Badania zaowocowały pierwszą publikacją Makridiego. Wkrótce równolegle do prac w Sydonie Makridi nadzorował wykopaliska w Ar-Rakka, gdzie odkryto pozostałości islamskiej porcelany.
Rozgłos przyniosły mu prace w Boğazköy (dziś Boğazkale), miejscu odkrycia glinianych tabliczek, którymi zainteresował się niemiecki ekspert pisma klinowego Hugo Winckler (1863–1913) i w 1906 roku zorganizował ekspedycję. Makridi towarzyszył mu z ramienia muzeum, lecz wkrótce sam podjął badania pod okiem Wincklera. Podczas prac wykopaliskowych wyprawa odnalazła tysiące tabliczek, przy czym większość z nich pokrywały teksty w nieznanym dotychczas języku. Tabliczki pochodziły z archiwum królewskiego i część z nich zapisana była w języku akadyjskim, co umożliwiło Wincklerowi zidentyfikowanie miejsca ich odkrycia jako stolicę państwa hetyckiego – Hattusę. Sam Makridi nigdy nie uzyskał pozwolenia na opublikowanie wyników swoich prac w Boğazköy. Po śmierci Wincklera w 1913 roku Niemieckie Towarzystwo Orientalistyczne (niem. Deutsche Orient-Gesellschaft) powierzyło przygotowanie wydania tekstów z hetyckich tabliczek glinianych czeskiemu językoznawcy Bedřichowi Hroznemu (1879–1952), któremu udało się rozszyfrować teksty, odczytać język hetycki i wykazać, że należy on do rodziny indoeuropejskiej.