mały|350x350px| Porównanie planowanych i rzeczywistych zmian terytorialnych w ramach paktu Ribbentrop-Mołotow. Strefy wpływów i nabytki terytorialne Związku Radzieckiego oznaczono kolorem pomarańczowym. Związek Radziecki wystosował ultimatum wobec Litwy przed północą 14 czerwca 1940 roku. Sowieci, posługując się formalnym pretekstem, zażądali, aby nieokreślonej liczbie żołnierzy radzieckich zezwolono na wjazd na terytorium Litwy i aby został utworzony nowy, prosowiecki rząd (później znany jako Rząd Ludowy). Ultimatum i późniejsze włączenie Litwy do Związku Radzieckiego wynikały z podziału Europy Wschodniej na niemiecką i sowiecką strefę wpływów, ustalonego w pakcie Ribbentrop-Mołotow z sierpnia 1939 r. Litwa wraz z Łotwą i Estonią znalazła się w strefie wpływów Związku Radzieckiego. Zgodnie z traktatem o wzajemnej pomocy między Litwą a ZSRR z października 1939 r. Litwa zgodziła się na stacjonowanie około 20 000 żołnierzy radzieckich w bazach na Litwie w zamian za otrzymanie części Wileńszczyzny (dawniej terytorium Polski). Dalsze działania Związku Radzieckiego mające na celu ustanowienie dominacji w strefie wpływów zostały opóźnione przez wojnę zimową z Finlandią i wznowione wiosną 1940 r., gdy Niemcy dokonywały szybkich postępów w Europie Zachodniej. Mimo zagrożenia niepodległości kraju, władze litewskie nie przygotowały się na taką ewentualność i nie były przygotowane na ultimatum.
W związku z traktatowo ustaloną obecnością wojsk radzieckich na terenie kraju Litwa nie miała możliwości skutecznego oporu militarnego. 15 czerwca Litwa bezwarunkowo przyjęła ultimatum i utraciła niepodległość. Sowieci chcieli pokazać światu, że nie była to okupacja wojskowa i aneksja, lecz rewolucja socjalistyczna zainicjowana przez miejscową ludność, domagającą się przyłączenia do Związku Radzieckiego. Aby uwiarygodnić tę narrację, Sowieci podjęli półlegalne kroki: przejęli kontrolę nad instytucjami rządowymi, utworzyli rząd marionetkowy i przeprowadzili pokazowe wybory do Sejmu Ludowego. Podczas swojego pierwszego posiedzenia Sejm proklamował powstanie Litewskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej i złożył petycję o przyjęcie jej w skład Związku Radzieckiego. Petycja została oficjalnie przyjęta przez Radę Najwyższą Związku Radzieckiego 3 sierpnia 1940 r. W tym samym czasie na Łotwie i w Estonii miały miejsce niemal identyczne procesy. Litwa odzyskała niepodległość dopiero po ogłoszeniu Aktu o ponownym ustanowieniu Państwa Litewskiego w dniu 11 marca 1990 r.
Tło wydarzeń Państwa bałtyckie, czyli Litwa, Łotwa i Estonia były częścią Imperium Rosyjskiego w XIX wieku, uzyskując niepodległość po I wojnie światowej. Rozwój nazistowskich Niemiec w latach 30. XX wieku wywołał u Sowietów obawy przed niemiecką inwazją, dodatkowo pogłębione przez niemiecką ekspansję na wschód, czego przykładem jest ultimatum postawione Litwie w marcu 1939 r., w wyniku którego kraj został zmuszony do oddania Rzeszy swojego najbardziej rozwiniętego przemysłowo regionu – Kłajpedy.
