Był to trudny okres w historii szkoły. Brak następców jezuitów w kadrze profesorskiej i dobrego zarządzania, trudności finansowe, zawirowania czasu wojen napoleońskich, w czasie których młodzież wstępowała do wojska, a w budynkach czasowo stacjonowali żołnierze, negatywnie odbijały się na jakości kształcenia, tak że najzdolniejsi uczniowie szukali nauki w innych placówkachStanisław Załęski Jezuici w Polsce tom IV, Dzieje 153 kolegiów i domów Jezuitów w Polsce, Kraków 1905, s. 37–38.

W ciągu 30 lat funkcjonowania Gimnazjum Akademickiego zarządzało nim czterech dyrektorów: dwóch pierwszych było jeszcze jezuitami (Mateusz Schulz 1781–1794, Michał Rothki 1794–1796), trzeci był księdzem świeckim (Marcin Kampfsbach 1798–1809), czwartym był zakonnik z Warszawy (Anton Orgass 1809–1811)Stanisław Achremczyk, Alojzy Szorc, Braniewo, Olsztyn 1995, s. 206.