podobnie całe wnętrze bazyliki, dekorowane marmurem i złotem. Wnętrze bazyliki wykonane jest na planie okrągłym o średnicy 33 m, ograniczonym ośmioma łukami spoczywającymi na kolumnach korynckich. Na zwornikach połowy łuków znajdują się inicjały dewizy ignacjańskiej AMDG (łac. Ad Maiorem Dei Gloriam – Ku większej chwale Bożej), na zwornikach drugiej połowy znajdują się sylaby VI VA JE SUS, tworzące napis Niech żyje Jezus. Cały obwód świątyni obiega balkon z kutą balustradą. W tle balkonu fryz z rysunkami o tematyce militarnej, przedstawiający dwa etapy żywotu św. Ignacego: nad drzwiami wejściowymi znajduje się alegoria żołnierza Iñigo, nad ołtarzem – alegoria Ignacego, założyciela Towarzystwa Jezusowego.
Ołtarz główny został wykonany w latach 1750–1757 w stylu churrigueresco. Jest to monumentalne dzieło wykonane z różnych rodzajów marmuru, osadzanych techniką intarsji. Centralnymi punktami, skupiającym wzrok patrzącego, jest miejsce wystawiania Najświętszego Sakramentu oraz srebrna figura św. Ignacego Loyoli. W predelli wykorzystano dekoracje wykorzystujące motywy militarne oraz nawiązania do Najświętszych Serc Jezusa i Maryi.