12-й розіграш Кубку Інтертото 2006, що проводився під егідою УЄФА, пройшов із 17 червня по 22 липня року. Усього брали участь 49 команд. Жеребкування відбулося 23 квітня 2007 року в штаб-квартирі УЄФА в Ньйоні, Швейцарія. Загалом було проведено 76 матчів, у яких забито 351 гол. Одинадцять переможців третього раунду отримали право брати участь у Кубку УЄФА з другого кваліфікаційного раунду. Переможцем став Ньюкасл Юнайтед як команда, що досягла найбільшого прогресу в турнірній сітці Кубка УЄФА.
Перший раунд Перші матчі відбувалися 17—18 червня, матчі-відповіді — 24—25 червня.
!colspan="5"|Південно-середземноморський регіон
!colspan="5"|Центрально-східний регіон
!colspan="5"|Північний регіон
Другий раунд Перші матчі відбувалися 1—2 липня, матчі-відповіді — 8—9 липня.
!colspan="5"|Південно-середземноморський регіон
!colspan="5"|Центрально-східний регіон
!colspan="5"|Північний регіон
Третій раунд
Одинадцять переможців раунду отримують путівки до другого кваліфікаційного раунду Кубку УЄФА 2006—2007. Перші матчі відбулися 15—16 липня, матчі-відповіді — 22 липня.
!colspan="5"|Південно-середземноморський регіон
!colspan="5"|Центрально-східний регіон
!colspan="5"|Північний регіон
Підсумки Вісім з одинадцяти клубів, які отримали путівки до Кубку УЄФА через Кубок Інтертото виграли свої кваліфікаційні матчі і пройшли до першого раунду. Чотири з цих клубів пройшли до групового етапу Кубка УЄФА. Клуб Ньюкасл Юнайтед пройшов до 1/16 фіналу, ставши переможцем Кубка Інтертото.
Ньюкасл Юнайтед (переможець) (1/16 фіналу, програш клубу «АЗ») Осер (груповий етап, 4-те місце в групі A) Грассгоппер (груповий етап, 5-те місце в групі C) Оденсе (груповий етап, 4-те місце в групі D) Олімпік (Марсель) (перший раунд, програш клубу «Млада Болеслав») Герта (Берлін) (перший раунд, програш клубу «Оденсе») Кайсеріспор (перший раунд, програш клубу «АЗ») Етнікос (Ахна) (перший раунд, програш клубу «Ланс») Твенте (другий кваліфікаційний раунд, програш клубу ФКІ Левадія) Рід (другий кваліфікаційний раунд, програш клубу «Сьйон») Марибор (другий кваліфікаційний раунд, програш клубу «Партизан»)
Примітки
Посилання Офіційний сайт УЄФА Регіони УЄФА Регламент Кубка Інтертото