Коронаві́русна хвороба 2019Coronavirus disease 2019 (COVID-19). Situation Report — 23 Наказ МОЗ України від 25.02.2020 № 552 «Про затвердження та впровадження стандартів медичної допомоги при коронавірусній хворобі 2019 (COVID-19)». 25 лютого 2020 (, абревіатура COVID-19 затверджена як офіційна скорочена назваWHO. Home. Emergencies. Diseases. Coronavirus disease 2019. Technical guidance. Naming the coronavirus disease (COVID-19) and the virus that causes it ) — інфекційна хвороба, яка вперше виявлена у людини в грудні 2019 року в місті Ухань, Центральний Китай. Хвороба почалася як спалах, що розвинувся у пандемію. Причиною хвороби став коронавірус SARS-CoV-2Стара назва була 2019-nCoV , циркуляція якого в людській популяції до грудня 2019 року була невідомою.
Пандемію цієї хвороби Всесвітня організація охорони здоров'я (ВООЗ) визнала надзвичайною ситуацією в галузі міжнародної охорони здоров'я та внесла заходи з боротьби проти неї до тимчасових рекомендацій згідно з Міжнародними медико-санітарними правилами 2005 рокуStatement on the second meeting of the International Health Regulations (2005) Emergency Committee regarding the outbreak of novel coronavirus (2019-nCoV) 30 January 2020 Statement Geneva, Switzerland . Щоб уникнути стигматизації, пов'язаної з географічним регіоном, де виникли перші випадки захворювання, а також із расовою приналежністю чи певною етнічною групою, ВООЗ затвердила офіційну назву «коронавірусна хвороба 2019 (COVID-19)».
5 травня 2023 року ВОЗ оголосила, що зараз коронавірусна хвороба 2019 є встановленою та постійною проблемою суспільної охорони здоров'я, яка більше не є надзвичайною ситуацією в галузі охорони здоров'я міжнародного значення.. За час з грудня 2019 року до серпня 2023 року в усьому світі було зареєстровано понад 760 мільйонів випадків хвороби і 6,9 мільйона смертей, але фактична кількість вважається більшою.WHO. Key facts. Coronavirus disease (COVID-19). 9 August 2023
Етіологія Родина Coronaviridae (CoV, коронавіруси) включає дві підродини, 5 родів, 23 триби та приблизно 40 відомих видів. Багато з цих вірусів спричинюють захворювання у ссавців і птахів, можуть передаватися від тварин до людей. Коронавіруси людини (hCoV) були вперше описані в 1965 році. Відомі коронавіруси людини 229E, NL63, OC43, HKU1, й зоонозні за походженням MERS-CoV і SARS-CoV переважно належать до роду бетакоронавірусів. Наприкінці грудня 2019 року в Ухані (Китай) вперше виявлено новий патогенний бетакоронавірус людини, який отримав назву SARS-CoV-2. Він є третім коронавірусом людини, який імовірно прийшов за останні два десятиліття від тваринного джерела, став загалом сьомим із відомих людських коронавірусів.
Геномні дослідження Порівнювання повнорозмірної послідовності геному SARS-CoV-2 та інших доступних геномів бетакоронавірусів показали, що у нього найтісніший зв'язок із кажанним штамом ВАРС BatCov RaTG13, гомологічність досягає 96 %, за іншими даними — 98 %. Із SARS-CoV (збудником тяжкого гострого респіраторного синдрому / SARS / ТГРС) гомологічність сягає 79 %, з вірусом MERS-CoV, причиною близькосхідного респіраторного синдрому — 50 %Goodarz Kolifarhood, Mohammad Aghaali, Hossein Mozafar Saadati, Niloufar Taherpour, Sajjad Rahimi, Neda Izadi, Seyed Saeed Hashemi Nazari Epidemiological and Clinical Aspects of COVID-19; a Narrative Review. Arch Acad Emerg Med. 2020; 8(1): e41. .