Związek Radziecki podpisał pakt Ribbentrop-Mołotow z Niemcami w sierpniu 1939 r., częściowo w celu opóźnienia możliwości inwazji. Niemcy wkrótce zainicjowały II wojnę światową, dokonując ataku na Polskę 1 września. Początkowo Litwa znajdowała się w strefie wpływów nazistowskich Niemiec zgodnie z tajnym protokołem paktu Ribbentrop-Mołotow, ale późniejszy traktat o granicach i przyjaźni między Niemcami a ZSRR z 28 września podzielił duże obszary północno-wschodniej Europy między oba mocarstwa, a Litwę przydzielił do radzieckiej strefy wpływów. Delegację litewską zaproszono do Moskwy, gdzie 10 października 1939 r. podpisała radziecko-litewską umowę o wzajemnej pomocy. Zgodnie z traktatem Związek Radziecki miał odstąpić Litwie część Wileńszczyzny, w tym samo Wilno, zdobyte podczas inwazji na Polskę, w zamian za prawo do stacjonowania na Litwie na stałe do 20 000 (pierwotny próg negocjacyjny wynosił 50 000) żołnierzy radzieckich. Oficjalne źródła radzieckie twierdziły, że obecność wojska radzieckiego była konieczna, aby wzmocnić obronę słabego państwa przed możliwymi atakami ze strony nazistowskich Niemiec. W rzeczywistości był to pierwszy krok w kierunku ostatecznej okupacji Litwy i został opisany przez The New York Times jako „faktyczne poświęcenie niepodległości”. mały|350x350px| Zgodnie z Traktatem o wzajemnej pomocy między Litwą a ZSRR Litwa zgodziła się na radzieckie bazy wojskowe (oznaczone czarnymi gwiazdkami) w zamian za część Wileńszczyzny (na pomarańczowo) Pomimo paktów, obawy Związku Radzieckiego nie zniknęły. Rosyjscy teoretycy wojskowi od dawna utrzymywali, że kontrola nad Morzem Bałtyckim ma kluczowe znaczenie dla obrony Petersburga, a państwa bałtyckie stanowią strefę buforową między Związkiem Radzieckim a Niemcami. Realizując tę strategię, Związek Radziecki rozpoczął wojnę zimową w Finlandii po tym, jak kraj ten odrzucił podobny układ o wzajemnej pomocy zaproponowany przez Moskwę. Stalina zaniepokoiły sukcesy Niemiec w Europie, ponieważ wiosną 1940 r. zajęli oni Danię, Norwegię, Holandię, Belgię i Luksemburg.
Sytuacja polityczna na Litwie pozostawała jednak stabilna od października 1939 do marca 1940 roku. Sowieci nie ingerowali w wewnętrzne sprawy Litwy, a żołnierze radzieccy dobrze zachowywali się w swoich bazach. Dopiero 29 marca 1940 r. minister spraw zagranicznych Wiaczesław Mołotow wygłosił w Radzie Najwyższej Związku Radzieckiego przemówienie, w którym wyraził zadowolenie z wykonania umów o pomocy wzajemnej z Litwą, Łotwą i Estonią. Choć litewscy politycy publicznie chwalili Związek Radziecki za jego hojność i zachwalali „tradycyjną przyjaźń radziecko-litewską”, w prywatnych rozmowach rozumieli, że traktat ten stanowił poważne zagrożenie dla niepodległości Litwy. Postawa ludności Litwy znalazła odzwierciedlenie w haśle „Wilno – mūsų, Lietuva – rusų” (Wilno jest nasze, ale Litwa jest Rosji).
Rząd litewski rozważał swoje opcje i możliwość okupacji już od listopada 1939 r. W tym czasie posłowie litewscy Stasys Lozoraitis, Petras Klimas i Bronius Kazys Balutis przygotowali memorandum zawierające plany awaryjne. Doradzali wzmocnienie armii, zdeponowanie funduszy za granicą, wzmocnienie sojuszu Ententy Bałtyckiej z Łotwą i Estonią z 1934 r. oraz zbadanie możliwości utworzenia rządu na uchodźstwie. Mimo że proponowano różne rozwiązania, nie osiągnięto niczego konkretnego. Zimą 1940 roku państwa Ententy Bałtyckiej omawiały kwestię większej współpracy. Mając na uwadze okoliczności, trzy rządy ostrożnie formułowały swoje komunikaty, ale rozmowy te były odebrane przez Związek Radziecki jako dowód na to, że Litwa spiskowała z Łotwą i Estonią, łamiąc w ten sposób traktat o wzajemnej pomocy.
Rosnące napięcie Pierwsze oskarżenia Napięcia między Związkiem Radzieckim a Litwą wzrosły wraz z sukcesami Niemiec. W połowie marca 1940 roku wojna zimowa z Finlandią dobiegła końca, a Sowieci mogli skupić swoją uwagę na przejęciu kontroli nad państwami bałtyckimi. W kwietniu, po zajęciu Danii przez Niemcy, litewski poseł w Moskwie poinformował o narastającej wrogości ze strony dyplomatów radzieckich. W maju, gdy bitwa o Francję była w pełnym toku, Sowieci nasilili swoją retorykę i naciski dyplomatyczne. 16 maja, wkrótce po niemieckiej inwazji na Belgię, Holandię i Luksemburg, radziecka gazeta Izwiestija opublikowała artykuł ostrzegający, że naiwnością ze strony tak małego kraju jest próba zachowania neutralności, podczas gdy giganci walczą o przetrwanie. Między 18 a 25 maja żołnierze radzieccy przetransportowali część sprzętu wojskowego z Wilna do , miejscowości położonej znacznie bliżej siedziby rządu w Kownie. Bliskość ówczesnej stolicy miała znaczenie symboliczne.
