W nocy z 1 na 2 lipca 1942 r. niemieccy policjanci aresztowali proboszcza ks. Skarbka oraz jednego z wikariuszy. Księża zostali pobici, a plebania splądrowana. Aresztowano także gospodynię proboszcza. Ksiądz Skarbek był więziony w Oświęcimiu, Katowicach, Mysłowicach oraz Bielsku. Po wyjściu na wolność Niemcy nie pozwolili mu na powrót do Oświęcimia i powrócił tam dopiero w roku 1945; wówczas kontynuował pełnienie funkcji proboszcza.
Zmarł 2 lutego 1951 r. w Oświęcimiu i został pochowany na Cmentarzu parafialnym w Oświęcimiu.
Działalność na rzecz relacji międzywyznaniowych Ksiądz Jan Skarbek starał się budować relacje z Żydami oświęcimskimi oparte na wzajemnym szacunku. Utrzymywał dobre relacje z miejscowym rabinem Eliaszem Bombachem. Według wspomnień Henryka Flaumena, ks. Skarbek spotykał się z rabinem oświęcimskim w parku, gdzie wspólnie rozmawiali w języku hebrajskim. Jednym z bliskich współpracowników proboszcza Skarbka był także długoletni burmistrz i przewodniczący Rady Miasta Oświęcimia, Roman Mayzel.
Ordery i odznaczenia Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (10 listopada 1928)M.P. z 1928 r. nr 260, poz. 632 „za zasługi na polu pracy społecznej i filantropijnej”.
Przypisy