Існують заяви стосовно штучного походження цього збудника, але деякі науковці та дослідницькі організації це спростовують, стверджуючи, що він має безперечно тваринне походженняCharles Calisher, Dennis Carroll, Rita Colwell, Ronald B Corley, Peter Daszak, Christian Drosten et al. Statement in support of the scientists, public health professionals, and medical professionals of China combatting COVID-19. The Lancet. VOLUME 395, ISSUE 10226, PE42-E43, MARCH 07, 2020. DOI:https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30418-9. . ВООЗ заявила, що усі наявні докази свідчать про те, що SARS-CoV-2 має тваринне джерело. Багато дослідників змогли вивчити геномні особливості цього вірусу і виявити, що немає підтвердження того, що SARS-CoV-2 є лабораторною конструкцією. Побудований вірус демонстрував би поєднання відомих елементів у геномних послідовностях — а це не такWHO. Coronavirus disease 2019 (COVID-19). Situation Report — 94. HIGHLIGHTS. . Науковці Центрів з контролю та профілактики захворювань у США (CDC) проаналізували геном SARS-COV-2, отриманого від першого пацієнта в США, який захворів 24 січня 2020 року, зробивши висновок, що послідовність майже ідентична послідовностям, про які повідомляли китайські науковціCDC. Coronavirus Disease 2019 (COVID-19): COVID-19 Situation Summary. CDC. February 29, 2020; Accessed: March 2, 2020. .
Досліджено ступінь молекулярної дивергенції між SARS-CoV-2 та іншими коронавірусами. Хоча виявлено лише 4 % варіабельності геномних нуклеотидів між SARS-CoV-2 та SARS-CoV відносно кажанного RaTG13, різниця у нейтральних ділянках становила 17 %, що дозволяє припустити, що розбіжність між двома вірусами значно більша, ніж раніше оцінювалось. Усі коронавіруси мають специфічний спосіб проникнення в клітини хазяїна — за допомогою особливого білка на зовнішніх шипах. Відбулося утворення нових варіацій функціональних ділянок у рецептор-зв'язуючому домені (RBD) шипа, що спостерігається у SARS-CoV-2 та вірусу панголіну SARSr-CoV, геном якого на 90 % збігається з геномом SARS-CoV-2. Було зроблено висновок, що це, ймовірно, спричинено мутаціями та природним добором, проте не рекомбінацією. Вияснено, що структура шипів у вірусів панголіну і SARS-CoV-2 збігається на 99 %, а ось ступінь подібності зовнішніх шипів у кажанного і SARS-CoV-2 становить всього 77 %. Зроблено висновок, що після переходу SARS-CoV-2 від кажанів до людини приблизно вдесятеро збільшилася частка мутацій нуклеотидів РНК G в U.Alexander Y. Panchin, Yuri V. Panchin. Excessive G–U transversions in novel allele variants in SARS-CoV-2 genomes . PeerJ 8:e9648, doi, July 28, 2020Необычные мутации коронавируса // LiveJournal, 28 июля 2020, 14:47 Припускається, що кажанний і панголіновий віруси могли в організму якоїсь тварини на одній із тваринних ферм Китаю утворити SARS-CoV-2, який із цією або цими тваринами потрапив до ринку в Ухані. Також повідомляється про новий коронавірус, який виявлений у кажанів, позначається як RmYN02. Він ідентифікований за допомогою метагеномічного аналізу зразків від 227 кажанів, зібраних у провінції Юньнань у Китаї в період із травня по жовтень 2019 року. Зокрема, RmYN02 має 93,3 % ідентичності нуклеотидів із SARS-CoV-2 за шкалою повного геному вірусу та 97,2 % ідентичності за геном 1ab, за яким він є найближчим родичем SARS-CoV-2 серед повідомлених на середину 2020 року. При цьому RmYN02 виявив низьку ідентичність послідовності (61,3 %) до SARS-CoV-2 в домені, що зв'язує рецептор (RBD), і не може зв'язуватися з ангіотензинперетворювальним ферментом 2 (ACE2). Аналогічно SARS-CoV-2, RmYN02 характеризувався введенням декількох амінокислот у місці стику S1 і S2 субодиниць білка шипа. Це дає вагомі докази того, що подібні події вставки можуть відбуватися природним шляхом у бетакоронавірусів тваринHong Zhou, Xing Chen, Tao Hu, Alice C. Hughes, Yuhai Bi, Weifeng Shi A novel bat coronavirus closely related to SARS-CoV-2 contains natural insertions at the S1/S2 cleavage site of the spike protein. Current Biology. Published: May 10, 2020 DOI:https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.05.023 . У вересні 2021 року у підковоносного кажана з печери у провінції В'єнтьян на заході Лаоса знайдено коронавірус, який є генетично ближчим до Sars-CoV-2, ніж вірус RaTG13, знайдений у Китаї в 2013 році, що вважався попередником SARS-CoV-2. Вірус названо Banal-52, і він має 96,8 % ідентичності нуклеотидів із SARS-CoV-2 за шкалою повного геному вірусу, тоді як RaTG13 — 96,1 %Smriti Mallapaty Closest known relatives of virus behind COVID-19 found in Laos. Nature. NEWS. 24 September 2021. Correction 27 September 2021 .
