6 batalion saperów nie otrzymał broni oraz żadnego sprzętu saperskiego i specjalistycznego. Posiadał tylko bardzo ograniczoną ilość sprzętu budowlanego (łopaty, siekiery, młotki i piły ręczne) odpowiednie raczej dla formacji roboczych. Przy batalionie organizowana była kompania saperów kolejowych. W okresie od października 1941 roku do stycznia 1942 roku saperzy batalionu wykonywali prace mające na celu polepszenie własnych warunków zakwaterowania wykopanie ziemianek i dowóz drewna opałowego jak też pomoc dla innych oddziałów dywizji w tym szpitala oraz na rzecz zgromadzonej w rejonie zakwaterowania polskiej ludności cywilnej. W dniach 1-15 lutego 1942 roku większość 6 batalionu saperów została dyslokowana transportem kolejowym z obozu w Kotłubance do nowego garnizonu Szachriziabs w Uzbeckiej SRR, przewożąc 60 ton drewna, papę, blachę i gwoździe. Materiały te wykorzystano na budowę pomieszczeń i opał w kuchniach 6 LDP. W następnych miesiącach usiłowano w batalionie polepszyć warunki bytowe żołnierzy, zwalczać choroby zakaźne, prowadzić szkolenie podstawowe z napływającymi uzupełnieniami stanów osobowych oraz w miarę możliwości prowadzono kursy dla saperów z kompanii saperów pułków piechoty.