Ponadto więźniowie musieli radzić sobie z długimi marszami i apelami, całkowitym brakiem sanitariatów i opieki medycznej oraz niewystarczającą ilością żywności i odzieży.
W styczniu 1945 roku strażnicy SS-Totenkopfverbände zostali wzmocnieni przez esesmanów z Auschwitz-Birkenau. Pod koniec wojny więźniowie zostali wykorzystani do budowy podziemnej siedziby Adolfa Hitlera („Führerhauptquartier”), która miała być wykorzystywana po ewentualnej ewakuacji Berlina. Budowa nigdy nie została ukończona.
Nadal nie jest jasne, nad jakimi projektami pracowali więźniowie z Ohrdruf. Oprócz tymczasowych kwater dla przywódców nazistowskich Niemiec, rozległe prace tunelowe i inne prace w Jonastal wskazują na istnienie jakiejś fabryki zbrojeniowej. Istnieją teorie, że obiekt ten był przeznaczony do testowania niemieckiej bomby atomowej, ulepszonego pocisku rakietowego V-2 lub bombowców odrzutowych dalekiego zasięgu.