W latach 1994–2004 NBC wyprodukowało dziesięć części Przyjaciół, gaże płacone aktorom w ostatniej części sitcomu wynosiły milion dolarów za odcinek i weszły do Księgi Rekordów Guinnessa jako najwyższe gaże płacone aktorom telewizyjnym. Aniston za rolę Rachel Green otrzymała nagrodę Emmy dla wybitnej aktorki pierwszoplanowej w serialu komediowym w 2002 oraz Złoty Glob dla najlepszej aktorki w serialu komediowym lub musicalu w 2003.
Jej powrotem na kinowy ekran była rola sfrustrowanej seksualnie żony Renee Fitzpatrick w komedii romantycznej Edwarda Burnsa Ta jedyna (She’s the One, 1996). Wypadła na tyle dobrze, że jej kinową specjalnością stały się komedie obyczajowe. Znalazła się w obsadzie jako Debbie w komedii romantycznej Dopóki tam byłaś ('Til There Was You, 1997), historii niecodziennego trójkąta uczuciowego z Jeanne Tripplehorn, Dylanem McDermottem i Sarah Jessicą Parker w rolach głównych. Glenn Gordon Caron, wielbiciel Jennifer Aniston, specjalnie dla niej wymyślił rolę Kate Mosley w komedii romantycznej Mąż idealny (Picture Perfect, 1997), gdzie musi wybierać między demonicznym Kevinem Baconem a spokojnym Jayem Mohrem.