Przez pierwsze trzy lata po wojnie porządkowaniem zrujnowanego Ogrodu kierował botanik, prof. Stanisław Kulczyński, pierwszy rektor połączonych jeszcze wówczas Uniwersytetu i Politechniki we Wrocławiu. W 1948 podjęto ostateczną decyzję o ponownym uruchomieniu Ogrodu, powierzając to zadanie profesorom Henrykowi Teleżyńskiemu i Stefanowi Macce. W 1950 Ogród udostępniono publiczności, początkowo tylko w niedziele i święta. W latach 1958–1972 Ogrodem kierowała doc. (później profesor) Zofia Gumińska. W 1958 saperzy oczyścili staw i zbudowali nad nim łukowy drewniany mostek, pozostający do dziś jednym z symboli tego Ogrodu. Od tego roku Ogród otwarty jest dla publiczności przez wszystkie dni tygodnia. W 1960 przyłączono do Ogrodu kolejny hektar terenu, od strony ul. Świętokrzyskiej, na którym w 1967 wybudowano specjalny basen dla roślin wodnych – grzybieni – według projektu arch. Tadeusza Zipsera. Od 1972 do 1980 Ogrodem kierowała prof. Krystyna Kukułczanka i w tym czasie, w 1974 został on wpisany do rejestru zabytków województwa wrocławskiego (od 1994 wraz z otaczającym go historycznym centrum Wrocławia uznany jest za pomnik historii). Od roku 1984 do 2016 Ogrodem kierował dr hab. Tomasz J. Nowak. Od 2017 dyrektorem Ogrodu jest dr hab.