Zesłanie i służba wojskowa W 1898 r. Matulaitis został zesłany w głąb Rosji w związku ze sprawą litewskiego towarzystwa Sietynas i procesem kolporterów litewskich książek. Przez trzy lata pracował jako lekarz w Sasykoli i Ust-Sysolsku. Po krótkich kursach medycznych w Petersburgu, Matulaitis powrócił do Pilwiszek w 1902 roku. Mimo ciągłego nadzoru policji podjął na nowo działalność publiczną: organizował lokalne sekcje Socjaldemokratycznej Partii Litwy, pisał artykuły do prasy socjaldemokratycznej (m.in. do „Darbininkų balsas”), oraz narodowej – nadal pisał dla pism „Varpas” i „Ūkininkas”. Jednakże działalność ta została przerwana w lutym 1904 roku przez wybuch wojny rosyjsko-japońskiej. Matulaitis został powołany do służby jako lekarz wojskowy i wysłany do Mandżurii.