У турнірі команд другої ліги брала участь 31 команда, які були розділені на 2 групи: + Група А Група Б «Буковина» (Чернівці) «Верес» (Рівне) «Динамо-3» (Київ) «Дністер» (Овідіополь) «Енергія» (Южноукраїнськ) «Єдність» (Плиски) «Інтер» (Боярка) «Карпати-2» (Львів) «Княжа» (Щасливе) «Нафком» (Бровари) «Нафтовик» (Долина) «Нива» (Тернопіль) «Оболонь-2» (Київ) «Рось» (Біла Церква) «Факел» (Івано-Франківськ) «Арсенал» (Харків) «Газовик-ХГВ» (Харків) «Гірник» (Кривий Ріг) «Гірник-спорт» (Комсомольськ) «Іллічівець-2» (Маріуполь) «Кремінь» (Кременчук) «Локомотив» (Дворічна) «Металург-2» (Запоріжжя) «Олімпік» (Донецьк) «Олком» (Мелітополь) ПФК «Севастополь» (Севастополь) «Титан» (Армянськ) «Фенікс-Іллічовець» (Калініне) «Хімік» (Красноперекопськ) «Шахтар-3» (Донецьк) «Явір» (Краснопілля) +  — команди, що опустилися з першої ліги.  — команди, що отримали статус професіоналів перед початком чемпіонату. — команди, переведені з іншої групи.

Команди «Рава» (Рава-Руська)Постанова №34 Бюро ПФЛ від 11.07.2006 року ., «Житичі» (Житомир)Постанова №36 Бюро ПФЛ від 25.07.2006 року., ФК «Бершадь» (Бершадь) Постанова №26 Бюро ПФЛ від 23.05.2006 року., «Чорногора» (Івано-Франківськ)Постанова №37 Бюро ПФЛ від 1.08.2006 року., «Кривбас-2» (Кривий Ріг), «Ялос» (Ялта)Постанова №33 Бюро ПФЛ від 4.07.2006 року ., «Кристал» (Херсон), «Зірка» (Кіровоград), ФК «Харків-2» (Харків) знялися зі змагань до початку чемпіонату.

Перед початком сезону команда «Інтер» (Боярка) мала назву «Боярка-2006».Постанова №35 Бюро ПФЛ від 18.07.2006 року.

29 серпня 2006 року команда «Локомотив» знята зі змагань. Результати матчів за її участю анульовані.Постанова №42 Бюро ПФЛ від 29.08.2006 року.

Група А Підсумкова турнірна таблиця

Результати матчів М КомандаДНІФАКЄДННИВКНЯНАФРОСКАРЕНЕБУКД-3ОБОВЕРНФТІНТ 1«Дністер»1:01:00:05:01:04:01:03:23:01:03:24:02:05:0 2«Факел»0:01:01:01:11:13:02:11:04:01:02:12:03:12:1 3«Єдність»3:01:22:10:03:00:03:23:03:12:14:11:04:11:2 4«Нива»0:00:11:03:12:01:02:12:01:12:14:00:01:03:1 5«Княжа»0:01:01:30:02:12:13:32:00:01:03:11:03:02:0 6«Нафком»0:02:10:30:12:02:11:02:14:01:13:00:01:01:1 7«Рось»0:20:10:12:01:12:03:21:01:12:03:14:21:24:1 8«Карпати-2»1:11:13:01:11:12:21:23:14:02:13:00:00:01:0 9«Енергія»0:12:01:10:10:40:02:03:00:01:02:14:23:03:110«Буковина»0:21:01:11:10:11:30:02:01:11:11:11:13:02:111«Динамо-3»0:21:22:20:10:01:20:32:20:02:03:01:11:07:012«Оболонь-2»3:01:10:00:02:12:30:11:20:01:01:11:00:05:113«Верес»1:11:30:21:00:12:30:12:31:52:11:13:01:00:214«Нафтовик»0:00:11:21:40:12:02:30:10:00:11:20:02:11:115«Інтер»0:10:21:50:10:10:61:00:10:22:20:01:10:20:0

Найкращі бомбардири Гравець Клуб Ігри Голи (пен.)

Група Б Підсумкова турнірна таблиця

Команда «Локомотив» знялася зі змагань після 4-го туру, всі результати матчів за участі клубу анульовані.

Результати матчів М КомандаСЕВФЕНТИТІЛЛХІМГІРОЛКШ-3АРСОЛІГАЗМЕТЯВІКРЕГСП 1ПФК «Севастополь»1:00:04:02:15:10:16:23:01:01:04:01:05:23:0 2«Фенікс-Іллічовець»2:12:13:03:11:11:03:12:13:20:03:1 +:−Неявка «Явора».3:03:0 3«Титан»4:00:02:20:11:12:22:02:01:02:02:05:20:03:0 4«Іллічівець-2»1:01:03:12:11:01:33:12:10:00:11:01:01:03:1 5«Хімік»0:12:22:41:12:00:01:10:22:10:02:02:01:01:0 6«Гірник»2:10:11:21:31:11:02:04:14:42:42:04:11:02:1 7«Олком»1:21:20:04:00:11:01:21:11:14:03:21:00:02:1 8«Шахтар-3»0:22:30:20:11:22:23:12:23:12:22:00:04:21:4 9«Арсенал»0:12:12:14:11:20:21:21:31:22:12:12:12:13:110«Олімпік»1:22:12:30:21:13:42:11:13:20:12:01:02:22:011«Газовик-ХГВ»2:11:10:11:20:21:30:01:20:00:00:21:01:01:012«Металург-2»1:50:00:22:01:00:22:11:21:01:15:00:10:11:013«Явір»0:11:00:22:10:23:01:11:20:02:02:00:20:00:014«Кремінь»0:20:11:1 −:+Рахунок матчу (0:0) анульований через участь у матчі дискваліфікованого Олексія Башакова. «Кременю» зарахована технічна поразка −:+, а «Іллічівцю-2» — перемога +:−. 2:31:02:12:12:10:11:01:10:00:215«Гірник-спорт»0:30:10:22:32:11:31:21:20:12:01:21:21:11:0

Найкращі бомбардири Гравець Клуб Ігри Голи (пен.)

Підсумки Здобули путівки до першої ліги: «Фенікс-Іллічовець», «Дністер», ПФК «Севастополь», «Факел».

Позбавлені статусу професіоналів: «Інтер» (Боярка).

Другу лігу поповнили чемпіон України серед аматорів «Шахтар» (Свердловськ), учасник фінального турніру аматорського чемпіонату України «Нива-Світанок» (Вінниця), учасники аматорського чемпіонату України «Арсенал» (Біла Церква), «Олімпік» (Кіровоград), «Поділля-Хмельницький» (Хмельницький), а також ФК «Полтава» (Полтава), «Комунальник» (Луганськ), ФК «Коростень» (Коростень), «Титан» (Донецьк).

Посилання Друга ліга 2006/2007, група А на офіційному сайті ФФУ Друга ліга 2006/2007, група Б на офіційному сайті ФФУ Друга ліга 2006/2007 на сайті Олексія Кобизєва Друга ліга 2006/2007 на сайті Дмитра Трощія Друга ліга 2006/2007 на сайті RSSSF

Примітки

Див. також Чемпіонат України з футболу 2006—2007 Чемпіонат України з футболу 2006—2007: вища ліга Чемпіонат України з футболу 2006—2007: перша ліга Кубок України з футболу 2006—2007