До складу Сан-Томе і Принсіпі входять 2 великих острови та декілька дрібних: Сан-Томе Принсіпі Ролаш Кабраш Каросу острови Педраш-Тіньйозаш Тіньйоза-Гранде Тіньйоза-Пекена острови Сеті-Педраш Бомбом Габаду Сантана Куїшиба Мостейруш Педра-да-Гале Сан-Мігель
Два головних острови — Сан-Томе і Принсіпі — вулканічного походження. Вони є найбільшими островами архіпелагу і разом з островом Ролаш єдиними постійно заселеними. Площа обох головних островів, Сан-Томе і Принсіпі, становить 99 % від загальної площі архіпелагу. Площа острова Ролаш, третього за величиною, дорівнює 3 км².