються Нової Каледонії. Крім того, тут приймаються й діють власні закони, рішення Конгресу, укази Президента уряду Нової Каледонії.
Особливий статус Нової Каледонії передбачає також місцеві органи виконавчої влади. Влада в Новій Каледонії здійснюється на декількох рівнях: на рівні Нової Каледонії в цілому, на рівні трьох провінцій та на рівні місцевих громад. Населення, що живе в умовах звичаєвого цивільного стану, має власні звичаєві органи влади й альтернативний звичаєвий адміністративний поділ країни.
Верховний комісар Президент Французької Республіки є офіційним очільником Нової Каледонії. Влада Франції на території представлена Верховним комісаром (), що призначається президентом Франції після обговорення в Раді міністрів. Верховний комісар несе відповідальність за належне функціювання державних інститутів. Він стежить за тим, як виконуються урядові норми та рішення, гарантує виконання законів і постанов, а також контролює організації, які отримують вигоду від державної допомоги. Він забезпечує адміністративний контроль за державними установами всіх рівнів на території Нової Каледонії. Уповноважені представники Верховного комісара (заступники комісара) є в кожній провінції. Верховний комісар слідкує за використанням фінансів і законністю дій місцевої влади.
Верховний комісар також керує діями національної поліції й жандармерії, відповідає за оборонні заходи, які не мають військового характеру. В передбачених законодавством випадках він може вводити на території Нової Каледонії надзвичайний стан. На додаток до повноважень як представника центральної влади, Верховний комісар має деякий контроль над міжнародними відносинами, іноземними інвестиціями, імміграцією, телевізійним мовленням, навігацією та управлінням повітряним рухом, фінансами, науковими дослідженнями та вищою освітою.
Законодавча влада Нова Каледонія має власний парламент — Конгрес (). Це її законодавчий орган, що складається з 54 депутатів, які обираються раз на 5 років.
Повноваження Конгресу вичерпно перераховані в Органічному законі від 19 березня 1999 року. До них належать оподаткування, територіальний бюджет, регулювання цін, запобігання шахрайству, координація місцевого законодавства, цивільні справи, організація територіальних служб, трудове законодавство, регулювання в галузі початкової освіти, охорони здоров'я, санітарії й соціального захисту, культури та спорту, інфраструктури, видобутку корисних копалин тощо. Конгрес обговорює й приймає закони, що стосуються загальних для всієї Новій Каледонії справ. Статус цих законів прирівнюється до законів, прийнятих парламентом Франції.
У певному сенсі Конгрес Нової Каледонії виконує роль федерального парламентського органу. Він формується з представників провінційних Зборів. Кожна провінція має в Конгресі фіксовану кількість представників: 32 місця зарезервовано за Зборами Південної провінції, 15 — за Зборами Північної провінції та 7 — за Зборами Островів Луайоте. Така внутрішня децентралізація територіальної одиниці також є унікальним явищем для Французької Республіки. Конгрес очолює президент, йому допомагають кілька віцепрезидентів і два парламентських адміністратори.
Виконавча влада Виконавча влада здійснюється місцевим урядом, який формується Конгресом. Уряд функціює за колегіальним принципом і має повноваження в галузях, які не є виключною прерогативою французької держави. Уряд розподіляє операційний бюджет між провінціями, визначає бюджети комун, має певні повноваження в міжнародних відносинах. Він готує й виконує рішення Конгресу.
Колегіальний уряд Нової Каледонії () був створений за Нумейською угодою 1998 року, він є специфічним й унікальним органом управління. Уряд складається з 5—11 членів і формується на основі пропорційного представництва політичних груп і партій, представлених у Конгресі. Він залишається чинним до закінчення терміну дії мандату Конгресу, складом якого він був сформований, за винятком випадку, якщо уряд піде у відставку або буде розпущений Конгресом.
Уряд очолює президент Конгресу. Відповідно, він є найвищою посадовою особою в Новій Каледонії. У засіданнях уряду бере участь Верховний комісар. Багатопартійний каледонський уряд працює на основі консенсусу, але, коли це неможливо, рішення приймаються більшістю голосів його членів. У разі виникнення політичної кризи, меншість не може накладати вето на рішення більшості. У випадку незгоди вона позивається до французької держави як арбітра, і вже та вирішує конфлікт.
Провінції Провінції Нової Каледонії були створені 1989 року й наділені функціями самоврядування. Такий поділ був покликаний зробити перерозподіл політичних сил, повернути країну до громадянського миру та встановити баланс сил. Південна провінція в основному заселена противниками незалежності Нової Каледонії, Північна провінція та Острови Луайоте — навпаки її прибічниками.
Кожна з провінцій має власні провінційні збори — законодавчий орган, члени якого обираються на п'ять років загальним прямим голосуванням виборців. Збори обирають з числа своїх членів виконавчий орган, який складається з президента та кабінету (3 віцепрезиденти). Частина членів провінційних зборів, згідно із встановленим представництвом, отримує місця в Конгресі Нової Каледонії.
До компетенції провінційних органів влади належать: початкова освіта; будівництво та утримання шкіл; дороги, порти та аеропорти провінційного значення; професійне навчання; економічний розвиток (сільське господарство, тваринництво, лісове господарство, рибальство, мисливство, туризм); медична допомога, охорона здоров'я й соціальна робота; будівництво й функціювання провінційних установ; спорт; культурні заходи; житловий та міський розвиток; охорона навколишнього середовища; видача дозволів на видобування корисних копалин. За Нумейською угодою провінції отримали два важливих повноваження: управління морським суспільним надбанням, що дозволяє їм здійснювати свої екологічні повноваження та економічний розвиток, а також повноваження приймати рішення, що стосуються видобутку корисних копалин.