Wystrzelone jednak przez „Kongō” oraz pancernik „Yamato” artyleryjskie pociski kalibru 203 mm trafiły amerykański lotniskowiec poniżej linii wodnej, i okręt lotniczy wkrótce zatonął. W międzyczasie, mimo wysiłków „Johnstona” i innych amerykańskich niszczycieli, japońskie krążowniki zdołały zbliżyć się i uszkodzić lotniskowce USS „Fanshaw Bay” (CVE-70) i „Kalinin Bay” (CVE-68). Pozostałe japońskie niszczyciele skupiły więc swój ogień z dział 152 mm na ciężko uszkodzonym „Johnstonie”, którego ranny dowódca wobec całkowitego zniszczenia pomostu bojowego i wewnętrznej komunikacji okrętu, przekazywał rozkazy stojąc osobiście we włazie sterowni jednostki. „Johnston” był już jednak całkowicie ogarnięty dymem i płomieniami, które zaczęły zagrażać magazynom amunicji, zdolne do użytku było już jedynie jedno działo jednostki. Załoga „Johnstona” liczyła jednak na wsparcie lotnictwa ciężkich lotniskowców admirała Williama Halseya powracających z pościgu za japońskimi lotniskowcami, toteż broniąc lotniskowców eskortowych, starała się zyskiwać na czasie. Około godziny 9, pocisk z działa 127 mm trafił jednak w jedyną działającą dotąd przednią maszynownię okrętu, co całkowicie pozbawiło go napędu, ruchu i możliwości manewru.