Potem jednak Teikari doszedł do wniosku, że gra będzie ciekawsza, jeśli żaden obiekt nie będzie miał domyślnie przypisanych właściwości.
Stworzony przez Teikariego prototyp Baba is You zdobył w konkursie pierwsze miejsce. Mimo to Teikari nie planował rozwijać gry, gdyż nie był pewien, czy potrafiłby satysfakcjonująco podołać temu zadaniu. Dopiero liczne pozytywne opinie, jakie usłyszał po konkursie, sprawiły, że zmienił zdanie i zaczął pracować nad pełną, komercyjną wersją gry. Był wówczas zatrudniony w firmie Nolla Games przy tworzeniu gry Noita, a nad Baba Is You pracował w wolnym czasie.
Gra powstała w programie Multimedia Fusion 2 z wtyczką pozwalającą używać języka skryptowego Lua. Muzykę Teikari stworzył w programie trackerowym OpenMPT. Projekt gry inspirowany był rozmaitymi grami logicznymi, np. Snakebird, Stephen's Sausage Roll lub A Good Snowman Is Hard to Build. Inspiracją dla stylu graficznego była gra Crayon Physics Deluxe. Nazwy dwóch postaci z gry, Baba i Keke, są odniesieniem do znanego z psychologii efektu bouba-kiki.