budowa została wstrzymana z powodu wojny o sukcesję (1704-17). W drugim etapie, trwającym od 1760 do 1767, zbudowano skrzydło północne. Inicjatorami budowy byli Habsburgowie, lecz sanktuarium powstało pod patronatem Burbonów, stąd to herb tej dynastii znajduje się na portyku kościoła. Kościół został inaugurowany w 1738, a konsekrowany w 1888 i 1889. Godność bazyliki mniejszej nadał mu Benedykt XV w 1921. W 1992, podczas prac konserwatorskich poprzedzających jubileusz 500-lecia założenia Towarzystwa Jezusowego, odkryto poważny problem konstrukcyjny kopuły, na której pojawiły się już głębokie pęknięcia.
Budynki sanktuarium Kompleks składa się z następujących części: Real Colegio de Loyola (z bazyliką, domem narodzin świętego, muzeum sakralnym i biblioteką), Centrum Duchowości (miejsce odprawiania ćwiczeń duchowych), Casa Hermano Gárate (domu narodzin bł. Hermano Gárate), Hotelu Arrupe (schroniska młodzieżowego) oraz ogrodów.