Winckler w uznaniu umiejętności Makridiego wystąpił do Osmana Hamdiego Beya o przyznanie Makridiemu odpowiedzialności za kolejne wyprawy do Boğazköy. Makridi wraz z Wincklerem powrócili na wykopaliska w 1907 roku wraz z grupą niemieckich archeologów zainteresowanych pozostałościami zabudowań stolicy oraz w latach 1911–1912.
240px|thumb|Brama Sfinksów, Alaca Höyük W 1907 roku Makridi awansował na kustosza i jego wynagrodzenie zostało podwojone. Jako kustosz uczestniczył w wielu ekspedycjach archeologicznych w basenie Morza Śródziemnego, które obejmowały m.in.: 1907 – Alaca Höyük, gdzie Makridi odkrył Bramę Sfinksów 1909 – sanktuarium Artemidy na wyspie Tasos 1910 – Notium, gdzie odkrył grobowiec znany współcześnie jako „Grobowiec Makridiego Beya”
W okresie wojen bałkańskich i I wojny światowej Makridi nie mógł podróżować i skupił się na pracy w Stambule i okolicy. W 1913 roku prowadził wraz z francuskim archeologiem Charles’em Picardem (1883–1965) badania w sanktuarium Apolla między Kolofonem a Notium, oraz z Georges’em Contenau (1877–1964) w Sydonie.