Pod koniec zarejestrowano w zbiorach placówki ok. 500 gatunków gruntowych oraz ok. 1500 gatunków szklarniowych. W kolejnych latach nastąpił intensywny rozwój kolekcji roślin za sprawą licznych ekspedycji botanicznych oraz wymiany nasion między ogrodami botanicznymi. W liczebność kolekcji wrocławskiego Ogrodu wynosiła ok. różnych gatunków i odmian, z czego stanowiło rośliny szklarniowe.
Podczas oblężenia Festung Breslau przez Armię Czerwoną w całkowitemu zniszczeniu uległa kolekcja roślin szklarniowych i w 50% – drzewostan Ogrodu. W Ogrodzie Niemcy ustawili stanowiska artylerii przeciwlotniczej, przyjmowali na jego terenie lotnicze zrzuty zaopatrzenia i zbudowali liczne schrony z amunicją. Jeszcze w latach 50. XX wieku podczas gruntownego czyszczenia ogrodowego stawu, reliktu po zasypanym korycie odnogi Odry, znaleziono na dnie pokaźny arsenał z czasów wojny.