W 2006 otrzymał tytuł profesorski.
Od 2002 jest w związku małżeńskim z Özlem Türeci, która również jest lekarką i wraz z nim prowadzi projekty naukowe. Ma jedną córkę.
W 2023 otrzymał Pour le Mérite za Naukę i Sztukę.
Şahin posiada 17,25% udziałów w założonej przez siebie firmie BioNTech, których wartość jest wyceniana na 13,3 miliarda dolarów, co czyni go jedną z 500 najbogatszych osób na świecie (stan na listopad 2021).
Działalność naukowa Şahin w swojej pracy naukowej zajmuje się wykorzystaniem ludzkiego systemu immunologicznego do zwalczania nowotworów oraz infekcji. Jest uznawany za jednego z pionierów wykorzystywania mRNA do szczepień oraz zindywidualizowanej immunoterapii chorób nowotworowych.
W 2001 wraz z żoną założył firmę Ganymed Pharmaceuticals, która zajmuje się rozwojem przeciwciał monoklonalnych przeciwko nowotworom. Firma rozwinęła przeciwciało monoklonalne Zolbetuximab, które ma zostać wykorzystane do terapii raka trzustki oraz żołądka i aktualnie znajduje się w trzeciej fazie badań klinicznych.