Uczęszczał do szkoły katolickiej. Z powodu dorastania w dysfunkcyjnej rodzinie w okresie nastoletnim częściowo żył na ulicy i tylko od czasu do czasu wracał do mieszkania matki. Był słabym uczniem. W wieku 16 lat zaczął się prostytuować na Times Square, a w wieku 17 lat zerwał więzi z matką i zaczął żyć wyłącznie na ulicy i w squatach. W tym okresie wielokrotnie padł ofiarą gwałtu ze strony klientów, cierpiał z powodu niedożywienia. W 1973 r. został przyjęty do ośrodka opiekuńczego i podjął pracę. W ośrodku poznał pisarza Johna Ensslina, który wprowadził go w podziemne środowisko literackie. Początkowo Wojnarowicz skupiał się na pisaniu, a okazjonalnie na rysunku, jednocześnie pracując w różnych księgarniach.

W 1975 r. Wojnarowicz zaczął podróż autostopem przez Stany Zjednoczone, po czym ostatecznie pod koniec lat 1970. osiadł w Nowym Jorku i związał się z tamtejszym środowiskiem artystycznym. W 1978 r. Wojnarowicz odwiedził w Paryżu swoją siostrę, tam też zakochał się pierwszy raz we fryzjerze Jeanie-Pierze Delage′u. Po powrocie do Nowego Jorku w 1979 r. podjął pracę jako pomocnik kelnera w klubach nocnych na Manhattanie. Tam też poznał i zaprzyjaźnił się z artystką , która pracowała jako szatniarka. Poznał również Keitha Haringa.