Zakonnicy ulegli sekularyzacji, a państwo przejęło majątek zakonu, przeznaczając go w części na fundusz szkolny i pensje nauczycieliJan Chłosta, Słownik Warmii, Wydawnictwo LITTERA, Olsztyn, hasło: Kolegium braniewskieStanisław Achremczyk, Alojzy Szorc, Braniewo, Olsztyn 1995, s. 164–170. Gimnazjum Akademickie (Gymnasium Academikum) 1781–1811 W 1780 roku wykonano breve kasacyjne zakonu jezuitów. Kasata objęła uczelnię jezuicką Colegium Hosianum, lecz gimnazjum nie zlikwidowano. Dekretem z 1 czerwca 1781 kolegium w Braniewie przekształcono w Gymnasium Academikum podlegające pod Królewski Instytut Szkolny (Institutum Litterarium Regium). Urzędnicy pruscy zagwarantowali byłym już jezuitom dalszą pracę w szkole, ale odtąd w ramach państwowego Królewskiego Instytutu SzkolnegoAndrzej Paweł Bieś Periodyzacja obecności Towarzystwa Jezusowego na ziemiach polskich. Struktury organizacyjne oraz edukacyjno-oświatowe i pastoralne formy aktywności, Studia Paedagogica Ignatiana 2014. Przy gimnazjum zachowano nadal fakultet filozoficzno-teologiczny umożliwiający kształcenie kleryków seminarium duchownego na potrzeby diecezji. Obie instytucje, gimnazjum i seminarium, kierowane były przez osobnych rektorów.