25 maja, dzień przed ewakuacją Dunkierki, radziecki minister spraw zagranicznych Wiaczesław Mołotow przedstawił notę dyplomatyczną, w której oskarżył rząd litewski o porwanie trzech żołnierzy radzieckich stacjonujących na Litwie, zgodnie z postanowieniami układu o pomocy wzajemnej. W notatce utrzymywano, że dwóch żołnierzy poddano torturom w celu wyłudzenia radzieckich tajemnic wojskowych, ale udało im się uciec, a trzeci, Butajew, został zamordowany. Na początku maja Butajew opuścił swoją jednostkę i był poszukiwany przez litewską policję, na prośbę radzieckiego dowódcy garnizonu. Po znalezieniu przez policjantów, widząc że nie ma szans na ucieczkę, popełnił samobójstwo. Władze litewskie odpowiedziały, że oskarżenia są bezpodstawne, ale obiecały przeprowadzenie pełnego śledztwa w sprawie incydentu i powołały specjalną komisję. Jednak jej prośby o udostępnienie szczegółowych informacji, w tym rozmów, zdjęć, opisów fizycznych lub innych danych, które mogłyby pomóc w prowadzeniu śledztwa, pozostały bez odpowiedzi. Oficjalne stanowisko Związku Radzieckiego było takie, że Litwa powinna przeprowadzić śledztwo samodzielnie, a jej prośby były próbą przerzucenia odpowiedzialności na Sowietów.
Negocjacje bezpośrednie 30 maja oskarżenia powtórzono w oficjalnym komunikacie opublikowanym przez TASS, oficjalną radziecką agencję prasową. Tego samego dnia Stasys Lozoraitis — poseł litewski w Rzymie — otrzymał upoważnienie do utworzenia rządu na uchodźstwie w przypadku okupacji sowieckiej. Litewska policja zaostrzyła środki bezpieczeństwa wokół baz radzieckich i aresztowała 272 podejrzane osoby, co jednak wywołało jedynie dodatkową krytykę. Minister spraw zagranicznych Juozas Urbšys zaproponował rozwiązanie tej kwestii w drodze bezpośrednich negocjacji w Moskwie. Mołotow zgodził się na rozmowy, ale tylko z premierem Antanasem Merkysem. 7 czerwca Merkys przybył do Moskwy. Sowieci powtórzyli oskarżenia o porwanie. Sformułowano także inne zarzuty, w tym oskarżenie, że minister spraw wewnętrznych Kazys Skučas i dyrektor Departamentu Bezpieczeństwa Państwowego Augustinas Povilaitis prowokowali żołnierzy radzieckich. Podczas drugiego spotkania, które odbyło się 9 czerwca Mołotow oskarżył także rząd litewski o spisek z Łotwą i Estonią w celu utworzenia tajnego związku wojskowego (w nawiązaniu do Ententy Bałtyckiej ), co stanowi naruszenie paktu o wzajemnej pomocy.
10 czerwca rząd litewski omówił nowe wydarzenia. Ustalono, że Merkys powinien wrócić do Kowna, a Urbšys dostarczyć notę proponującą wycofanie się z Ententy Bałtyckiej, przeprowadzenie pełnego dochodzenia w sprawie incydentu oraz dymisję Skučasa i Povilaitisa. W liście osobistym prezydenta Antanasa Smetony do przewodniczącego Prezydium Rady Najwyższej Michaiła Kalinina powtórzył zapewnienia, że Litwa zawsze honorowała układ o pomocy wzajemnej. Trzecie i ostatnie spotkanie Merkysa, Urbšysa i Mołotowa 11 czerwca nie przyniosło żadnego rozwiązania. Sowieci nadal stawiali zarzuty, na które Litwini nie potrafili udzielić sensownej odpowiedzi i nie wnosili już żadnych żądań, które mogłyby zostać podjęte w ramach postępowania. 12 czerwca Merkys powrócił na Litwę i poinformował rząd o sytuacji. Postanowiono, że Skučas powinien zrezygnować, a Povilaitis zostanie natychmiast odwołany. Armii litewskiej wydano rozkaz zachowania czujności, lecz nie wydano żadnych rozkazów dotyczących mobilizacji lub gotowości. Litewscy politycy nie do końca rozumieli powagę sytuacji i nie spodziewali się, że skutki będą katastrofalne. Urbšys doniósł, że Sowieci stanowczo nie pochwalają Merkysa i jego gabinetu; zasugerował utworzenie nowego rządu, być może pod przewodnictwem Stasysa Raštikisa, byłego głównodowodzącego armii litewskiej.
Kryzys wewnętrzny