Обчислювальна геноміка використовує обчислювальний аналіз, щоб розшифрувати послідовності геному і пов'язані з ними даніKoonin EV (2001) Computational Genomics, National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, NIH (PubMed ID: 11267880), включаючи послідовності ДНК і РНК. Також обчислювальна геноміка може бути визначена як розділ біоінформатики, але з тією відмінністю, що увага приділяється аналізу повних геномів (а не окремих генів), щоб зрозуміти принципи того, як різна ДНК управляє організмом на молекулярному рівні.
Історія Обчислювальна геноміка почала свій розвиток одночасно з біоінформатикою. У 1960-х роках Маргарет Дейгофф і інші в Національному Біомедичному Дослідницькому фонді створили бази різних послідовностей білків для еволюційного дослідженняDavid Mount (2000), Bioinformatics, Sequence and Genome Analysis, pp. 2-3, Cold Spring Harbor Laboratory Press, ISBN 0-87969-597-8. У їх дослідженні будувалося філогенетичне дерево, яке визначило зміни, потрібні для того щоб певний білок еволюціонував в інший білок. Це привело до створення матриці замін, яка оцінює імовірність зв'язку одного білка з іншим.
Починаючи з 1980-х років, стали з'являтися бази даних з геномними послідовностями, але при цьому виникли нові проблеми при пошуку і порівнянні даних про окремі гени. На відміну від алгоритмів пошуку текстів, які використовуються на вебсайтах, при пошуку генетичної схожості необхідно виявляти послідовності, які не обов'язково ідентичні, але і просто схожі. Це привело до появи алгоритму Нідлмана — Вунша, який є алгоритмом динамічного програмування для того, щоб порівняти набори послідовностей амінокислот один з одним при використанні матриць замін, отриманих у більш ранньому дослідженні М. Дейхофф. Пізніше з'явився алгоритм BLAST, який дозволяє здійснювати швидкий і оптимізований пошук у базах цих послідовностей генів. BLAST і його модифікації — одні з найширше використовуваних алгоритмів для цієї метиT.A. Brown(1999), Genomes, John Wiley & Sons, ISBN 0-471-31618-0.
Поява фрази «обчислювальна геноміка» збігається з появою повних анотованих геномів у другій половині 1990-х років. Перша щорічна конференції з питань обчислювальної геноміки була організована ученими з Інституту геномних досліджень (TIGR) в 1998, забезпечуючи форум для цієї спеціальності і ефективно відрізняючи цю галузь науки від загальніших областей геноміки або обчислювальній біології[backPid]=67&cHash=fd69079f5e The 7th Annual Conference on Computational Genomics (2004)The 9th Annual Conference on Computational Genomics (2006) . Уперше в науковій літературі цей термін, згідно MEDLINE, був використаний одним роком раніше (у журналі Nucleic Acids ResearchA. Wagner(1997), A computational genomics approach to the identification of gene networks, Nucleic Acids Res., Sep 15;25 (18): 3594-604, ISSN 0305-1048).
Див. також Обчислювальна біологія Теоретична інформатика Структурна геноміка
Примітки