Działacz polityczny i społeczny w Wilnie Po wojnie rosyjsko-japońskiej Matulaitis powrócił na Litwę jesienią 1905 roku. Krótko pracował jako lekarz w Kalwarii. W kwietniu 1906 roku , jeden z liderów Partii Socjaldemokratycznej, przekonał go do przeprowadzki do Wilna, porzucenia dobrze płatnej pracy lekarza i podjęcia znacznie mniej dochodowej pracy na rzecz partii. W Wilnie Matulaitis redagował pierwszą legalnie wychodzącą gazetę partyjną. Nadal borykała się ona z carską cenzurą (spośród 32 numerów 11 zostało skonfiskowanych) i ostatecznie została zamknięta. Na krótko zastąpiło ją pismo „Skardas”. Gdy i ono w czerwcu 1907 r. zostało zlikwidowane, Matulaitis podjął pracę w redakcji „Vilniaus žinios” i pozostawał tam do 1909 r.
W tym czasie w ramach Socjaldemokratycznej Partii Litwy ukształtowały się dwie główne frakcje: federaliści i autonomiści. Autonomiści chcieli współpracować z Rosyjską Socjaldemokratyczną Partią Robotniczą przeciwko wspólnym wrogom, jakimi były monarchia i kapitalizm. Federaliści, a wśród nich Matulaitis, chcieli działać niezależnie zarówno od działaczy rosyjskich, jak i rewolucjonistów polskichL. Sabaliunas, Lithuanian Social Democracy in Perspective, 1893-1914. Duke University Press, s. 121.. Rozczarowany niepowodzeniem rewolucji 1905 r.