Першовідкривач ВІЛ Нобелівський лауреат, вірусолог Люк Монтаньє стверджував, що пандемія коронавірусу 2019 року була створена людиною в лабораторії і це може бути результатом спроби створити вакцину проти ВІЛ-інфекції. За його словами, «наявність елементів ВІЛ і малярійного плазмодія в геномі коронавірусу є дуже підозрілими, і такі характеристики вірусу не могли виникнути природним шляхом».
Філогенетичні оцінки стверджують, що циркуляція SARS-CoV-2 серед людей і, відповідно, пандемія COVID-2 почалася приблизно в період 6 жовтня — 11 грудня 2019 року. 198 ділянок геному SARS-CoV-2 станом на липень 2020 року зазнали мутацій. Виявлені мутації можуть вказувати на постійну адаптацію SARS-CoV-2 до його людського хазяїнаLucy van Dorp, Mislav Acmana, Damien Richard, Liam P. Shaw, Charlotte E.Forda and alt. Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2. Infection, Genetics and Evolution. Volume 83, September 2020, 104351 .
Головні мутаційні лінії SARS-CoV-2 SARS-CoV-2, як й інші віруси, в ході еволюції набуває мутації. Ті з них, які допомагають вірусам краще розмножуватися і поширюватися, зберігаються в геномі, інші ж еволюція відкидає. Таким чином з'являються нові варіанти SARS-CoV-2. Дослідження раніше показували, що у SARS-CoV-2 мутації з'являються приблизно раз у два тижні. У більшості випадків вірус передається або знищується до того, як встигає почати мутувати. Це означає, що ймовірність того, що SARS-CoV-2 буде мутувати в організмі пацієнта, не дуже велика. Проте проведені у 2021 році дослідження показали, що у фокус уваги авторів ранніх досліджень потрапляли тільки успішні мутації, а ті, що не дозволяли вірусу довго виживати в організмі пацієнта, просто не враховувалися. Якщо взяти до уваги такі мутації, то швидкість зміни геному SARS-CoV-2 може бути вище, ніж вважали раніше — на 49-67 %Atahualpa Castillo Morales, Alan M Rice, Alexander T Ho, Christine Mordstein, Stefanie Mühlhausen, Samir Watson, Laura Cano, Bethan Young, Grzegorz Kudla, Laurence D Hurst Causes and consequences of purifying selection on SARS-CoV-2. Genome Biology and Evolution, evab196, 24 August 2021 .
6 листопада 2020 року ВООЗ повідомила, що з червня 2020 року в Данії, регіон Північна Ютландія, виявлено 214 випадків захворювання людей коронавірусною хворобою 2019, що спричинили штами вірусу, з яких 12 є унікальними, пов'язаними з норками. Вісім із цих людських випадків чітко пов'язані з вирощуванням норок. Клінічні прояви, тяжкість і передача інфекції серед інфікованих аналогічні іншим штамам SARS-CoV-2, що циркулюють. Проте цей штам, названий варіантом «кластера 5», має комбінацію мутацій, що раніше не спостерігалися, і їхнє значення уточняєтьсяWHO. Emergencies preparedness, response. SARS-CoV-2 mink-associated variant strain — Denmark. Disease Outbreak News. 6 November 2020 .