Ostatnie lata i śmierć Od 1575 r. Mendieta pełnił rolę kustosza w Xochimilco, zaś od 1580 r. służył ponownie w Tlaxcali. Jedną z kości niezgody w łonie franciszkanów w Meksyku w drugiej połowie XVI wieku, zwłaszcza w prowincji zakonnej San Evangelio, był problem vocaciones de la tierra, polegający na rosnącej liczbie kreolskich zakonników. Mendieta nie był temu przychylny i preferował, aby misjonarzami zostawali raczej mnisi urodzeni w Hiszpanii. Mimo to momencie wybuchnięcia konfliktu w zakonie (m.in. z powodu powołań kreolów) pozostał on neutralny i starał się nie dołączyć do żadnej z fakcji. Prowincjał zakonu został wygnany na rok do , a Mendieta został mianowany przez komisarza zakonu kustoszem konwentu w Tlaxcali, gdzie doradzał i pomagał jako tłumacz języka nahuatl, a następnie znów był sekretarzem prowincjała. W tym czasie wciąż pisał Historię w klasztornej bibliotece, z której zbiorów korzystał. Mendieta asystował w sprawach rządzenia prowincjałowi Domingo de Areizaga, był też m.in. kustoszem klasztoru w Tepeace. Mendieta doradzał również nowemu wicekrólowi Nowej Hiszpanii, Luisowi de Velasco, (od 1589 r.), który uznawał go za wybitnego męża.